Mapeamento dos Laboratórios de alevinos do estado do Rio Grande do Sul e Desenvolvimento de Marcadores Moleculares para jundiá (Rhamdia sp.).

• Ano de defesa: 2013
• Autor(a) principal: Rodrigues, Marília Danyelle Nunes
• Orientador(a): Moreira, Heden Luiz Marques
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Federal de Pelotas
• Programa de Pós-Graduação: Programa de Pós-Graduação em Zootecnia
• Departamento: Faculdade de Agronomia Eliseu Maciel
• País: Brasil
• Palavras-chave em Português: Jundiá; Cadeia produtiva; NGS e microssatélite; Catfish; Production chain; NGS and microsatellites; Zootecnia
• Área do conhecimento CNPq: CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::ZOOTECNIA
• Link de acesso: http://guaiaca.ufpel.edu.br/handle/prefix/6054

O agronegócio é fundamental para a economia brasileira e a região Sul do país vem constantemente se destacando no cenário da piscicultura. Entretanto o Rio Grande do Sul (RS) não possui um levantamento de dados de produção (unidades produtoras de alevinos, disponibilidade e demanda de alevinos, assistência técnica prestada aos produtores, condições de cultivo, número e origem dos reprodutores das principais espécies de peixes produzidas no estado). Entretanto, o jundiá (Rhamdia sp.) vem sendo considerado como espécie promissora para produção na região Sul do Brasil, não somente pelas vantagens zootécnicas, mas também pelas pesquisas e experimentos realizados. Uma espécie recentemente adotada pelos pesquisadores, poucas são as informações disponíveis na área da genética para essa espécie de peixe. O objetivo deste estudo baseia-se em dois eixos, primeiramente mapear produtores e levantar informações sobre a produção do estado do RS e posteriormente desenvolver marcadores moleculares para a espécie nativa com maior potencial para produção, o jundiá. Em um primeiro momento foi elaborado um questionário composto por questões abertas e questões do tipo fechadas. O questionário foi proposto a dezesseis produtores de alevinos do estado do RS entre os meses de setembro de 2011 e Fevereiro de 2012. A análise dos resultados mostra que os alevinos de jundiá e carpa capim (Ctenopharigodon idella) são os mais produzidos pelas unidades produtoras de alevinos visitadas. Evidenciou-se ainda que a produção de alevinos é um importante elo da cadeia produtiva da piscicultura do estado do RS, gerando renda e emprego. Verificou-se que muitos empreendimentos apresentam falhas na gestão e manejo empregados na qualidade de água e reprodução, o que reforça a implementação de trabalhos em conjunto entre produtores, instituições de pesquisa, extensão e fomento; visando difundir entre os produtores a importância do monitoramento e controle dos parâmetros de qualidade de água; desenvolver programas de melhoramento genético; tecnologias de planejamento e gestão que busquem a redução dos custos de produção e considerem a realidade local dos empreendimentos. Em um segundo momento, uma biblioteca shotgun paired-end foi preparada a partir de DNA genômico de jundiá. O sequenciamento da biblioteca foi conduzida em um sequenciador HiSeq (Illumina) com leituras paired-end de 100 pares de bases e agrupada com outras espécies. A partir de uma única corrida cinco milhões de leituras obtidas foram analisadas com o programa PAL_FINDER_v0.02.03. Para cada loci um dos primers teve a incorporação da sequência M13 e um grupo de doze loci foi escolhido e amplificado para posterior obtenção dos fragmentos microssatélites. Do total das leituras obtidas, 6.331 loci microssatélites potencialmente amplificáveis (PALs) foram encontrados, dos quais 4.755 eram dinucleotídeo, 728 trinucleotídeo, 729 tetranucleotídeo, 117 pentanucleotídeo e 2 eram hexanucleotídeo. Os doze loci microssatélites escolhidos para amplificação foram sequenciados. O conhecimento dos microssatélite desenvolvidos se deu através de sequenciamento pelo método de Sanger, com fragmentos entre 140 e 200pb. Entretanto, somente seis loci tiveram resultados satisfatórios e apresentaram-se polimórficos. Contudo, podemos definir que a estratégia de sequenciamento através de biblioteca shotgun paired-end da plataforma HiSeq (Illumina) apresentou-se eficaz, além de ser rápida e de baixo custo para desenvolver marcadores microssatélites para espécies não modelo como o jundiá.