RNAs não codificadores longos em Schistosoma mansoni : predição e perfil de expressão diferencial no estágio evolutivo de verme adulto.

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2018
Autor(a) principal: Oliveira, Victor Fernandes de
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Tese
Tipo de acesso: Acesso aberto
dARK ID: ark:/61566/0013000005tgh
Idioma: por
Instituição de defesa: Não Informado pela instituição
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Schistosoma mansoni
Regulação de expressão gênica
Bioinformática
Link de acesso: http://www.repositorio.ufop.br/handle/123456789/11422
Resumo: Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia. Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas, Pró-Reitoria de Pesquisa de Pós Graduação, Universidade Federal de Ouro Preto.
id UFOP_79db2620142119f1bde58b3ee463f309
oai_identifier_str oai:repositorio.ufop.br:123456789/11422
network_acronym_str UFOP
network_name_str Repositório Institucional da UFOP
repository_id_str
spelling RNAs não codificadores longos em Schistosoma mansoni : predição e perfil de expressão diferencial no estágio evolutivo de verme adulto.Schistosoma mansoniRegulação de expressão gênicaBioinformáticaPrograma de Pós-Graduação em Biotecnologia. Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas, Pró-Reitoria de Pesquisa de Pós Graduação, Universidade Federal de Ouro Preto.A esquistossomose é considerada uma doença debilitante de grande impacto socioeconômico no mundo causada por platelmintos do gênero Schistosoma. Uma das principais espécies identificadas nesse gênero é o parasita Schistosoma mansoni, que apresenta um ciclo de vida bastante complexo. Acredita-se que a complexidade dos programas de diferenciação e desenvolvimento observado entre os diferentes estágios evolutivos e ambientes onde o parasita vive seja dependente da regulação da expressão gênica. Os RNAs não codificantes representam uma das principais classes de moléculas que potencialmente controlam a regulação gênica nos níveis: epigenético, transcricional, pós-transcricional e traducional. Esses RNAs são divididos em dois grandes grupos, os RNAs pequenos não codificantes de proteína e os RNAs longos não codificantes (lncRNAs), o foco desse projeto. Os lncRNAs correspondem aos transcritos com mais de 200 nucleotídeos e que não codificam proteínas. Particularmente, estão envolvidos em diversas funções regulatórias celulares, como regular a transcrição, induzir o remodelamento da cromatina e modificações em histonas, originar siRNAs endógenos, modular atividades de proteínas, alterar a localização celular de proteínas, ser precursores de pequenos RNAs, entre outros. A hipótese desse trabalho é que o S. mansoni expresse um conjunto de lncRNAs de forma diferencial através da reprogramação de sua expressão gênica em determinados estágios evolutivos. Para investigá-la foi utilizado um conjunto de dados de RNA-seq disponível para a fase adulta do parasito objetivando: (i) a montagem de um pipeline para identificar e caracterizar lncRNAs a partir de dados de RNA-seq com alta confiança; (ii) classificar os novos lncRNAs preditos utilizando a anotação Gene Ontology; (iii) analisar a expressão de um conjunto de 20 lncRNAs em cercária, esquistossômulos com 3,5h de cultivo in vitro, machos, fêmeas, casal e ovos; (iv) analisar a expressão de lncRNAs em parasitos resistentes ao praziquantel e (v) analisar a expressão de lncRNAs em fígado de camundongo infectado e não infectado com S. mansoni. Foram identificados 170 novos Sm-lncRNAs com termos de ontologia relacionados ao metabolismo, transporte e biossíntese. Quinze dos preditos lncRNAs mostraram expressão diferencial nos estágios avaliados, bem como entre machos e fêmeas. Alguns apresentaram expressão diferencial em parasitos com resistência ao praziquantel e em fígado de camundongos infectados. Esses achados abrem novas perspectivas para estudos funcionais focados em resistência a essa droga e desenvolvimento de biomarcadores específicos para a esquistossomose.Schistosomiasis is a debilitating disease of great socioeconomic impact in the world caused by flatworms of the genus Schistosoma. One of the main species identified in this genus is the parasite Schistosoma mansoni, which presents a very complex life cycle. The differentiation and development programs complexity observed among the different evolutionary stages and environments where the parasite lives depend on the gene expression. Non-coding RNAs represent one of the major classes of molecules that potentially control gene regulation at levels: epigenetic, transcriptional, post-transcriptional, and translational. These RNAs are divided into two large groups, the small non-coding RNAs and the long non-coding RNAs (lncRNAs), the focus of this study. The lncRNAs correspond to transcripts with more than 200 nucleotides and are not responsible for protein coding. In particular, they are involved in several cellular regulatory functions, such as regulating transcription, inducing chromatin remodeling and histone modifications, originating endogenous siRNAs, modulating protein activities, altering cell localization of proteins, being precursors of small RNAs and others functions. This study hypothesis is that S. mansoni expresses a set of lncRNAs differentially by reprogramming their gene expression at certain evolutionary stages. To investigate it, a set of available RNA-seq data was used for the adult phase of the parasite aiming at: (i) assembling a pipeline to identify and characterize lncRNAs from highly reliable RNA-seq data; (ii) classify the novel lncRNAs predicted using the Gene Ontology annotation; (iii) to analyze the expression of a set of 20 lncRNAs in cercariae, schistosomules with 3.5 h of in vitro culture, males, females, couple and eggs; (iv) to analyze the expression of lncRNAs in praziquantel resistant parasites and (v) to analyze the expression of lncRNAs in the liver of infected and uninfected S. mansoni mice. We identified 170 new Sm-lncRNAs with terms of ontology related to metabolism, transport and biosynthesis. Fifteen of them showed differential expression in the evaluated stages, as well as between males and females. Some showed differential expression in parasites with resistance to praziquantel and in liver of infected mice. These findings highlight new perspectives for functional studies focused on resistance to this drug and specific biomarkers development for schistosomiasis.Cota, Renata Guerra de SáCota, Renata Guerra de SáFreitas, Henrique Cota deMoreira, Leandro MarcioGomes, Matheus de SouzaBorges, William de CastroOliveira, Victor Fernandes de2019-06-05T13:54:10Z2019-06-05T13:54:10Z2018info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfOLIVEIRA, Victor Fernandes de. RNAs não codificadores longos em Schistosoma mansoni : predição e perfil de expressão diferencial no estágio evolutivo de verme adulto. 2018. 129 f. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas, Universidade Federal de Ouro Preto, Ouro Preto, 2018.http://www.repositorio.ufop.br/handle/123456789/11422ark:/61566/0013000005tghAutorização concedida ao Repositório Institucional da UFOP pelo(a) autor(a) em 11/05/2018 com as seguintes condições: disponível sob Licença Creative Commons 4.0 que permite copiar, distribuir e transmitir o trabalho desde que sejam citados o autor e o licenciante. Não permite o uso para fins comerciais nem a adaptação.info:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Repositório Institucional da UFOPinstname:Universidade Federal de Ouro Preto (UFOP)instacron:UFOP2024-11-10T16:59:03Zoai:repositorio.ufop.br:123456789/11422Repositório InstitucionalPUBhttp://www.repositorio.ufop.br/oai/requestrepositorio@ufop.edu.bropendoar:32332024-11-10T16:59:03Repositório Institucional da UFOP - Universidade Federal de Ouro Preto (UFOP)false
dc.title.none.fl_str_mv RNAs não codificadores longos em Schistosoma mansoni : predição e perfil de expressão diferencial no estágio evolutivo de verme adulto.
title RNAs não codificadores longos em Schistosoma mansoni : predição e perfil de expressão diferencial no estágio evolutivo de verme adulto.
spellingShingle RNAs não codificadores longos em Schistosoma mansoni : predição e perfil de expressão diferencial no estágio evolutivo de verme adulto.
Oliveira, Victor Fernandes de
Schistosoma mansoni
Regulação de expressão gênica
Bioinformática
title_short RNAs não codificadores longos em Schistosoma mansoni : predição e perfil de expressão diferencial no estágio evolutivo de verme adulto.
title_full RNAs não codificadores longos em Schistosoma mansoni : predição e perfil de expressão diferencial no estágio evolutivo de verme adulto.
title_fullStr RNAs não codificadores longos em Schistosoma mansoni : predição e perfil de expressão diferencial no estágio evolutivo de verme adulto.
title_full_unstemmed RNAs não codificadores longos em Schistosoma mansoni : predição e perfil de expressão diferencial no estágio evolutivo de verme adulto.
title_sort RNAs não codificadores longos em Schistosoma mansoni : predição e perfil de expressão diferencial no estágio evolutivo de verme adulto.
author Oliveira, Victor Fernandes de
author_facet Oliveira, Victor Fernandes de
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Cota, Renata Guerra de Sá
Cota, Renata Guerra de Sá
Freitas, Henrique Cota de
Moreira, Leandro Marcio
Gomes, Matheus de Souza
Borges, William de Castro
dc.contributor.author.fl_str_mv Oliveira, Victor Fernandes de
dc.subject.por.fl_str_mv Schistosoma mansoni
Regulação de expressão gênica
Bioinformática
topic Schistosoma mansoni
Regulação de expressão gênica
Bioinformática
description Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia. Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas, Pró-Reitoria de Pesquisa de Pós Graduação, Universidade Federal de Ouro Preto.
publishDate 2018
dc.date.none.fl_str_mv 2018
2019-06-05T13:54:10Z
2019-06-05T13:54:10Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv OLIVEIRA, Victor Fernandes de. RNAs não codificadores longos em Schistosoma mansoni : predição e perfil de expressão diferencial no estágio evolutivo de verme adulto. 2018. 129 f. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas, Universidade Federal de Ouro Preto, Ouro Preto, 2018.
http://www.repositorio.ufop.br/handle/123456789/11422
dc.identifier.dark.fl_str_mv ark:/61566/0013000005tgh
identifier_str_mv OLIVEIRA, Victor Fernandes de. RNAs não codificadores longos em Schistosoma mansoni : predição e perfil de expressão diferencial no estágio evolutivo de verme adulto. 2018. 129 f. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas, Universidade Federal de Ouro Preto, Ouro Preto, 2018.
ark:/61566/0013000005tgh
url http://www.repositorio.ufop.br/handle/123456789/11422
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UFOP
instname:Universidade Federal de Ouro Preto (UFOP)
instacron:UFOP
instname_str Universidade Federal de Ouro Preto (UFOP)
instacron_str UFOP
institution UFOP
reponame_str Repositório Institucional da UFOP
collection Repositório Institucional da UFOP
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UFOP - Universidade Federal de Ouro Preto (UFOP)
repository.mail.fl_str_mv repositorio@ufop.edu.br
_version_ 1856654665929719808

Registros relacionados