Caracterização de mutações no gene eIF4E em feijão-caupi e possíveis implicações quanto à resistência ao cowpea aphid-borne mosaic virus (CABMV)
| Ano de defesa: | 2025 |
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| Tipo de documento: | Dissertação |
| Tipo de acesso: | Acesso aberto |
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| Instituição de defesa: |
Universidade Federal de Pernambuco
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| Programa de Pós-Graduação: |
Programa de Pos Graduacao em Genetica e Biologia Molecular
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| Departamento: |
Não Informado pela instituição
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| País: |
Brasil
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| Palavras-chave em Português: | |
| Link de acesso: | https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/65380 |
Resumo: | O feijão-caupi [Vigna unguiculata (L.) Walp] é uma leguminosa de elevada importância socioeconômica, principalmente em regiões semiáridas do Brasil e do mundo. No entanto, sofre perdas significativas causadas por fitopatógenos e pragas virais. Dentre as viroses destaca-se o cowpea aphid-borne mosaic virus (CABMV), vírus de RNA fita simples sentido positivo, o qual apresenta na extremidade 5’ a proteína do genoma viral (VPg). O CABMV sequestra a maquinaria de tradução do hospedeiro ao interagir sua proteína VPg com os fatores de iniciação da tradução 4E (eIF4E), mimetizando o 5’cap do mRNA do hospedeiro, o que garante a replicação viral e resulta em sintomas como mosaico e distorções foliares. Mutações no gene eIF4E já foram associadas à resistência recessiva a outros vírus da família Potyviridae, mas seu papel na interação CABMV e V. unguiculata era inexplorado. Com isso, o objetivo do trabalho foi avaliar qual relação existente entre mutações no gene eIF4E de V. unguiculata com a resistência ao CABMV. A hipótese considerada foi que alterações nesse gene poderiam comprometer a interação entre as proteínas eIF4E e VPg, conferindo resistência ao hospedeiro. Inicialmente, o gene eIF4E de três cultivares, duas suscetíveis e uma resistente ao CABMV foram sequenciados. As sequências apresentaram um percentual de conservação de 98,45%. Três mutações na mesma foram encontradas entre as cultivares suscetíveis e resistente (C203G, G325C e C329T), dentre essas as mutações C203G e G325C alteram as características dos aminoácidos das respectivas proteínas. Fundamentado nisso, dois pares de primers foram desenhados para serem utilizados na seleção de genótipos de cultivares de V. unguiculata. No total, vinte sete cultivares foram utilizadas para avaliação do genótipo por PCR e bioensaio com o CABMV. Das 27 cultivares estudadas, 17 amplificaram com o primer para a possível suscetibilidade, das quais 15 (88.24%) apresentaram sintomas 10 dias após infecção. Entre as 8 cultivares que amplificaram para a possível resistência, 5 (62,5%) foram assintomáticas e, duas não amplificaram com os dois pares de primers utilizados, como também, não exibiram sintomas. Paralelamente, análises in sílico com cinco cultivares foram realizadas. Modelos teóricos gerados no AlphaFold 3 mostraram que mutações não sinônimas alteram a dinâmica estrutural da eIF4E, especialmente na interação com a VPg. Simulações de dinâmica molecular (MD) revelaram que a ligação VPg-eIF4E induz ajustes estruturais e maior estabilidade em cultivares resistentes. Análises de cargas eletrostáticas indicaram perfis complementares entre VPg e eIF4E, reforçando o papel central desse mecanismo no sequestro da maquinaria de tradução. Análises da energia livre de ligação e da área de interação eIF4E-VPg demonstraram que cultivares suscetíveis têm maior afinidade pela VPg, enquanto resistentes exibem valores intermediários, sugerindo outros fatores na determinação da resistência. Este estudo descreve pela primeira vez o papel do gene eIF4E na infecção por CABMV em V. unguiculata, fornecendo bases para estratégias de manejo, melhoramento genético e investigações futuras sobre resistência. |
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Dentre as viroses destaca-se o cowpea aphid-borne mosaic virus (CABMV), vírus de RNA fita simples sentido positivo, o qual apresenta na extremidade 5’ a proteína do genoma viral (VPg). O CABMV sequestra a maquinaria de tradução do hospedeiro ao interagir sua proteína VPg com os fatores de iniciação da tradução 4E (eIF4E), mimetizando o 5’cap do mRNA do hospedeiro, o que garante a replicação viral e resulta em sintomas como mosaico e distorções foliares. Mutações no gene eIF4E já foram associadas à resistência recessiva a outros vírus da família Potyviridae, mas seu papel na interação CABMV e V. unguiculata era inexplorado. Com isso, o objetivo do trabalho foi avaliar qual relação existente entre mutações no gene eIF4E de V. unguiculata com a resistência ao CABMV. A hipótese considerada foi que alterações nesse gene poderiam comprometer a interação entre as proteínas eIF4E e VPg, conferindo resistência ao hospedeiro. Inicialmente, o gene eIF4E de três cultivares, duas suscetíveis e uma resistente ao CABMV foram sequenciados. As sequências apresentaram um percentual de conservação de 98,45%. Três mutações na mesma foram encontradas entre as cultivares suscetíveis e resistente (C203G, G325C e C329T), dentre essas as mutações C203G e G325C alteram as características dos aminoácidos das respectivas proteínas. Fundamentado nisso, dois pares de primers foram desenhados para serem utilizados na seleção de genótipos de cultivares de V. unguiculata. No total, vinte sete cultivares foram utilizadas para avaliação do genótipo por PCR e bioensaio com o CABMV. Das 27 cultivares estudadas, 17 amplificaram com o primer para a possível suscetibilidade, das quais 15 (88.24%) apresentaram sintomas 10 dias após infecção. Entre as 8 cultivares que amplificaram para a possível resistência, 5 (62,5%) foram assintomáticas e, duas não amplificaram com os dois pares de primers utilizados, como também, não exibiram sintomas. Paralelamente, análises in sílico com cinco cultivares foram realizadas. Modelos teóricos gerados no AlphaFold 3 mostraram que mutações não sinônimas alteram a dinâmica estrutural da eIF4E, especialmente na interação com a VPg. Simulações de dinâmica molecular (MD) revelaram que a ligação VPg-eIF4E induz ajustes estruturais e maior estabilidade em cultivares resistentes. Análises de cargas eletrostáticas indicaram perfis complementares entre VPg e eIF4E, reforçando o papel central desse mecanismo no sequestro da maquinaria de tradução. Análises da energia livre de ligação e da área de interação eIF4E-VPg demonstraram que cultivares suscetíveis têm maior afinidade pela VPg, enquanto resistentes exibem valores intermediários, sugerindo outros fatores na determinação da resistência. Este estudo descreve pela primeira vez o papel do gene eIF4E na infecção por CABMV em V. unguiculata, fornecendo bases para estratégias de manejo, melhoramento genético e investigações futuras sobre resistência.Cowpea [Vigna unguiculata (L.) Walp] is a legume of high socioeconomic importance, especially in semi-arid regions of Brazil and the world. However, it suffers significant losses caused by phytopathogens and viral pests. Among the viral diseases, the Cowpea aphid-borne mosaic virus (CABMV) stands out. It is a positive-sense single-stranded RNA virus, which has the viral genome-linked protein (VPg) at the 5’ end. CABMV hijacks the host's translation machinery by interacting its VPg protein with the translation initiation factors 4E (eIF4E), mimicking the host mRNA 5’ cap, which ensures viral replication and results in symptoms such as mosaic and leaf distortion. Mutations in the eIF4E gene have already been associated with recessive resistance to other viruses from the Potyviridae family, but their role in the CABMV and V. unguiculata interaction had not been explored. Thus, the objective of this work was to evaluate the relationship between mutations in the eIF4E gene of V. unguiculata and resistance to CABMV. The hypothesis considered was that alterations in this gene could compromise the interaction between the eIF4E and VPg proteins, conferring resistance to the host. Initially, the eIF4E gene of three cultivars—two susceptible and one resistant to CABMV—was sequenced. The sequences showed a conservation percentage of 98.45%. Three mutations were found between the susceptible and resistant cultivars (C203G, G325C, and C329T), among which the mutations C203G and G325C altered the characteristics of the respective protein amino acids. Based on this, two pairs of primers were designed to be used in the selection of genotypes of V. unguiculata cultivars. In total, twenty-seven cultivars were used for genotype evaluation by PCR and bioassay with CABMV. Of the 27 cultivars studied, 17 amplified with the primer for possible susceptibility, of which 15 (88.24%) showed symptoms 10 days after infection. Among the 8 cultivars that amplified for possible resistance, 5 (62.5%) were asymptomatic, and two did not amplify with either of the two primer pairs used and did not show symptoms. In parallel, in silico analyses were performed with five cultivars. Theoretical models generated in AlphaFold 3 showed that non- synonymous mutations alter the structural dynamics of eIF4E, especially in the interaction with VPg. Molecular dynamics (MD) simulations revealed that the VPg– eIF4E binding induces structural adjustments and greater stability in resistant cultivars. Electrostatic charge analyses indicated complementary profiles between VPg and eIF4E, reinforcing the central role of this mechanism in hijacking the translation machinery. Analyses of binding free energy and the eIF4E–VPg interaction area showed that susceptible cultivars have greater affinity for VPg, while resistant ones exhibited intermediate values, suggesting other factors in the determination of resistance. This study describes for the first time the role of the eIF4E gene in CABMV infection in V. unguiculata, providing a foundation for management strategies, genetic improvement, and future investigations into resistance.porUniversidade Federal de PernambucoPrograma de Pos Graduacao em Genetica e Biologia MolecularUFPEBrasilhttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccessFatores de iniciação 4EFeijão-caupiPotyvirusResistência recessivaVPgCaracterização de mutações no gene eIF4E em feijão-caupi e possíveis implicações quanto à resistência ao cowpea aphid-borne mosaic virus (CABMV)info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesismestradoreponame:Repositório Institucional da UFPEinstname:Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)instacron:UFPEORIGINALDISSERTAÇÃO Fernanda Alves De Andrade.pdfDISSERTAÇÃO Fernanda Alves De Andrade.pdfapplication/pdf11775010https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/65380/1/DISSERTA%c3%87%c3%83O%20Fernanda%20Alves%20De%20Andrade.pdfa79be1ccdd0f7c5759dc9570a9d764f9MD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; 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