Análise de receptores tool-like e citocinas envolvidas na susceptibilidade à infecções virais

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2021
Autor(a) principal: PEREIRA, Gisnayle Ana da Silva
Orientador(a): LIMA FILHO, José Luiz de
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Tese
Tipo de acesso: Acesso embargado
Idioma: por
Instituição de defesa: Universidade Federal de Pernambuco
Programa de Pós-Graduação: Programa de Pos Graduacao em Biologia Aplicada a Saude
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Brasil
Palavras-chave em Português:
Link de acesso: https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/45864
Resumo: Dentre os principais tipos de patologias virais descritas como epidemias estão as infecções ocasionadas pelos vírus da Dengue (DENV), Chikungunya (CHIKV) e Zika (ZIKV). A infecção pelo CHIKV causou grande impacto a saúde pública devido a presença de sintomas altamente debilitantes como, inflamações nas articulações que podem durar meses ou anos. A inflamação induzida pela infecção viral está associada a moléculas da imunidade inata, mas pouco se sabe sobre os mecanismos envolvidos na patogênese da infecção, não estando eles totalmente elucidados. Em nossas análises avaliamos polimorfismos em Receptores Toll-Like (TLRs) associados à infecções virais e avaliar a expressão gênica de citocinas induzidas em pacientes infectados pelo vírus Chikungunya. Através do banco de dados de previsão funcional não sinônimo (dbNSFP) coletamos dados de SNPs não sinônimos (nsSNPs) presentes em TLRs (TLR3, 4, 7, 8, 9 e 10) e realizamos uma análise computacional preditiva de impactos funcionais dos nsSNPs nos TLRs através de 16 algoritmos. Ferramentas para previsão de danos estruturais nas proteínas após a mutação também foram utilizados. Adicionalmente, neste estudo, níveis de expressão das citocinas IL-1β, IL-10, IL-18 e IFN-β foram avaliados, por PCR em tempo real, em sangue total de pacientes na fase aguda da infecção por CHIKV (n=43) e de indivíduos saudáveis (IS), não infectados (n=13) utilizados como grupo controle. Treze nsSNPs foram encontrados com alto impacto funcional/estrutural. O nsSNP TLR3 p.Leu532Pro, foi previsto como deletério à função da proteína por todos os algoritmos. TLR4 p.Leu452Arg e TLR7 p.Leu179Arg, além de terem sido previstos como deletérios pela maioria dos algoritmos, foram os nsSNPs que obtiveram maior variação na hidrofobicidade (0.53). Análises em estruturas 3D corroboraram com os resultados dos algoritmos, devido à presença e ao impacto de tais mutações em regiões conservadas, importantes no reconhecimento viral e na dimerização protéica, iniciando a via de sinalização. Os pacientes infectados pelo CHIKV apresentaram diminuição na expressão de IL-18, enquanto um grupo de pacientes apresentou níveis elevados de expressão de IL1-β, e um grupo de pacientes apresentou redução da expressão da citocina, quando comparados aos IS. Valores mais altos de expressão foram encontrados na IL-1β quando comparados à IL-18, havendo diferença estatística significativa de expressão, apesar da expressão de IL-1β e IL-18 ser downregulated. Em nossos resultados a infecção pelo CHIKV em pacientes em fase aguda induziu diminuição na produção de IL-1β e IL-18, moléculas da imunidade inata transcritas por TLRs e ativadas por inflamassomas. Havendo correlação regular positiva entre os genes IL-1β e IL-18 e o gênero dos pacientes, onde níveis de IL-1β são menores em mulheres e níveis de IL-18 são maiores em mulheres, e correlação positiva entre as expressões de IL-1β e IL-18 e a idade dos pacientes, onde níveis mais baixos de expressão de IL-1β e níveis mais altos de expressão de IL-18 estão associados à idades mais avançadas. Através do nosso estudo, descobrimos polimorfismos que podem ter alta correlação com doenças causadas por infecções virais, podendo atuar como potenciais biomarcadores prognósticos, e citocinas que podem ter correlação com a febre Chikungunya, sendo considerados bom marcadores para o direcionamento terapêutico.
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A inflamação induzida pela infecção viral está associada a moléculas da imunidade inata, mas pouco se sabe sobre os mecanismos envolvidos na patogênese da infecção, não estando eles totalmente elucidados. Em nossas análises avaliamos polimorfismos em Receptores Toll-Like (TLRs) associados à infecções virais e avaliar a expressão gênica de citocinas induzidas em pacientes infectados pelo vírus Chikungunya. Através do banco de dados de previsão funcional não sinônimo (dbNSFP) coletamos dados de SNPs não sinônimos (nsSNPs) presentes em TLRs (TLR3, 4, 7, 8, 9 e 10) e realizamos uma análise computacional preditiva de impactos funcionais dos nsSNPs nos TLRs através de 16 algoritmos. Ferramentas para previsão de danos estruturais nas proteínas após a mutação também foram utilizados. Adicionalmente, neste estudo, níveis de expressão das citocinas IL-1β, IL-10, IL-18 e IFN-β foram avaliados, por PCR em tempo real, em sangue total de pacientes na fase aguda da infecção por CHIKV (n=43) e de indivíduos saudáveis (IS), não infectados (n=13) utilizados como grupo controle. Treze nsSNPs foram encontrados com alto impacto funcional/estrutural. O nsSNP TLR3 p.Leu532Pro, foi previsto como deletério à função da proteína por todos os algoritmos. TLR4 p.Leu452Arg e TLR7 p.Leu179Arg, além de terem sido previstos como deletérios pela maioria dos algoritmos, foram os nsSNPs que obtiveram maior variação na hidrofobicidade (0.53). Análises em estruturas 3D corroboraram com os resultados dos algoritmos, devido à presença e ao impacto de tais mutações em regiões conservadas, importantes no reconhecimento viral e na dimerização protéica, iniciando a via de sinalização. Os pacientes infectados pelo CHIKV apresentaram diminuição na expressão de IL-18, enquanto um grupo de pacientes apresentou níveis elevados de expressão de IL1-β, e um grupo de pacientes apresentou redução da expressão da citocina, quando comparados aos IS. Valores mais altos de expressão foram encontrados na IL-1β quando comparados à IL-18, havendo diferença estatística significativa de expressão, apesar da expressão de IL-1β e IL-18 ser downregulated. Em nossos resultados a infecção pelo CHIKV em pacientes em fase aguda induziu diminuição na produção de IL-1β e IL-18, moléculas da imunidade inata transcritas por TLRs e ativadas por inflamassomas. 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The CHIKV infection caused a great impact on public health due to the presence of highly debilitating symptoms such as inflammation in the joints that can last for months or years. Although there are no specific vaccines or drugs for the disease, it is known that inflammation induced by viral infection is associated with innate immunity molecules. However, little is known about the mechanisms involved in the pathogenesis of the infection, and they are not fully elucidated. In our analyzes we evaluated polymorphisms in Toll-Like Receptors (TLRs) associated with viral infections and to evaluate levels of gene expression of cytokines induced in patients infected with the Chikungunya virus. Using the Non-Synonymous Functional Prediction database (dbNSFP), we collected data from non-synonymous SNPs (nsSNPs) present in TLRs (TLR3, 4, 7, 8, 9 and 10) and performed a predictive computational analysis of the functional impacts of nsSNPs in TLRs through 16 algorithms. Tools for predicting structural damage to proteins after the mutation were also used. In addition, in this study, expression levels of the cytokines IL1-β, IL10, IL18 and IFN-β were evaluated, by real-time PCR, in whole blood of patients in the acute phase of CHIKV infection (n = 43) and healthy individuals (IS), uninfected (n = 13) used as a control group. Thirteen nsSNPs were found to have a high functional/structural impact. The nsSNP TLR3 p.Leu532Pro, was predicted to be damage to the function of the protein by all algorithms. TLR4 p.Leu452Arg and TLR7 p.Leu179Arg, in addition to being predicted as deleterious by most algorithms, it was the nsSNPs that obtained the greatest variation in hydrophobicity (0.53). Analysis in 3D structures corroborated with the results of the algorithms, due to the presence and impact of such mutations in conserved regions, important in viral recognition and protein dimerization, initiating the signaling pathway. Patients infected with CHIKV showed a decrease in IL18 expression, while a group of patients showed high levels of IL1-β expression, and a group of patients showed a reduction in cytokine expression, when compared to IS. Higher values of expression were found in IL1-β when compared to IL18, with a statistically significant difference in expression, despite the expression of IL1-β and IL18 being downregulated. In our results, CHIKV infection in patients in the acute phase induced a decrease in the production of IL1-β and IL18, molecules of innate immunity transcribed by TLRs and activated by inflammasomes. There is a regular positive correlation between the IL1-β and IL18 genes and the patient's gender, where IL1-β levels are lower in women and IL18 levels are higher in women, and a positive correlation between IL1- β and IL18 expressions and the age of the patients, where lower levels of IL1-β expression and higher levels of IL18 expression are associated with older ages. Through our study, we discovered polymorphisms that can be highly correlated with diseases caused by viral infections, which can act as potential prognostic biomarkers, and cytokines that can be correlated with Chikungunya fever, being considered good markers for therapeutic targeting.porUniversidade Federal de PernambucoPrograma de Pos Graduacao em Biologia Aplicada a SaudeUFPEBrasilhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/info:eu-repo/semantics/embargoedAccessVirosesChikungunyaImunidade naturalAnálise de receptores tool-like e citocinas envolvidas na susceptibilidade à infecções viraisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisdoutoradoreponame:Repositório Institucional da UFPEinstname:Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)instacron:UFPEORIGINALTESE Gisnayle Ana da Silva Pereira.pdfTESE Gisnayle Ana da Silva Pereira.pdfapplication/pdf2139167https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/45864/1/TESE%20Gisnayle%20Ana%20da%20Silva%20Pereira.pdf28c46d0a653790774c16d53608b50c66MD51CC-LICENSElicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; 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