Algoritmos para o Cálculo de Estruturas de Proteínas
Ano de defesa: | 2008 |
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Tipo de documento: | Dissertação |
Tipo de acesso: | Acesso aberto |
Idioma: | por |
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Programa de Pós-Graduação em Computação
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Palavras-chave em Português: | |
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Resumo: | One of the most important problems in computational biology is the determination of the three-dimensional structure of a protein. This structure can be determined experimentally using NMR techniques. Generally, the NMR data provide only a sparse set of distances between atoms in a molecule. In this case the problem is to determine the three-dimensional structure of a molecule using a set of distances between certain pairs of atoms of the molecule, and is known as the molecular distance geometry problem which is generally expressed as a problem of continuous optimization. However, conditions for dealing with it as a combinatorial optimization problem were presented recently in the literature by using a discrete formulation. Two algorithms and two softwares for visualizing are proposed in this work. In order to test the algorithms we have used real and artificial instances |
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Algoritmos para o Cálculo de Estruturas de ProteínasComputaçãoProblema de geometria das distâncias em moléculasEstrutura tridimensional de proteíınaBiologia computacionalComputer scienceDiscretizable molecular distance geometry problemthree-dimensional structure of proteinComputational biologyCNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAOOne of the most important problems in computational biology is the determination of the three-dimensional structure of a protein. This structure can be determined experimentally using NMR techniques. Generally, the NMR data provide only a sparse set of distances between atoms in a molecule. In this case the problem is to determine the three-dimensional structure of a molecule using a set of distances between certain pairs of atoms of the molecule, and is known as the molecular distance geometry problem which is generally expressed as a problem of continuous optimization. However, conditions for dealing with it as a combinatorial optimization problem were presented recently in the literature by using a discrete formulation. Two algorithms and two softwares for visualizing are proposed in this work. In order to test the algorithms we have used real and artificial instancesCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível SuperiorUm dos problemas mais importantes em biologia computacional é a determinação da estrutura tridimensional de uma proteína. Esta estrutura pode ser determinada experimentalmente através de téecnicas de RMN. Geralmente, dados de RMN provêem apenas um conjunto esparso de distâncias entre os átomos de uma molécula. Neste caso, o problema é determinar a estrutura tridimensional de uma molécula usando um conjunto de distâncias entre alguns pares de átomos da molécula. Na literatura, este problema é conhecido como Problema de Geometria das Distâncias em Moléculas e é geralmente formulado como um problema de otimização contíınua. Entretanto, recentemente, foram apresentadas condições para tratá-lo como um problema de otimização combinatória, através de uma formulaçãao discreta. Dois algoritmos e dois softwares de visualização são propostos nesta dissertação. Para testar os algoritmos, foram utilizadas instâncias artificiais e reais.Programa de Pós-Graduação em ComputaçãoComputaçãoOchi, Luiz SatoruCPF:31609080822http://lattes.cnpq.br/9171815778534257Lavor, Carlile CamposCPF:31870800722http://lattes.cnpq.br/2019624495480547Protti, FábioCPF:28907060422http://lattes.cnpq.br/5898801580033554Nogueira, Loana TitoCPF:31110908022http://lattes.cnpq.br/2537709612833688Martins, Simone de LimaCPF:30120908222http://lattes.cnpq.br/5202429302236084Silva, Warley Gramacho da2021-03-10T19:10:10Z2009-03-052021-03-10T19:10:10Z2008-04-04info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfapplication/pdfhttps://app.uff.br/riuff/handle/1/17206porCC-BY-SAinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da Universidade Federal Fluminense (RIUFF)instname:Universidade Federal Fluminense (UFF)instacron:UFF2021-03-10T19:10:10Zoai:app.uff.br:1/17206Repositório InstitucionalPUBhttps://app.uff.br/oai/requestriuff@id.uff.bropendoar:21202021-03-10T19:10:10Repositório Institucional da Universidade Federal Fluminense (RIUFF) - Universidade Federal Fluminense (UFF)false |
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Computação Problema de geometria das distâncias em moléculas Estrutura tridimensional de proteíı na Biologia computacional Computer science Discretizable molecular distance geometry problem three-dimensional structure of protein Computational biology CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO |
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One of the most important problems in computational biology is the determination of the three-dimensional structure of a protein. This structure can be determined experimentally using NMR techniques. Generally, the NMR data provide only a sparse set of distances between atoms in a molecule. In this case the problem is to determine the three-dimensional structure of a molecule using a set of distances between certain pairs of atoms of the molecule, and is known as the molecular distance geometry problem which is generally expressed as a problem of continuous optimization. However, conditions for dealing with it as a combinatorial optimization problem were presented recently in the literature by using a discrete formulation. Two algorithms and two softwares for visualizing are proposed in this work. In order to test the algorithms we have used real and artificial instances |
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