Genômica estrutural e funcional de genes correguladores de cana-de-açúcar em resposta a supressão de rega

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2020
Autor(a) principal: SILVA, Rahisa Helena da
Orientador(a): KIDO, Éderson Akio
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
dARK ID: ark:/64986/0013000007vwj
Idioma: por
Instituição de defesa: Universidade Federal de Pernambuco
Programa de Pós-Graduação: Programa de Pos Graduacao em Genetica
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Brasil
Palavras-chave em Português:
Cana-de-açúcar
Cana-de-açúcar – Melhoramento genético
Genética vegetal
Link de acesso: https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/38432
Resumo: A cana-de-açúcar (Saccharum spp.) é uma cultura de elevada importância econômica, porém, sua produtividade é fortemente ameaçada pela seca. Plantas submetidas a estresses modulam seu transcriptoma com o intuito de minimizar os danos decorrentes. Os genes que atuam na regulação da expressão gênica atuam de frente a esta resposta, dentre estes, os correguladores (CoREGs) carecem de estudos acerca de como se comportam em plantas sob estresse. O presente trabalho representa o primeiro CoREGoma descrito para cana-de-açúcar, que abrange todas as suas 24 famílias e composto por 3.800 transcritos. Uma metodologia de transcriptômica (HT-SuperSAGE) foi aplicada a acessos de cana-de-açúcar contrastantes (tolerante e sensível) submetidos a supressão de rega (24 h) e permitiu levantar o perfil transcricional dos CoREGs nas raízes dos acessos frente ao estímulo aplicado. Os CoREGs identificados foram submetidos a análises de enriquecimento de termos de ontologia gênica (GO) e de fatores de transcrição. Os termos GO confirmaram a natureza indireta da atuação do grupo na regulação da expressão gênica, bem como, fatores de transcrição associados a respostas a estresses abióticos foram preditos a regular CoREGs associados as unitags diferencialmente expressas. Prováveis CoREGs ortólogos foram distribuídos em todos os cromossomos de sorgo, milho e arroz. A comparação da distribuição dos loci por cromossomos tendo sorgo por referência mostrou um maior grau de microssintenia entre sorgo e arroz, mesmo sendo arroz mais distante evolutivamente quando comparado com milho. Os CoREGs de expressões validadas por qPCR abrangem vias importantes frente a estresses abióticos e muito provavelmente contribuem para a melhor performance dos acessos tolerantes frente ao estímulo aplicado.
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spelling SILVA, Rahisa Helena dahttp://lattes.cnpq.br/5734717184240027http://lattes.cnpq.br/6460993939012827KIDO, Éderson Akio2020-10-26T17:10:42Z2020-10-26T17:10:42Z2020-02-20SILVA, Rahisa Helena da. Genômica estrutural e funcional de genes correguladores de cana-de-açúcar em resposta a supressão de rega. 2020. Dissertação (Mestrado em Genética) - Universidade Federal de Pernambuco, Recife, 2020.https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/38432ark:/64986/0013000007vwjA cana-de-açúcar (Saccharum spp.) é uma cultura de elevada importância econômica, porém, sua produtividade é fortemente ameaçada pela seca. Plantas submetidas a estresses modulam seu transcriptoma com o intuito de minimizar os danos decorrentes. Os genes que atuam na regulação da expressão gênica atuam de frente a esta resposta, dentre estes, os correguladores (CoREGs) carecem de estudos acerca de como se comportam em plantas sob estresse. O presente trabalho representa o primeiro CoREGoma descrito para cana-de-açúcar, que abrange todas as suas 24 famílias e composto por 3.800 transcritos. Uma metodologia de transcriptômica (HT-SuperSAGE) foi aplicada a acessos de cana-de-açúcar contrastantes (tolerante e sensível) submetidos a supressão de rega (24 h) e permitiu levantar o perfil transcricional dos CoREGs nas raízes dos acessos frente ao estímulo aplicado. Os CoREGs identificados foram submetidos a análises de enriquecimento de termos de ontologia gênica (GO) e de fatores de transcrição. Os termos GO confirmaram a natureza indireta da atuação do grupo na regulação da expressão gênica, bem como, fatores de transcrição associados a respostas a estresses abióticos foram preditos a regular CoREGs associados as unitags diferencialmente expressas. Prováveis CoREGs ortólogos foram distribuídos em todos os cromossomos de sorgo, milho e arroz. A comparação da distribuição dos loci por cromossomos tendo sorgo por referência mostrou um maior grau de microssintenia entre sorgo e arroz, mesmo sendo arroz mais distante evolutivamente quando comparado com milho. Os CoREGs de expressões validadas por qPCR abrangem vias importantes frente a estresses abióticos e muito provavelmente contribuem para a melhor performance dos acessos tolerantes frente ao estímulo aplicado.CNPqSugarcane (Saccharum spp.) is a crop of high economic importance, however, its productivity is strongly threatened by drought. Plants subjected to stress modulate their transcriptome in order to minimize the resulting damage. The genes that act in the regulation of gene expression act against this response, among them, the coregulators (CoREGs) lack studies on how they behave in plants under stress. The present work represents the first CoREGoma described for sugarcane, which covers all 24 families and consists of 3,800 transcripts. A transcriptomic methodology (HTSuperSAGE) was applied to contrasting sugarcane accessions (tolerant and sensitive) submitted to irrigation suppression (24 h) and allowed to raise the transcriptional profile of CoREGs at the roots of the accessions in view of the applied stimulus. The identified CoREGs were submitted to enrichment analyzes of gene ontology (GO) terms and transcription factors. The terms GO confirmed the indirect nature of the group's role in regulating gene expression, as well as, transcription factors associated with responses to abiotic stresses were predicted to regulate CoREGs associated with differentially expressed unitags. Probable orthologous CoREGs were distributed on all sorghum, maize and rice chromosomes. Comparison of loci distribution by chromosomes, with sorghum being the reference, showed a higher degree of microsyntheny between sorghum and rice, even though rice is evolutionarily more distant when compared to maize. The qPCR-validated CoREGs cover important pathways against abiotic stresses and most likely contribute to the better performance of tolerant accesses against the applied stimulus.porUniversidade Federal de PernambucoPrograma de Pos Graduacao em GeneticaUFPEBrasilAttribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazilhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/info:eu-repo/semantics/openAccessCana-de-açúcarCana-de-açúcar – Melhoramento genéticoGenética vegetalGenômica estrutural e funcional de genes correguladores de cana-de-açúcar em resposta a supressão de regainfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesismestradoreponame:Repositório Institucional da UFPEinstname:Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)instacron:UFPEORIGINALDISSERTAÇÃO Rahisa Helena da Silva.pdfDISSERTAÇÃO Rahisa Helena da Silva.pdfapplication/pdf2249011https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/38432/1/DISSERTA%c3%87%c3%83O%20Rahisa%20Helena%20da%20Silva.pdf55fa1411b5c8b4c043969f4f71a96116MD51CC-LICENSElicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; 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