Espectroscopia vibracional e cálculos de primeiros princípios no cristal de 2'deoxyadenosina monohidratada e propriedades vibracionais sob altas pressões

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2019
Autor(a) principal: Quimbayo, Jennyffer Stefania Martinez
Orientador(a): Freire, Paulo de Tarso Cavalcante
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Não Informado pela instituição
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
2'Deoxiadenosina monohidratada
Nucleosídeo
Nucleotídeo
Espectroscopia infravermelho
Espectroscopia Raman
Link de acesso: http://www.repositorio.ufc.br/handle/riufc/48266
Resumo: Nucleotides and nucleosides are DNA-forming molecules that can be crystallized and analyzed to know their vibrational and structural characteristics. In this work we present computational simulations with first principle calculations to determine the vibrational properties of deoxyadenosine monohydrate crystal and results of vibrational spectroscopy under ambient conditions. X-ray diffraction analysis confirmed the crystal structure. The computational results were in good agreement with the Raman and infrared spectroscopy experiments, which allowed the identification of most normal vibration modes. The meassurements of Raman spectroscopy under high pressure were perfomed using a diamond anvil cell. From this study there was evidence of the occurrence of two phase transitions, one around 0.8 GPa and the second between 2.3 and 2.9 GPa. Changes in Raman spectra still suggest a possible conformational change between 3.7 and 3.9 GPa. Finally, it is suggested to complement hydrogen bonding modes with low wavelength modes.
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The computational results were in good agreement with the Raman and infrared spectroscopy experiments, which allowed the identification of most normal vibration modes. The meassurements of Raman spectroscopy under high pressure were perfomed using a diamond anvil cell. From this study there was evidence of the occurrence of two phase transitions, one around 0.8 GPa and the second between 2.3 and 2.9 GPa. Changes in Raman spectra still suggest a possible conformational change between 3.7 and 3.9 GPa. Finally, it is suggested to complement hydrogen bonding modes with low wavelength modes.Os nucleotídeos e os nucleosídeos são moléculas formadoras do DNA, podendo ser cristalizadas e analisadas para se conhecer as suas caraterísticas vibracionais e estruturais. Nesse trabalho são apresentadas simulações computacionais com cálculos de primeiros princípios para se determinar as propriedades vibracionais do cristal de 2'deoxiadenosina monohidratada e resultados de espectroscopia vibracional em condições ambiente. Análise de difração de raios-X confirmou a estrutura do cristal. Os resultados computacionais se mostraram em bom acordo com os experimentos de espectroscopias Raman e inravermelho, o que permitiu a identificação da maior parte dos modos normais de vibração. Com o auxílio de uma célula de diamante a extremos de diamantes, realizou-se um estudo dos modos normais de vibração do cristal a altas pressões. Desse estudo verificou-se a ocorrência de duas possíveis transições de fase, uma em torno de 0,8 GPa e a segunda entre 2,3 e 2,9 GPa. Mudanças nos espectros Raman ainda sugerem uma possível mudança conformacional entre 3,7 e 3,9 GPa. Finalmente, sugere-se o acomplamento de modos relacionados às ligações de hidrogênio com modos de baixos números de onda.2'Deoxiadenosina monohidratadaNucleosídeoNucleotídeoEspectroscopia infravermelhoEspectroscopia RamanEspectroscopia vibracional e cálculos de primeiros princípios no cristal de 2'deoxyadenosina monohidratada e propriedades vibracionais sob altas pressõesinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisporreponame:Repositório Institucional da Universidade Federal do Ceará (UFC)instname:Universidade Federal do Ceará (UFC)instacron:UFCinfo:eu-repo/semantics/openAccessORIGINAL2019_dis_jsmquimbayo.pdf2019_dis_jsmquimbayo.pdfapplication/pdf2129530http://repositorio.ufc.br/bitstream/riufc/48266/1/2019_dis_jsmquimbayo.pdf97d7e0d218ac93f569a531a9283be944MD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81748http://repositorio.ufc.br/bitstream/riufc/48266/2/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD52riufc/482662019-12-09 12:05:11.264oai:repositorio.ufc.br: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Repositório InstitucionalPUBhttp://www.repositorio.ufc.br/ri-oai/requestbu@ufc.br || repositorio@ufc.bropendoar:2019-12-09T15:05:11Repositório Institucional da Universidade Federal do Ceará (UFC) - Universidade Federal do Ceará (UFC)false
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