Identificação de patógenos isolados de mastite bovina por testes bioquímicos e maldi-tof ms

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2020
Autor(a) principal: Oliveira, Thais Cristina de Assis lattes
Orientador(a): Lange, Carla Christine lattes
Banca de defesa: Giambiagi de Marval, Marcia lattes, Brito, Maria Aparecida Vasconcelos Paiva lattes, Vicentini, Nívea Maria lattes
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Universidade Federal de Juiz de Fora (UFJF)
Programa de Pós-Graduação: Programa de Pós-graduação em Ciência e Tecnologia do Leite e Derivados
Departamento: Faculdade de Farmácia
País: Brasil
Palavras-chave em Português:
Área do conhecimento CNPq:
Link de acesso: https://repositorio.ufjf.br/jspui/handle/ufjf/11935
Resumo: A mastite é um processo inflamatório que ocorre na glândula mamária do animal, apresenta caráter etiológico complexo e multifatorial e acarreta grandes prejuízos para a cadeia produtiva do leite. A identificação rotineira de patógenos dela é baseada na avaliação morfológica do microrganismo, seu crescimento em diferentes meios de cultivo e em características bioquímicas do mesmo, que são procedimentos trabalhosos, demorados, e que, em alguns casos, não o diferencia em espécies. Nos últimos anos, houve um grande aumento no uso da técnica de MALDI-TOF MS (Ionização por dessorção a laser assistida por matriz seguida por analisador tipo tempo de voo) em laboratórios de microbiologia. A rapidez dos resultados, a precisão e os baixos custos operacionais de um sistema MALDI-TOF MS permitem análises em uma escala que não era possível até recentemente. O objetivo deste estudo foi avaliar a utilização da técnica de MALDI-TOF MS na identificação de bactérias isoladas de mastite bovina e compará-la aos testes bioquímicos e ao sequenciamento do gene 16S rRNA. Para isso, 380 estirpes bacterianas isoladas de leite de vacas com ou sem sinais de mastite, mantidas na coleção de Microrganismos de Interesse da Agroindústria e Pecuária da Embrapa, foram identificadas pela técnica de MALDI-TOF MS, e os resultados comparados à identificação morfológica e bioquímica ou aos do sequenciamento do gene 16S rRNA. A taxa de identificação por MALDI-TOF MS foi de 99,2%, 95,5% em nível de espécie e de 3,7% de gênero. Ao todo, foram identificados 12 gêneros e 37 espécies de patógenos de mastite bovina por MALDI-TOF MS: 13 espécies do gênero Staphylococcus, oito de Streptococcus, quatro espécies de Enterococcus, duas de Lactococcus, uma espécie de Aerococcus e nove de bactérias Gram-negativas. Os testes morfológicos e bioquímicos utilizados neste estudo foram apropriados para a identificação em nível de espécie de Streptococcus agalactiae e, de gênero, de bactérias Gram-negativas. Os mesmos testes não foram, entretanto, suficientes ou acurados para a identificação de cocos Gram-positivos catalase negativos diferentes de Streptococcus agalactiae, nem para a diferenciação entre os gêneros Streptococcus, Enterococcus, Aerococcus e Lactococcus. Os resultados da identificação obtida por MALDI-TOF MS de 193 estirpes de Staphylococcus foram comparados com a identificação pelo sequenciamento do gene 16S rRNA, realizada em estudo anterior, e a concordância entre as duas técnicas foi de 93,2%. A técnica de MALDI-TOF MS mostrou-se adequada para o reconhecimento rápido de um grande número de microrganismos isolados de leite de vacas com mastite, e ideal para ser utilizada na identificação de estirpes depositadas em coleções biológicas.
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Nos últimos anos, houve um grande aumento no uso da técnica de MALDI-TOF MS (Ionização por dessorção a laser assistida por matriz seguida por analisador tipo tempo de voo) em laboratórios de microbiologia. A rapidez dos resultados, a precisão e os baixos custos operacionais de um sistema MALDI-TOF MS permitem análises em uma escala que não era possível até recentemente. O objetivo deste estudo foi avaliar a utilização da técnica de MALDI-TOF MS na identificação de bactérias isoladas de mastite bovina e compará-la aos testes bioquímicos e ao sequenciamento do gene 16S rRNA. Para isso, 380 estirpes bacterianas isoladas de leite de vacas com ou sem sinais de mastite, mantidas na coleção de Microrganismos de Interesse da Agroindústria e Pecuária da Embrapa, foram identificadas pela técnica de MALDI-TOF MS, e os resultados comparados à identificação morfológica e bioquímica ou aos do sequenciamento do gene 16S rRNA. A taxa de identificação por MALDI-TOF MS foi de 99,2%, 95,5% em nível de espécie e de 3,7% de gênero. Ao todo, foram identificados 12 gêneros e 37 espécies de patógenos de mastite bovina por MALDI-TOF MS: 13 espécies do gênero Staphylococcus, oito de Streptococcus, quatro espécies de Enterococcus, duas de Lactococcus, uma espécie de Aerococcus e nove de bactérias Gram-negativas. Os testes morfológicos e bioquímicos utilizados neste estudo foram apropriados para a identificação em nível de espécie de Streptococcus agalactiae e, de gênero, de bactérias Gram-negativas. Os mesmos testes não foram, entretanto, suficientes ou acurados para a identificação de cocos Gram-positivos catalase negativos diferentes de Streptococcus agalactiae, nem para a diferenciação entre os gêneros Streptococcus, Enterococcus, Aerococcus e Lactococcus. Os resultados da identificação obtida por MALDI-TOF MS de 193 estirpes de Staphylococcus foram comparados com a identificação pelo sequenciamento do gene 16S rRNA, realizada em estudo anterior, e a concordância entre as duas técnicas foi de 93,2%. A técnica de MALDI-TOF MS mostrou-se adequada para o reconhecimento rápido de um grande número de microrganismos isolados de leite de vacas com mastite, e ideal para ser utilizada na identificação de estirpes depositadas em coleções biológicas.Mastitis is an inflammatory process that occurs in the mammary gland of the animal, has a complex and multifactorial etiological character and causes great damage to the milk production chain. The routine identification of mastitis pathogens is based on the morphological evaluation of the microorganism, its growth on different culture media and its biochemical characteristics, which is laborious, timeconsuming, and in some cases do not differentiate microorganisms in species. In recent years there has been a great increase in the use of the MALDI-TOF MS technique (Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight Mass Spectrometry) in microbiology laboratories. The speed of the results, the precision and the low operating costs of a MALDI-TOF MS system allow analysis on a scale that was not possible until recently. The aim of this study was to evaluate the use of MALDI-TOF MS in the identification of bacteria isolated from bovine mastitis and to compare it to biochemical tests and 16S rRNA gene sequencing. For this, 380 bacterial strains isolated from milk of cows with or without signs of mastitis, kept into Embrapa’s Collection of Microorganisms of Interest to Agroindustry and Livestock, were identified by MALDI-TOF MS and the results compared with them obtained by morphological and biochemical identification and by 16S rRNA sequencing. The identification rate by MALDI-TOF MS was 99.2%, 95.5% at the species level and 3.7% at the gender level. Altogether 12 genera and 37 species of bovine mastitis pathogens were identified by MALDI-TOF MS: 13 species of the genus Staphylococcus, eight species of the genus Streptococcus, four species of Enterococcus, two species of Lactococcus, one species of Aerococcus and nine species of Gram-negative bacteria. The morphological and biochemical tests used in this study were appropriate for the identification at the species level of Streptococcus agalactiae and identification at the genus level of Gram-negative bacteria. The same tests were not, however, sufficient or accurate for the identification of Gram-positive catalase negative cocci other than Streptococcus agalactiae, nor for the differentiation between Streptococcus, Enterococcus, Aerococcus and Lactococcus genera. The results of the identification obtained by MALDI-TOF MS from 193 Staphylococcus strains were compared with the identification by 16S rRNA gene sequencing, carried out in a previous study, and the agreement between the two techniques was from 93.2%. MALDI-TOF MS proved to be suitable for the rapid identification of a large number of microorganisms isolated from milk of cows with mastitis, and ideal for use in the identification of strains deposited in biological collections.porUniversidade Federal de Juiz de Fora (UFJF)Programa de Pós-graduação em Ciência e Tecnologia do Leite e DerivadosUFJFBrasilFaculdade de FarmáciaAttribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazilhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/info:eu-repo/semantics/openAccessCNPQ::CIENCIAS DA SAUDE::FARMACIAStaphylococcusStreptococcusBactériasGram-negativasMastite bovinaEspectrometria de massaGram-negativeBovine mastitisMass espectrometryIdentificação de patógenos isolados de mastite bovina por testes bioquímicos e maldi-tof msinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisreponame:Repositório Institucional da UFJFinstname:Universidade Federal de Juiz de Fora (UFJF)instacron:UFJFORIGINALthaiscristinadeassisoliveira.pdfthaiscristinadeassisoliveira.pdfPDF/Aapplication/pdf886920https://repositorio.ufjf.br/jspui/bitstream/ufjf/11935/1/thaiscristinadeassisoliveira.pdf32c7750222add29aac6717d374c8e06fMD51CC-LICENSElicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; charset=utf-8811https://repositorio.ufjf.br/jspui/bitstream/ufjf/11935/2/license_rdfe39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34MD52TEXTthaiscristinadeassisoliveira.pdf.txtthaiscristinadeassisoliveira.pdf.txtExtracted texttext/plain154416https://repositorio.ufjf.br/jspui/bitstream/ufjf/11935/4/thaiscristinadeassisoliveira.pdf.txt0aac012245bdd73b7a8143e90e66e2b4MD54THUMBNAILthaiscristinadeassisoliveira.pdf.jpgthaiscristinadeassisoliveira.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1257https://repositorio.ufjf.br/jspui/bitstream/ufjf/11935/5/thaiscristinadeassisoliveira.pdf.jpg46a2aed783a051d3ee4366394346a6fcMD55LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81748https://repositorio.ufjf.br/jspui/bitstream/ufjf/11935/3/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD53ufjf/119352020-12-01 04:08:25.157oai:hermes.cpd.ufjf.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufjf.br/oai/requestopendoar:2020-12-01T06:08:25Repositório Institucional da UFJF - Universidade Federal de Juiz de Fora (UFJF)false
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