Paralelizando o MOPAC usando CUDA e bibliotecas de Matrizes Esparsas

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2012
Autor(a) principal: Mangueira Junior, Carlos Peixoto
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Universidade Federal da Paraí­ba
BR
Informática
Programa de Pós Graduação em Informática
UFPB
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
informática
CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO
Link de acesso: https://repositorio.ufpb.br/jspui/handle/tede/6062
Resumo: This work describes the implementation of parallel algorithms whose main goal is to accelerate the implementation of numerical calculations existing in quantum chemistry programs. These programs use some methods whose order of complexity varies from O(n3) and O(n5), where n is the parameter related to the amount of atoms in a molecule. This becomes a limiting factor when one wants to work with molecular systems containing thousands of atoms, such as proteins, DNA and polysaccharides. It is explored both the parallelism provided by graphics cards and the CUDA programming model are also used libraries for manipulating sparse matrices, which are common in these calculations. The results show gains of more than 100% for test instances.
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spelling Paralelizando o MOPAC usando CUDA e bibliotecas de Matrizes EsparsasinformáticaCNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAOThis work describes the implementation of parallel algorithms whose main goal is to accelerate the implementation of numerical calculations existing in quantum chemistry programs. These programs use some methods whose order of complexity varies from O(n3) and O(n5), where n is the parameter related to the amount of atoms in a molecule. This becomes a limiting factor when one wants to work with molecular systems containing thousands of atoms, such as proteins, DNA and polysaccharides. It is explored both the parallelism provided by graphics cards and the CUDA programming model are also used libraries for manipulating sparse matrices, which are common in these calculations. The results show gains of more than 100% for test instances.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível SuperiorEste trabalho apresenta a implementação de algoritmos paralelos cujo objetivo principal é acelerar a execução de cálculos numéricos existentes em programas de Química Quântica. Estes programas utilizam alguns métodos cuja ordem de complexidade varia entre O(n3) e O(n5), onde o parâmetro n está relacionado à quantidade de átomos de uma molécula. Isto se torna um fator limitante quando se quer trabalhar com sistemas moleculares contendo milhares de átomos, como por exemplo, proteínas, DNA e polissacarídeos. É explorado tanto o paralelismo proporcionado pelas placas gráficas e pelo modelo de programação CUDA como também são utilizadas bibliotecas para manipulação de matrizes esparsas, que são comuns nestes cálculos. Os resultados obtidos demonstram ganhos superiores a 100% para as instâncias testes.Universidade Federal da Paraí­baBRInformáticaPrograma de Pós Graduação em InformáticaUFPBCabral, Lucídio dos Anjos Formigahttp://lattes.cnpq.br/6699185881827288Rocha, Gerd Bruno dahttp://lattes.cnpq.br/9404945858555096Mangueira Junior, Carlos Peixoto2015-05-14T12:36:31Z2018-07-21T00:14:18Z2012-05-222018-07-21T00:14:18Z2012-03-23info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfMANGUEIRA JUNIOR, Carlos Peixoto. Paralelizando o MOPAC usando CUDA e bibliotecas de Matrizes Esparsas. 2012. 86 f. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Federal da Paraí­ba, João Pessoa, 2012.https://repositorio.ufpb.br/jspui/handle/tede/6062porinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFPBinstname:Universidade Federal da Paraíba (UFPB)instacron:UFPB2018-09-06T02:07:08Zoai:repositorio.ufpb.br:tede/6062Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttps://repositorio.ufpb.br/PUBhttp://tede.biblioteca.ufpb.br:8080/oai/requestdiretoria@ufpb.br|| diretoria@ufpb.bropendoar:2018-09-06T02:07:08Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFPB - Universidade Federal da Paraíba (UFPB)false
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