Phenotypic, bioinformatics and molecular analyses related to the development and reproductive transition of Humulus lupulus l. (Hop) in subtropical regions of Brazil

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2022
Autor(a) principal: Gutiérrez, Robert Yonel Márquez
Orientador(a): Chalfun Júnior, Antonio
Banca de defesa: Rufato, Leo, Benedito, Vagner Augusto
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Universidade Federal de Lavras
Escola de Ciências Agrárias de Lavras (ESAL)
Programa de Pós-Graduação: Programa de Pós-Graduação em Agronomia/Fisiologia Vegetal
Departamento: Departamento de Biologia (DBI)
País: brasil
Palavras-chave em Português:
Área do conhecimento CNPq:
Link de acesso: https://repositorio.ufla.br/handle/1/49858
Resumo: As plantas evoluíram para perceber sinais endógenos e ambientais para ajustar seu ciclo fenológico, aumentando a chance de sucesso reprodutivo. Esses processos variam consideravelmente entre plantas de diferentes regiões sujeitas a condições climáticas variáveis. Com o objetivo de estabelecer a cultura do lúpulo nas regiões subtropicais do Brasil, é indispensável entender o desenvolvimento e a plasticidade das plantas em resposta às mudanças ambientais e determinar os fatores que ditam a transição floral. Para atingir este objetivo, primeiro realizamos uma revisão (primeiro capítulo) e depois dois trabalhos experimentais. Na primeira, estudamos a fenologia de três cultivares de lúpulo submetido às condições brasileiras e com foco na transição floral. Analisamos o padrão de crescimento e algumas pistas ambientais e relacionamos esses dados com o padrão de expressão dos microRNAs 156/172 durante o desenvolvimento. As avaliações fenotípicas (número de nós, heteroblastia, flores) foram acompanhadas da diminuição dos níveis de expressão de miR156 e aumento dos níveis de miR172. Isso sugere que a floração em plantas de lúpulo submetidas às condições subtropicais brasileiras, é dependente da idade e pode ocorrer em qualquer época do ano. No segundo trabalho, uma vez que MADS-box é uma importante família de fatores de transcrição envolvidos em muitos aspectos do desenvolvimento da planta, realizamos uma identificação geral dessa família no genoma do lúpulo. Encontramos 65 genes MADS-box, sendo eles classificados em 11 subfamílias dentro do grupo tipo II (MIKCc) e em três subfamílias do tipo I. No grupo MIKCC, não encontramos membros das subfamílias FLC e AGL17 envolvidos na repressão e ativação do florescimento, respectivamente. FLC está relacionada à vernalização, portanto, esses resultados juntamente com o fato de o lúpulo florescer em nossos experimentos sugerem que períodos frios não são necessários para a floração do lúpulo, enquanto outros ativadores florais além do AGL17 são capazes de promover a transição de fase. A presença e o perfil de expressão dos genes da classe A classe B, classe C/D e classe E nos permitiu propor como estes influenciam a arquitetura floral do lúpulo. Além disso, foi identificado um gene MADS-box expresso exclusivamente nas glândulas de lupulina, o qual poderia estar envolvido no metabolismo secundário nas glândulas de lupulina. Assim, nosso trabalho contribui para a compreensão do desenvolvimento do lúpulo e aspectos moleculares relacionados à transição floral abrem perspectivas para programas de melhoramento e cultivo em regiões diferentes das zonas temperadas.
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spelling 2022-05-03T22:36:28Z2022-05-03T22:36:28Z2022-05-032022-02-09GUTIÉRREZ, R. Y. M. Phenotypic, bioinformatics and molecular analyses related to the development and reproductive transition of Humulus lupulus l. (Hop) in subtropical regions of Brazil. 2022. 88 p. Dissertação (Mestrado em Agronomia/Fisiologia Vegetal) - Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2022.https://repositorio.ufla.br/handle/1/49858As plantas evoluíram para perceber sinais endógenos e ambientais para ajustar seu ciclo fenológico, aumentando a chance de sucesso reprodutivo. Esses processos variam consideravelmente entre plantas de diferentes regiões sujeitas a condições climáticas variáveis. Com o objetivo de estabelecer a cultura do lúpulo nas regiões subtropicais do Brasil, é indispensável entender o desenvolvimento e a plasticidade das plantas em resposta às mudanças ambientais e determinar os fatores que ditam a transição floral. Para atingir este objetivo, primeiro realizamos uma revisão (primeiro capítulo) e depois dois trabalhos experimentais. Na primeira, estudamos a fenologia de três cultivares de lúpulo submetido às condições brasileiras e com foco na transição floral. Analisamos o padrão de crescimento e algumas pistas ambientais e relacionamos esses dados com o padrão de expressão dos microRNAs 156/172 durante o desenvolvimento. As avaliações fenotípicas (número de nós, heteroblastia, flores) foram acompanhadas da diminuição dos níveis de expressão de miR156 e aumento dos níveis de miR172. Isso sugere que a floração em plantas de lúpulo submetidas às condições subtropicais brasileiras, é dependente da idade e pode ocorrer em qualquer época do ano. No segundo trabalho, uma vez que MADS-box é uma importante família de fatores de transcrição envolvidos em muitos aspectos do desenvolvimento da planta, realizamos uma identificação geral dessa família no genoma do lúpulo. Encontramos 65 genes MADS-box, sendo eles classificados em 11 subfamílias dentro do grupo tipo II (MIKCc) e em três subfamílias do tipo I. No grupo MIKCC, não encontramos membros das subfamílias FLC e AGL17 envolvidos na repressão e ativação do florescimento, respectivamente. FLC está relacionada à vernalização, portanto, esses resultados juntamente com o fato de o lúpulo florescer em nossos experimentos sugerem que períodos frios não são necessários para a floração do lúpulo, enquanto outros ativadores florais além do AGL17 são capazes de promover a transição de fase. A presença e o perfil de expressão dos genes da classe A classe B, classe C/D e classe E nos permitiu propor como estes influenciam a arquitetura floral do lúpulo. Além disso, foi identificado um gene MADS-box expresso exclusivamente nas glândulas de lupulina, o qual poderia estar envolvido no metabolismo secundário nas glândulas de lupulina. Assim, nosso trabalho contribui para a compreensão do desenvolvimento do lúpulo e aspectos moleculares relacionados à transição floral abrem perspectivas para programas de melhoramento e cultivo em regiões diferentes das zonas temperadas.Plants have evolved to perceive endogenous and environmental signals to better adjust their phenological cycle, increasing the chance of reproductive success. These processes vary considerably between plants from different regions subject to variable climatic conditions. With the aim to establish the hop culture in subtropical regions of Brazil, it is indispensable to understand the plant development and plasticity in response to environmental changes and determine the factors that dictate the floral transition. To achieve this goal, first we performed a review (first chapter) and then two experimental works. In the first, we study the hop phenology subjected to Brazilian conditions and focusing on the floral transition. In detail, we analyzed the growth pattern and some environmental cues and related these data to the expression pattern of microRNAs 156/172 during the development. The phenotypic evaluations (number of nodes, heteroblasty, flowers) were followed by a decrease of miR156 expression levels and increase of miR172 levels. This suggested that the flowering in hop plants subjected to subtropical Brazilian conditions but irrigated is dependent on the age and can occur at any time of year. In the second work, since MADS-box is an important family of transcription factors involved in many aspects of plant development, we performed a genome-wide and transcriptional analysis. We found 65 MADS-box genes in the hop genome being them classified into 11 subfamilies within type II group (MIKCc) and in three subfamilies of type I. In the MIKCC group, we did not find members of the FLC and AGL17 subfamilies, involved in flowering repression and activation, respectively. FLC is related to vernalization thus, these results together with the fact that hop bloomed in our experiments suggest that cold periods are not necessary for hop flowering, whereas other floral activators than AGL17 are able to promote phase transition. The presence and expression profile of A-class, B-class, C/D-class, and E- class genes allowed us to propose how these influence the hop floral architecture. Moreover, it was identified a MADS-box gene expressed exclusively in the lupulin glands and involved in the secondary metabolism in the lupulin glands. Thus, our work contributes to understanding hop development and molecular aspects related to floral transition open perspectives to breeding programs and cultivation in different regions than temperate zones.Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)Universidade Federal de LavrasEscola de Ciências Agrárias de Lavras (ESAL)Programa de Pós-Graduação em Agronomia/Fisiologia VegetalUFLAbrasilDepartamento de Biologia (DBI)Ciências AgráriasHumulus lupulusMADS-box genesPhenologyFenologiaGenes MADS-boxPhenotypic, bioinformatics and molecular analyses related to the development and reproductive transition of Humulus lupulus l. (Hop) in subtropical regions of BrazilAnalises fenotípicos, bioinformáticos e moleculares relacionados ao desenvolvimento e à transição reprodutiva do lúpulo (Humulus lupulus l.) em regiões subtropicais do Brasilinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisChalfun Júnior, AntonioOliveira, Raphael Ricon deRufato, LeoBenedito, Vagner AugustoGutiérrez, Robert Yonel Márquezinfo:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Repositório Institucional da UFLAinstname:Universidade Federal de Lavras (UFLA)instacron:UFLALICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-8953https://repositorio.ufla.br/bitstreams/dce5f994-5d84-4e5a-89a4-b10d8a2702a5/download760884c1e72224de569e74f79eb87ce3MD51falseAnonymousREADORIGINALDISSERTAÇÃO_Phenotypic, bioinformatics and molecular analyses related to the development and reproductive transition of Humulus lupulus l. 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