Prevalência do operon sfrAAABCD (surfactina) em Bacillus subtilis: uma análise pangenômica

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2021
Autor(a) principal: Ferreira, Julie Kennya de Lima lattes
Orientador(a): Pylro, Victor Satler
Banca de defesa: Morais, Daniel Kumazawa, Melo, Dirceu de Sousa, Roesch, Luiz Fernando Wurdig
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Universidade Federal de Lavras
Programa de Pós-Graduação: Programa de Pós-Graduação em Microbiologia Agrícola
Departamento: Departamento de Biologia
País: brasil
Palavras-chave em Português:
Genômica comparativa
Montagem híbrida
Surfactina
GridION
Comparative genomics
Hybrid assembly
Surfactin
Área do conhecimento CNPq:
Microbiologia Agrícola
Link de acesso: https://repositorio.ufla.br/handle/1/48311
Resumo: A surfactina é um biossurfactante lipopeptídico comumente produzido por bactérias do gênero Bacillus. Entretanto, a sua expressão é dependente de vários fatores genéticos de adaptação e comunicação. Estudos de prevalência gênica têm se mostrado importantes para auxiliar o entendimento acerca desses fatores de interação. Nesse contexto, o trabalho teve por objetivo avaliar a prevalência do operon de surfactina (sfrAABCD) em estirpes de Bacillus subtilis, bem como o repertório pangenômico da espécie através da genômica comparativa. O genoma completo do B. subtilis RI4914 foi sequenciado por meio de abordagem híbrida, utilizando as plataformas PGM IonTorrent e GridIONTM. Para o estudo comparativo, 153 genomas completos, classificados como B. subtilis foram recuperados do NCBI, dos quais foram utilizados os genes core para análises de pangenoma e MLST. O genoma obtido apresentou alta qualidade e boa acurácia, com completude de 98,84% e contaminação de 1,10%. A análise de genômica comparativa evidenciou o perfil pangenômico aberto em B. subtilis e prevalência da surfactina em todos os genomas analisados, demonstrando-se como um caráter característico da espécie.
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spelling 2021-10-04T20:45:47Z2021-10-04T20:45:47Z2021-10-042021-04-30FERREIRA, J. K. de L. Prevalência do operon sfrAAABCD (surfactina) em Bacillus subtilis: uma análise pangenômica. 2021. 65 p. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agrícola) – Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2021.https://repositorio.ufla.br/handle/1/48311A surfactina é um biossurfactante lipopeptídico comumente produzido por bactérias do gênero Bacillus. Entretanto, a sua expressão é dependente de vários fatores genéticos de adaptação e comunicação. Estudos de prevalência gênica têm se mostrado importantes para auxiliar o entendimento acerca desses fatores de interação. Nesse contexto, o trabalho teve por objetivo avaliar a prevalência do operon de surfactina (sfrAABCD) em estirpes de Bacillus subtilis, bem como o repertório pangenômico da espécie através da genômica comparativa. O genoma completo do B. subtilis RI4914 foi sequenciado por meio de abordagem híbrida, utilizando as plataformas PGM IonTorrent e GridIONTM. Para o estudo comparativo, 153 genomas completos, classificados como B. subtilis foram recuperados do NCBI, dos quais foram utilizados os genes core para análises de pangenoma e MLST. O genoma obtido apresentou alta qualidade e boa acurácia, com completude de 98,84% e contaminação de 1,10%. A análise de genômica comparativa evidenciou o perfil pangenômico aberto em B. subtilis e prevalência da surfactina em todos os genomas analisados, demonstrando-se como um caráter característico da espécie.Surfactin is a lipopeptide biosurfactant commonly produced by Bacillus genus bacteria. However, its expression is dependent on several genetic factors of adaptation and communication. Gene prevalence studies are important to help the understanding of these interaction factors. This work aimed to evaluate the surfactin operon (sfrAABCD)’s prevalence in Bacillus subtilis strains, as well as the pangenomic repertoire of the species through comparative genomics. The complete genome of B. subtilis RI4914 was sequenced using a hybrid approach, with the PGM IonTorrent and the GridIONTM platforms. A total of 153 complete genomes classified as B. subtilis were retrieved from the NCBI for comparative study, from which the core genes were used for pangenome and MLST analyses. The genome obtained showed high quality and good accuracy, with completeness of 98.84% and contamination of 1.10%. The comparative genomics analysis showed the open pangenomic profile in B. subtilis and surfactin prevalence in all analyzed genomes, classifying it as a distinctive character of this species.Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)Universidade Federal de LavrasPrograma de Pós-Graduação em Microbiologia AgrícolaUFLAbrasilDepartamento de BiologiaMicrobiologia AgrícolaGenômica comparativaMontagem híbridaSurfactinaGridIONComparative genomicsHybrid assemblySurfactinPrevalência do operon sfrAAABCD (surfactina) em Bacillus subtilis: uma análise pangenômicaPrevalence of the sfrAABCD operon (Surfactin) in Bacillus subtilis: a pangenomic analysisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisPylro, Victor SatlerBatista, Cristina Ferreira Silva eMorais, Daniel KumazawaMelo, Dirceu de SousaRoesch, Luiz Fernando Wurdighttp://lattes.cnpq.br/9480575941316657Ferreira, Julie Kennya de Limainfo:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Repositório Institucional da UFLAinstname:Universidade Federal de Lavras (UFLA)instacron:UFLALICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-8953https://repositorio.ufla.br/bitstreams/0aec5af3-1e7d-44cf-b967-7155faf1d9a9/download760884c1e72224de569e74f79eb87ce3MD51falseAnonymousREADORIGINALDISSERTAÇÃO_Prevalência do operon sfrAAABCD (surfactina) em Bacillus subtilis: uma análise pangenômica.pdfDISSERTAÇÃO_Prevalência do operon sfrAAABCD (surfactina) em Bacillus subtilis: uma análise pangenômica.pdfapplication/pdf1678252https://repositorio.ufla.br/bitstreams/f28a9c98-3ba6-492b-b2ae-2e0e66bb9302/downloadcbb63e75dd81448c68649c940db4586aMD52trueAnonymousREADTEXTDISSERTAÇÃO_Prevalência do operon sfrAAABCD (surfactina) em Bacillus subtilis: uma análise pangenômica.pdf.txtDISSERTAÇÃO_Prevalência do operon sfrAAABCD (surfactina) em Bacillus subtilis: uma análise pangenômica.pdf.txtExtracted texttext/plain102171https://repositorio.ufla.br/bitstreams/58f45154-5cf3-41ba-87d3-ed31618341a1/downloadd8363a90cc0376a42ad03102e77f0fbbMD53falseAnonymousREADTHUMBNAILDISSERTAÇÃO_Prevalência do operon sfrAAABCD (surfactina) em Bacillus subtilis: uma análise pangenômica.pdf.jpgDISSERTAÇÃO_Prevalência do operon sfrAAABCD (surfactina) em Bacillus subtilis: uma análise pangenômica.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg3244https://repositorio.ufla.br/bitstreams/351e0102-9f74-4a2c-94c6-88d9f1e18e23/download2b70f289b16b72e0eba3536cd031c5f6MD54falseAnonymousREAD1/483112025-08-06 11:10:05.315open.accessoai:repositorio.ufla.br:1/48311https://repositorio.ufla.brRepositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufla.br/server/oai/requestnivaldo@ufla.br || repositorio.biblioteca@ufla.bropendoar:2025-08-06T14:10:05Repositório Institucional da UFLA - Universidade Federal de Lavras (UFLA)falseREVDTEFSQcOHw4NPIERFIERJU1RSSUJVScOHw4NPIE7Dg08tRVhDTFVTSVZBCk8gcmVmZXJpZG8gYXV0b3I6CmEpIERlY2xhcmEgcXVlIG8gZG9jdW1lbnRvIGVudHJlZ3VlIMOpIHNldSB0cmFiYWxobyBvcmlnaW5hbCwgZSBxdWUKZGV0w6ltIG8gZGlyZWl0byBkZSBjb25jZWRlciBvcyBkaXJlaXRvcyBjb250aWRvcyBuZXN0YSBsaWNlbsOnYS4KRGVjbGFyYSB0YW1iw6ltIHF1ZSBhIGVudHJlZ2EgZG8gZG9jdW1lbnRvIG7Do28gaW5mcmluZ2UsIHRhbnRvIHF1YW50bwpsaGUgw6kgcG9zc8OtdmVsIHNhYmVyLCBvcyBkaXJlaXRvcyBkZSBxdWFscXVlciBvdXRyYSBwZXNzb2Egb3UKZW50aWRhZGUuCmIpIFNlIG8gZG9jdW1lbnRvIGVudHJlZ3VlIGNvbnTDqW0gbWF0ZXJpYWwgZG8gcXVhbCBuw6NvIGRldMOpbSBvcwpkaXJlaXRvcyBkZSBhdXRvciwgZGVjbGFyYSBxdWUgb2J0ZXZlIGF1dG9yaXphw6fDo28gZG8gZGV0ZW50b3IgZG9zCmRpcmVpdG9zIGRlIGF1dG9yIHBhcmEgY29uY2VkZXIgw6AgVW5pdmVyc2lkYWRlIEZlZGVyYWwgZGUgTGF2cmFzIG9zCmRpcmVpdG9zIHJlcXVlcmlkb3MgcG9yIGVzdGEgbGljZW7Dp2EsIGUgcXVlIGVzc2UgbWF0ZXJpYWwgY3Vqb3MKZGlyZWl0b3Mgc8OjbyBkZSB0ZXJjZWlyb3MgZXN0w6EgY2xhcmFtZW50ZSBpZGVudGlmaWNhZG8gZSByZWNvbmhlY2lkbwpubyB0ZXh0byBvdSBjb250ZcO6ZG8gZG8gZG9jdW1lbnRvIGVudHJlZ3VlLiBTZSBvIGRvY3VtZW50byBlbnRyZWd1ZSDDqQpiYXNlYWRvIGVtIHRyYWJhbGhvIGZpbmFuY2lhZG8gb3UgYXBvaWFkbyBwb3Igb3V0cmEgaW5zdGl0dWnDp8OjbyBxdWUKbsOjbyBhIFVuaXZlcnNpZGFkZSBGZWRlcmFsIGRlIExhdnJhcywgZGVjbGFyYSBxdWUgY3VtcHJpdSBxdWFpc3F1ZXIKb2JyaWdhw6fDtWVzIGV4aWdpZGFzIHBlbG8gcmVzcGVjdGl2byBjb250cmF0byBvdSBhY29yZG8uCgo=
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