Caracterização de sítios polimórficos e sequências repetitivas, e estabelecimento de coleção nuclear de caiaué [Elaeis oleifera (Kunth) Cortés]

• Ano de defesa: 2015
• Autor(a) principal: Ferreira Filho, Jaire Alves
• Orientador(a): Souza Júnior, Manoel Teixeira
• Banca de defesa: Formighieri, Eduardo Fernandes, Alves, Alexandre Alonso, Laviola, Bruno Galveas
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Programa de Pós-Graduação: Programa de Pós-graduação em Biotecnologia Vegetal
• País: brasil
• Palavras-chave em Português: Palma de óleo; Palm oil; Biologia computacional; Bioinformatics; Genotipagem por sequenciamento; Genotyping-by-sequencing (GBS); Conservação genética; Genetic conservation
• Área do conhecimento CNPq: Melhoramento Vegetal
• Link de acesso: https://repositorio.ufla.br/handle/1/10285

Os objetivos deste estudo foram caracterizar sítios polimórficos e sequências repetitivas e estabelecer coleção nuclear em caiaué (Elaeis oleifera). Foi realizada uma análise de comparação genômica de um draft de caiaué desenvolvido pela Embrapa com 130 coberturas de reads da tecnologia Illumina HiSeq 2000 contra o draft de E. oleifera e o genoma de E. guineensis públicos por meio do software de alinhamento Nucmer. Foi feita uma busca in silico para identificar regiões de repetições em tandem e elementos transponíveis nesse draft. Foram mapeados um banco de sequência geradas via plataforma DArTSeq para 553 genótipos de caiaué contra o genoma de E. guineensis com o software BWA. O software SAMtools foi utilizado para a identificação de SNPs. Foram mapeados no genoma os modelos gênicos de Tamareira (Phoenix dactylifera). Para o delineamento de coleções nucleares em caiaué, foi utilizada a estratégia de maximização da diversidade (M) com 500 locos de marcadores SNPs baseados em genotipagem por sequenciamento. Foi alinhado 68,24 e 72,83% do draft analisado contra os genomas de E. oleifera e E. guineensis, respectivamente. Foi possível identificar 328.879 e 618.284 locos de repetições em tandem e de elementos transponíveis, respectivamente. Foi possível caracterizar 17.412/2.370 PAVs/SNPs e 25.203 modelos gênicos com posições únicas no genoma. Foram gerados modelos de coleção nuclear com 37, 55, 109, 127, 138, 276, 26 e 16 indivíduos. Devido ao bom ajuste dos parâmetros validados, a coleção com 109 indivíduos (20% da coleção inteira) foi a ideal para compor a coleção nuclear de caiaué. O draft de caiaué possui grande parte dos genomas com que foi comparado, apresentando grande parte de um genoma altamente complexo com uma tecnologia de sequenciamento de custo acessível. Mais da metade do draft (55%) é composto por regiões de repetição, especialmente retrotransposons, a identificação dessas repetições pode contribuir no auxílio para a montagem de uma nova versão desse draft. O conjunto de marcadores PAVs/SNPs mapeados proporciona uma cobertura consideravelmente homogênea ao longo do genoma e de regiões gênicas de E. guineensis. O modelo de coleção nuclear gerado nesse trabalho irá permitir uma melhor utilização das subamostras no melhoramento genético e conservação genética de caiaué.