Desenvolvimento e parametrização de potenciais intermoleculares para compostos quadráticos-planos de platina(II) em solução aquosa
Ano de defesa: | 2004 |
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Tipo de documento: | Dissertação |
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Programa de Pós-graduação em Química
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Palavras-chave em Português: | |
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Resumo: | Neste Trabalho foi desenvolvido um procedimento geral para a obtenção de parâmetros Lennard-Jones (ε e σ) para o átomo de platina, especificamente, quando presente na molécula de cisplatina. Os parâmetros obtidos podem ser aplicados em estudos de Simulação Computacional para o estudo de cisplatina em solução aquosa. Um código computacional foi desenvolvido utilizando uma variante do Método de Newton-Raphson para efetuar o ajuste numérico do potencial intermolecular de Lennard-Jones à dados de referência, obtidos através de cálculos quânticos de alto nível. A transferabilidade dos parâmetros ajustados foi avaliada para algumas moléculas análogas à cisplatina. Estudos de Simulação Computacional (Monte Carlo) foram feitos visando a aplicabilidade destes parâmetros ao estudo das interações da cisplatina em água bem como objetivando o cálculo do espectro eletrônico, que foi posteriormente comparado a dados experimentais. Os primeiros resultados apresentaram uma concordância qualitativa com o espectro UV-vísivel encontrado na literatura. Durante a etapa de parametrização, fortes interações Pt...H foram encontradas devido às limitações do cálculo realizado em fase gasosa e com a geometria rígida do complexo. Não obstante, um estudo envolvendo alguns modelos de cargas atômicas foi realizado com o intuito de investigar tal interação. Os resultados desta análise evidenciam uma transferência de carga entre o centro metálico e o átomo de hidrogênio cuja natureza depende do modelo utilizado. |
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Um código computacional foi desenvolvido utilizando uma variante do Método de Newton-Raphson para efetuar o ajuste numérico do potencial intermolecular de Lennard-Jones à dados de referência, obtidos através de cálculos quânticos de alto nível. A transferabilidade dos parâmetros ajustados foi avaliada para algumas moléculas análogas à cisplatina. Estudos de Simulação Computacional (Monte Carlo) foram feitos visando a aplicabilidade destes parâmetros ao estudo das interações da cisplatina em água bem como objetivando o cálculo do espectro eletrônico, que foi posteriormente comparado a dados experimentais. Os primeiros resultados apresentaram uma concordância qualitativa com o espectro UV-vísivel encontrado na literatura. Durante a etapa de parametrização, fortes interações Pt...H foram encontradas devido às limitações do cálculo realizado em fase gasosa e com a geometria rígida do complexo. Não obstante, um estudo envolvendo alguns modelos de cargas atômicas foi realizado com o intuito de investigar tal interação. Os resultados desta análise evidenciam uma transferência de carga entre o centro metálico e o átomo de hidrogênio cuja natureza depende do modelo utilizado.In this work a general procedure was developed to obtain the Lennard-Jones parameters (ε e σ) for platinum atom on the cisplatin molecule. These parameters can be applied in computational simulation studies of cisplatin in aqueous solution. A computationalcode was developed using a variation of the Newton-Raphson method, for the fitting of the intermolecular potential using reference data from high level quantum mechanical calculations. The transferability of the parameters was checked for some cisplatin analogues. Monte Carlo simulations were carried out in order to verify the applicability of these parameters to study the interactions between cisplatin and water. The electronic spectrum calculation, of cisplatin was also calculated in gas phase and aqueos solution and the results compared with experimental data. The preliminary results show a qualitative agreement with the UV-visible experimental spectrum. During the parameterization step some strong interactions involving Pt...H were found, due the limitation of the calculations, were carried out in gas phase and with rigid geometries. In spite of this, a study involving some charge models was performed in order to investigate this interaction. The results from this analysis showed a charge transference between the metallic center and the hydrogen atom whose nature depends on the charge model used.CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível SuperiorporUniversidade Federal de Juiz de Fora (UFJF)Programa de Pós-graduação em QuímicaUFJFBrasilICE – Instituto de Ciências ExatasCNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::QUIMICAQuímica computacionalCisplatinaParametrizaçãoLennard-JonesDesenvolvimento e parametrização de potenciais intermoleculares para compostos quadráticos-planos de platina(II) em solução aquosainfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFJFinstname:Universidade Federal de Juiz de Fora (UFJF)instacron:UFJFTHUMBNAILjulianafedocelopes.pdf.jpgjulianafedocelopes.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1430https://repositorio.ufjf.br/jspui/bitstream/ufjf/10131/4/julianafedocelopes.pdf.jpgd41cbbc16cbb6ef407ef201e47e798eaMD54ORIGINALjulianafedocelopes.pdfjulianafedocelopes.pdfapplication/pdf1763016https://repositorio.ufjf.br/jspui/bitstream/ufjf/10131/1/julianafedocelopes.pdf3db68894753dd9ee645bf59e8e393b2cMD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-82197https://repositorio.ufjf.br/jspui/bitstream/ufjf/10131/2/license.txt000e18a5aee6ca21bb5811ddf55fc37bMD52TEXTjulianafedocelopes.pdf.txtjulianafedocelopes.pdf.txtExtracted texttext/plain248303https://repositorio.ufjf.br/jspui/bitstream/ufjf/10131/3/julianafedocelopes.pdf.txt0a6e8c30100582f9ee45eb58275fe384MD53ufjf/101312019-06-16 14:00:13.809oai:hermes.cpd.ufjf.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufjf.br/oai/requestopendoar:2019-06-16T17:00:13Repositório Institucional da UFJF - Universidade Federal de Juiz de Fora (UFJF)false |
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