Mapeamento físico dos retrotransposons boudicca e perere no genoma do Schistosoma mansoni.

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2006
Autor(a) principal: Valentim, Cláudia Laignier Lage
Orientador(a): Babá, Élio Hideo
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas. Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas, Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós Graduação, Universidade Federal de Ouro Preto.
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Link de acesso: http://www.repositorio.ufop.br/handle/123456789/3330
Resumo: O Schistosoma mansonié o agente etiológico da esquistossomose, uma doença endêmica em vários países. O estudo do seu genoma, estimado em 270Mb é de grande importância para se entender a sua biologia, os mecanismos de resistência a drogas e sua variação antigênica. O mapeamento físico do genoma do S. mansoniestá sendo construído e a localização de genes pelas técnicas de FISH (Fluorescence in situhybridization) e PRINS (Primed in situlabeling), são estratégias utilizadas neste estudo, entretanto, há pouca informação disponível sobre estemapeamento. O principal objetivo deste trabalho foi a localização do retrotransposon Perere, com grande nível de expressão gênica e o Boudicca, que está presente em grande número de cópias, e que representam as famílias deretrotransposon, respectivamente, não-LTR e LTR. Os BAC clones 1A e 11A foram selecionados por bioinformática por apresentaram similaridade para o Perere e Boudicca, respectivamente. Utilizando cromossomos metafásicos obtidos a partir de esporocistos da cepa LE do S. mansonie as técnicas de FISH e PRINS foi possível, pela primeira vez, localizarfisicamente estes retrotransposons. O Perere foi localizado nas regiões de eucromatina do par de cromossomos homólogos 2 e o Boudicca, nas regiões de eucromatina dos cromossomos 2 e Z. Estas localizações abrem a perspectiva de se estudar a localização destes retrotransposons nas várias fases do ciclo de vida do parasito o que permitirá inferir sobre a transposição destes elementos para as demais regiões dos mesmos cromossomos, ou mesmo, para outros cromossomos. Uma vez observada estas variações na localização, poderemos inferir sobre a função destes retrotransposons nos mecanismos de variabilidade genética observada neste parasito.
id UFOP_d6c287ee57b07d064a2492e62de01fe7
oai_identifier_str oai:localhost:123456789/3330
network_acronym_str UFOP
network_name_str Repositório Institucional da UFOP
repository_id_str
spelling Valentim, Cláudia Laignier LageBabá, Élio Hideo2013-10-08T15:34:41Z2013-10-08T15:34:41Z2006VALENTIM, C. L. L. Mapeamento físico dos retrotransposons boudicca e perere no genoma do Schistosoma mansoni. 2006. 85 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas) - Universidade Federal de Ouro Preto, Ouro Preto, 2006.http://www.repositorio.ufop.br/handle/123456789/3330O Schistosoma mansonié o agente etiológico da esquistossomose, uma doença endêmica em vários países. O estudo do seu genoma, estimado em 270Mb é de grande importância para se entender a sua biologia, os mecanismos de resistência a drogas e sua variação antigênica. O mapeamento físico do genoma do S. mansoniestá sendo construído e a localização de genes pelas técnicas de FISH (Fluorescence in situhybridization) e PRINS (Primed in situlabeling), são estratégias utilizadas neste estudo, entretanto, há pouca informação disponível sobre estemapeamento. O principal objetivo deste trabalho foi a localização do retrotransposon Perere, com grande nível de expressão gênica e o Boudicca, que está presente em grande número de cópias, e que representam as famílias deretrotransposon, respectivamente, não-LTR e LTR. Os BAC clones 1A e 11A foram selecionados por bioinformática por apresentaram similaridade para o Perere e Boudicca, respectivamente. Utilizando cromossomos metafásicos obtidos a partir de esporocistos da cepa LE do S. mansonie as técnicas de FISH e PRINS foi possível, pela primeira vez, localizarfisicamente estes retrotransposons. O Perere foi localizado nas regiões de eucromatina do par de cromossomos homólogos 2 e o Boudicca, nas regiões de eucromatina dos cromossomos 2 e Z. Estas localizações abrem a perspectiva de se estudar a localização destes retrotransposons nas várias fases do ciclo de vida do parasito o que permitirá inferir sobre a transposição destes elementos para as demais regiões dos mesmos cromossomos, ou mesmo, para outros cromossomos. Uma vez observada estas variações na localização, poderemos inferir sobre a função destes retrotransposons nos mecanismos de variabilidade genética observada neste parasito.Schistosoma mansoniis the main causative agent of schistosomiasis, an endemic disease in many countries. The study of its genome, expected in 270Mb is very important to understand its biology, the mechanisms of drug resistance and their antigenic variation. The S. mansonigenome physical mapping is under construction and genes localization by FISH (Fluorescence in situhybridization) and PRINS (Primed in situlabeling) are strategies used for this study, moreover, little information about this is actually available. The goal of this work was the physical mapping ofthe retrotransposons Perere, non-LTR, which presents high transcriptional activity and Boudicca,LTR, that presents high number of copies in S. mansonigenome. The BAC clones 1A and 11A were selected through bioinformatic analysis showing similarities to the retrotransposons Perere and Boudicca, respectively. By using metaphase chromosomes from S. mansoniLE sporocysts with FISHand PRINS techniques we were able, for the first time, to map these retrotransposons in the parasite’s chromosomes. Perere was localized ineuchromatin regions of the pair of chromosomes 2 and Boudicca in the euchromatic regions of chromosomes 2 and Z. From the mapping of these retrotransposons and studies about their localizations in different phases of parasite’s cycle we could infer about their transposition capacities. Once detected in different localizations during the phases of the cycle, we can infer the hole of these retrotransposons on genetic variabilities of the parasite.Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas. Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas, Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós Graduação, Universidade Federal de Ouro Preto.Esquistossomose mansônicaGenomasGenéticasBiologia molecularMapeamento físico dos retrotransposons boudicca e perere no genoma do Schistosoma mansoni.info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisporreponame:Repositório Institucional da UFOPinstname:Universidade Federal de Ouro Preto (UFOP)instacron:UFOPinfo:eu-repo/semantics/openAccessLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-82636http://www.repositorio.ufop.br/bitstream/123456789/3330/2/license.txtc2ffdd99e58acf69202dff00d361f23aMD52ORIGINALDISSERTAÇÃO_MapeamentoFísicoRetrotrasnposonsn.pdfDISSERTAÇÃO_MapeamentoFísicoRetrotrasnposonsn.pdfapplication/pdf5199769http://www.repositorio.ufop.br/bitstream/123456789/3330/1/DISSERTA%c3%87%c3%83O_MapeamentoF%c3%adsicoRetrotrasnposonsn.pdfa658e00c44725a34c3410f881e5a774dMD51123456789/33302019-04-25 11:20:59.586oai:localhost: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Repositório InstitucionalPUBhttp://www.repositorio.ufop.br/oai/requestrepositorio@ufop.edu.bropendoar:32332019-04-25T15:20:59Repositório Institucional da UFOP - Universidade Federal de Ouro Preto (UFOP)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Mapeamento físico dos retrotransposons boudicca e perere no genoma do Schistosoma mansoni.
title Mapeamento físico dos retrotransposons boudicca e perere no genoma do Schistosoma mansoni.
spellingShingle Mapeamento físico dos retrotransposons boudicca e perere no genoma do Schistosoma mansoni.
Valentim, Cláudia Laignier Lage
Esquistossomose mansônica
Genomas
Genéticas
Biologia molecular
title_short Mapeamento físico dos retrotransposons boudicca e perere no genoma do Schistosoma mansoni.
title_full Mapeamento físico dos retrotransposons boudicca e perere no genoma do Schistosoma mansoni.
title_fullStr Mapeamento físico dos retrotransposons boudicca e perere no genoma do Schistosoma mansoni.
title_full_unstemmed Mapeamento físico dos retrotransposons boudicca e perere no genoma do Schistosoma mansoni.
title_sort Mapeamento físico dos retrotransposons boudicca e perere no genoma do Schistosoma mansoni.
author Valentim, Cláudia Laignier Lage
author_facet Valentim, Cláudia Laignier Lage
author_role author
dc.contributor.author.fl_str_mv Valentim, Cláudia Laignier Lage
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Babá, Élio Hideo
contributor_str_mv Babá, Élio Hideo
dc.subject.por.fl_str_mv Esquistossomose mansônica
Genomas
Genéticas
Biologia molecular
topic Esquistossomose mansônica
Genomas
Genéticas
Biologia molecular
description O Schistosoma mansonié o agente etiológico da esquistossomose, uma doença endêmica em vários países. O estudo do seu genoma, estimado em 270Mb é de grande importância para se entender a sua biologia, os mecanismos de resistência a drogas e sua variação antigênica. O mapeamento físico do genoma do S. mansoniestá sendo construído e a localização de genes pelas técnicas de FISH (Fluorescence in situhybridization) e PRINS (Primed in situlabeling), são estratégias utilizadas neste estudo, entretanto, há pouca informação disponível sobre estemapeamento. O principal objetivo deste trabalho foi a localização do retrotransposon Perere, com grande nível de expressão gênica e o Boudicca, que está presente em grande número de cópias, e que representam as famílias deretrotransposon, respectivamente, não-LTR e LTR. Os BAC clones 1A e 11A foram selecionados por bioinformática por apresentaram similaridade para o Perere e Boudicca, respectivamente. Utilizando cromossomos metafásicos obtidos a partir de esporocistos da cepa LE do S. mansonie as técnicas de FISH e PRINS foi possível, pela primeira vez, localizarfisicamente estes retrotransposons. O Perere foi localizado nas regiões de eucromatina do par de cromossomos homólogos 2 e o Boudicca, nas regiões de eucromatina dos cromossomos 2 e Z. Estas localizações abrem a perspectiva de se estudar a localização destes retrotransposons nas várias fases do ciclo de vida do parasito o que permitirá inferir sobre a transposição destes elementos para as demais regiões dos mesmos cromossomos, ou mesmo, para outros cromossomos. Uma vez observada estas variações na localização, poderemos inferir sobre a função destes retrotransposons nos mecanismos de variabilidade genética observada neste parasito.
publishDate 2006
dc.date.issued.fl_str_mv 2006
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2013-10-08T15:34:41Z
dc.date.available.fl_str_mv 2013-10-08T15:34:41Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.citation.fl_str_mv VALENTIM, C. L. L. Mapeamento físico dos retrotransposons boudicca e perere no genoma do Schistosoma mansoni. 2006. 85 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas) - Universidade Federal de Ouro Preto, Ouro Preto, 2006.
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://www.repositorio.ufop.br/handle/123456789/3330
identifier_str_mv VALENTIM, C. L. L. Mapeamento físico dos retrotransposons boudicca e perere no genoma do Schistosoma mansoni. 2006. 85 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas) - Universidade Federal de Ouro Preto, Ouro Preto, 2006.
url http://www.repositorio.ufop.br/handle/123456789/3330
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.publisher.none.fl_str_mv Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas. Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas, Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós Graduação, Universidade Federal de Ouro Preto.
publisher.none.fl_str_mv Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas. Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas, Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós Graduação, Universidade Federal de Ouro Preto.
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UFOP
instname:Universidade Federal de Ouro Preto (UFOP)
instacron:UFOP
instname_str Universidade Federal de Ouro Preto (UFOP)
instacron_str UFOP
institution UFOP
reponame_str Repositório Institucional da UFOP
collection Repositório Institucional da UFOP
bitstream.url.fl_str_mv http://www.repositorio.ufop.br/bitstream/123456789/3330/2/license.txt
http://www.repositorio.ufop.br/bitstream/123456789/3330/1/DISSERTA%c3%87%c3%83O_MapeamentoF%c3%adsicoRetrotrasnposonsn.pdf
bitstream.checksum.fl_str_mv c2ffdd99e58acf69202dff00d361f23a
a658e00c44725a34c3410f881e5a774d
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UFOP - Universidade Federal de Ouro Preto (UFOP)
repository.mail.fl_str_mv repositorio@ufop.edu.br
_version_ 1797950908177317888