Avaliação de cruzamentos de arroz tolerantes/sensíveis à baixa temperatura no estádio de germinação e estudo do transcriptoma

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2015
Autor(a) principal: Cadore, Pablo Ricardo Belarmino
Orientador(a): Maia, Luciano Carlos da
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Tese
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Universidade Federal de Pelotas
Programa de Pós-Graduação: Programa de Pós-Graduação em Ciência e Tecnologia de Sementes
Departamento: Faculdade de Agronomia Eliseu Maciel
País: Brasil
Palavras-chave em Português:
Área do conhecimento CNPq:
Link de acesso: http://repositorio.ufpel.edu.br/handle/prefix/2865
Resumo: O arroz é uma cultura de origem tropical amplamente cultivada em uma diversidade de áreas, atualmente é o segundo cereal mais produzido no mundo. A ocorrência de baixas temperaturas é um estresse comum na cultura do arroz em regiões temperadas, portanto a tolerância a baixas temperaturas é uma característica desejável em genótipos brasileiros de arroz cultivados no sul do país, onde as temperaturas baixas prejudicam a germinação, o estabelecimento da lavoura e diminuem o rendimento de grãos. Portanto, este trabalho tem como objetivo estudar o comportamento de cruzamentos de arroz tolerantes e sensíveis para o caráter de tolerância ao frio no estádio de germinação e identificar genes diferencialmente expressos através do transcriptoma. Foram realizados cruzamentos controlados com 5 genitores contrastantes. Os genitores e as populações segregantes em F3 e F4 foram submetidos a tratamentos com diferentes temperaturas (13C e 25C) e comparados quanto ao seu desempenho relativo, medido pela germinação, índice de velocidade de germinação em laboratório e em campo, comprimento do coleóptilo e comprimento da raiz. A análise do transcriptoma foi realizada através do RNAseq de dois genótipos BRS SCS Tio Taka e Oro, submetidos a tratamentos com diferentes temperaturas (13C e 25C). Os resultados indicam que o índice de velocidade de germinação obtido em laboratório, apresenta maior eficiência em identificar genótipos e populações comparado com a avaliação em campo. O comprimento do coleóptilo e o índice de velocidade de germinação são as metodologias mais adequadas pela elevada associação com a germinação em baixas temperaturas. Os resultados das correlações na geração F3 diferem dos resultados apresentados na geração F4, devido a segregação das populações. Na cultivar tolerante Oro, poucos genes tiveram expressão gênica aumentada significativamente. Uma lista de 55 genes com diferença na expressão comuns as duas cultivares e uma lista com 17 genes com diferença na expressão únicos para a cultivar tolerante Oro, foram selecionados devido a respostas desses genes à tolerância ao frio na germinação de arroz.
id UFPL_51d4227da54761020b4c76e8fc87385a
oai_identifier_str oai:guaiaca.ufpel.edu.br:prefix/2865
network_acronym_str UFPL
network_name_str Repositório Institucional da UFPel - Guaiaca
repository_id_str
spelling http://lattes.cnpq.br/4611131282782419http://lattes.cnpq.br/4440061243085201Maia, Luciano Carlos daCadore, Pablo Ricardo Belarmino2016-08-03T13:55:47Z2016-08-03T13:55:47Z2015-09-28CADORE, Pablo Ricardo Belarmino. Avaliação de cruzamentos de arroz tolerantes/sensíveis à baixa temperatura no estádio de germinação e estudo do transcriptoma. 2015. 90f. Tese (Doutorado em Ciência e Tecnologia de Sementes) - Programa de Pós-Graduação em Ciência e Tecnologia de Sementes, Faculdade de Agronomia Eliseu Maciel, Universidade Federal de Pelotas. Pelotas, 2015.http://repositorio.ufpel.edu.br/handle/prefix/2865O arroz é uma cultura de origem tropical amplamente cultivada em uma diversidade de áreas, atualmente é o segundo cereal mais produzido no mundo. A ocorrência de baixas temperaturas é um estresse comum na cultura do arroz em regiões temperadas, portanto a tolerância a baixas temperaturas é uma característica desejável em genótipos brasileiros de arroz cultivados no sul do país, onde as temperaturas baixas prejudicam a germinação, o estabelecimento da lavoura e diminuem o rendimento de grãos. Portanto, este trabalho tem como objetivo estudar o comportamento de cruzamentos de arroz tolerantes e sensíveis para o caráter de tolerância ao frio no estádio de germinação e identificar genes diferencialmente expressos através do transcriptoma. Foram realizados cruzamentos controlados com 5 genitores contrastantes. Os genitores e as populações segregantes em F3 e F4 foram submetidos a tratamentos com diferentes temperaturas (13C e 25C) e comparados quanto ao seu desempenho relativo, medido pela germinação, índice de velocidade de germinação em laboratório e em campo, comprimento do coleóptilo e comprimento da raiz. A análise do transcriptoma foi realizada através do RNAseq de dois genótipos BRS SCS Tio Taka e Oro, submetidos a tratamentos com diferentes temperaturas (13C e 25C). Os resultados indicam que o índice de velocidade de germinação obtido em laboratório, apresenta maior eficiência em identificar genótipos e populações comparado com a avaliação em campo. O comprimento do coleóptilo e o índice de velocidade de germinação são as metodologias mais adequadas pela elevada associação com a germinação em baixas temperaturas. Os resultados das correlações na geração F3 diferem dos resultados apresentados na geração F4, devido a segregação das populações. Na cultivar tolerante Oro, poucos genes tiveram expressão gênica aumentada significativamente. Uma lista de 55 genes com diferença na expressão comuns as duas cultivares e uma lista com 17 genes com diferença na expressão únicos para a cultivar tolerante Oro, foram selecionados devido a respostas desses genes à tolerância ao frio na germinação de arroz.Rice is a tropical crop widely grown in a variety of areas, is currently the second most-produced cereal in the world. The presence of low temperatures is a common stress in rice crops in temperate regions, so the tolerance to low temperatures is a desirable characteristic in Brazilian rice genotypes cultivated in the south, where low temperatures damage germination, establishment of the crop and decrease grain yield. Therefore, this paper aims to study the behavior of rice crossings tolerant and sensitive to cold tolerance at the germination stage and identify differentially expressed genes through the transcriptome. Controlled crosses with 5 contrasting genotypes were performed. The parents and segregating populations in F3 and F4 were subjected to treatments with different temperatures (13C e 25C) and compared for their relative performance, as measured by germination, germination speed index in the laboratory and in the field, length coleoptile length and root. The transcriptome analysis was performed through the RNAseq two genotypes BRS SCS Tio Taka and Oro, submitted to treatment with different temperatures (13C e 25C). The results show that the germination speed index obtained in the laboratory, has higher efficiency and populations to identify genotypes compared with the field evaluation. The length of the coleoptile and the germination speed index are the most appropriate methodologies due the high association with germination at low temperatures. The results of the correlations in the generation F3 differed from the results shown in the F4 generation due to segregation populations. In tolerant cultivar Oro, few genes have increased gene expression significantly. A list of 55 genes with common expression difference in the two cultivars and a list of 17 genes with only difference in the expression for the tolerant cultivar Oro, were selected due to responses of these genes to cold tolerance in rice germination.Sem bolsaporUniversidade Federal de PelotasPrograma de Pós-Graduação em Ciência e Tecnologia de SementesUFPelBrasilFaculdade de Agronomia Eliseu MacielCNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::AGRONOMIA::FITOTECNIA::PRODUCAO E BENEFICIAMENTO DE SEMENTESOryza sativa L.Tolerância ao frioGenótipoRNAseqCold toleranceGenotypeAvaliação de cruzamentos de arroz tolerantes/sensíveis à baixa temperatura no estádio de germinação e estudo do transcriptomaEvaluation of rice crossings tolerant/sensitive to low temperature in the germination stage and study the transcriptomeinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFPel - Guaiacainstname:Universidade Federal de Pelotas (UFPEL)instacron:UFPELTEXTtese_pablo_cadore.pdf.txttese_pablo_cadore.pdf.txtExtracted texttext/plain173500http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/2865/6/tese_pablo_cadore.pdf.txt119f5179d9f158d68d0046fb5e64a559MD56open accessTHUMBNAILtese_pablo_cadore.pdf.jpgtese_pablo_cadore.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1229http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/2865/7/tese_pablo_cadore.pdf.jpg80afc0b32bf5d3f904d170fff46aa0efMD57open accessORIGINALtese_pablo_cadore.pdftese_pablo_cadore.pdfapplication/pdf5773635http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/2865/1/tese_pablo_cadore.pdf63fadc0a8749af862e0e0b7a9b075c0cMD51open accessCC-LICENSElicense_urllicense_urltext/plain; charset=utf-849http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/2865/2/license_url4afdbb8c545fd630ea7db775da747b2fMD52open accesslicense_textlicense_texttext/html; charset=utf-80http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/2865/3/license_textd41d8cd98f00b204e9800998ecf8427eMD53open accesslicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; charset=utf-80http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/2865/4/license_rdfd41d8cd98f00b204e9800998ecf8427eMD54open accessLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-867http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/2865/5/license.txtfbd6c74465857056e3ca572d7586661bMD55open accessprefix/28652023-07-13 05:37:34.745open accessoai:guaiaca.ufpel.edu.br:prefix/2865VG9kb3Mgb3MgaXRlbnMgZGVzc2EgY29tdW5pZGFkZSBzZWd1ZW0gYSBsaWNlbsOnYSBDcmVhdGl2ZSBDb21tb25zLg==Repositório InstitucionalPUBhttp://repositorio.ufpel.edu.br/oai/requestrippel@ufpel.edu.br || repositorio@ufpel.edu.br || aline.batista@ufpel.edu.bropendoar:2023-07-13T08:37:34Repositório Institucional da UFPel - Guaiaca - Universidade Federal de Pelotas (UFPEL)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Avaliação de cruzamentos de arroz tolerantes/sensíveis à baixa temperatura no estádio de germinação e estudo do transcriptoma
dc.title.alternative.pt_BR.fl_str_mv Evaluation of rice crossings tolerant/sensitive to low temperature in the germination stage and study the transcriptome
title Avaliação de cruzamentos de arroz tolerantes/sensíveis à baixa temperatura no estádio de germinação e estudo do transcriptoma
spellingShingle Avaliação de cruzamentos de arroz tolerantes/sensíveis à baixa temperatura no estádio de germinação e estudo do transcriptoma
Cadore, Pablo Ricardo Belarmino
CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::AGRONOMIA::FITOTECNIA::PRODUCAO E BENEFICIAMENTO DE SEMENTES
Oryza sativa L.
Tolerância ao frio
Genótipo
RNAseq
Cold tolerance
Genotype
title_short Avaliação de cruzamentos de arroz tolerantes/sensíveis à baixa temperatura no estádio de germinação e estudo do transcriptoma
title_full Avaliação de cruzamentos de arroz tolerantes/sensíveis à baixa temperatura no estádio de germinação e estudo do transcriptoma
title_fullStr Avaliação de cruzamentos de arroz tolerantes/sensíveis à baixa temperatura no estádio de germinação e estudo do transcriptoma
title_full_unstemmed Avaliação de cruzamentos de arroz tolerantes/sensíveis à baixa temperatura no estádio de germinação e estudo do transcriptoma
title_sort Avaliação de cruzamentos de arroz tolerantes/sensíveis à baixa temperatura no estádio de germinação e estudo do transcriptoma
author Cadore, Pablo Ricardo Belarmino
author_facet Cadore, Pablo Ricardo Belarmino
author_role author
dc.contributor.authorID.pt_BR.fl_str_mv
dc.contributor.authorLattes.pt_BR.fl_str_mv http://lattes.cnpq.br/4611131282782419
dc.contributor.advisorID.pt_BR.fl_str_mv
dc.contributor.advisorLattes.pt_BR.fl_str_mv http://lattes.cnpq.br/4440061243085201
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Maia, Luciano Carlos da
dc.contributor.author.fl_str_mv Cadore, Pablo Ricardo Belarmino
contributor_str_mv Maia, Luciano Carlos da
dc.subject.cnpq.fl_str_mv CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::AGRONOMIA::FITOTECNIA::PRODUCAO E BENEFICIAMENTO DE SEMENTES
topic CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::AGRONOMIA::FITOTECNIA::PRODUCAO E BENEFICIAMENTO DE SEMENTES
Oryza sativa L.
Tolerância ao frio
Genótipo
RNAseq
Cold tolerance
Genotype
dc.subject.por.fl_str_mv Oryza sativa L.
Tolerância ao frio
Genótipo
RNAseq
Cold tolerance
Genotype
description O arroz é uma cultura de origem tropical amplamente cultivada em uma diversidade de áreas, atualmente é o segundo cereal mais produzido no mundo. A ocorrência de baixas temperaturas é um estresse comum na cultura do arroz em regiões temperadas, portanto a tolerância a baixas temperaturas é uma característica desejável em genótipos brasileiros de arroz cultivados no sul do país, onde as temperaturas baixas prejudicam a germinação, o estabelecimento da lavoura e diminuem o rendimento de grãos. Portanto, este trabalho tem como objetivo estudar o comportamento de cruzamentos de arroz tolerantes e sensíveis para o caráter de tolerância ao frio no estádio de germinação e identificar genes diferencialmente expressos através do transcriptoma. Foram realizados cruzamentos controlados com 5 genitores contrastantes. Os genitores e as populações segregantes em F3 e F4 foram submetidos a tratamentos com diferentes temperaturas (13C e 25C) e comparados quanto ao seu desempenho relativo, medido pela germinação, índice de velocidade de germinação em laboratório e em campo, comprimento do coleóptilo e comprimento da raiz. A análise do transcriptoma foi realizada através do RNAseq de dois genótipos BRS SCS Tio Taka e Oro, submetidos a tratamentos com diferentes temperaturas (13C e 25C). Os resultados indicam que o índice de velocidade de germinação obtido em laboratório, apresenta maior eficiência em identificar genótipos e populações comparado com a avaliação em campo. O comprimento do coleóptilo e o índice de velocidade de germinação são as metodologias mais adequadas pela elevada associação com a germinação em baixas temperaturas. Os resultados das correlações na geração F3 diferem dos resultados apresentados na geração F4, devido a segregação das populações. Na cultivar tolerante Oro, poucos genes tiveram expressão gênica aumentada significativamente. Uma lista de 55 genes com diferença na expressão comuns as duas cultivares e uma lista com 17 genes com diferença na expressão únicos para a cultivar tolerante Oro, foram selecionados devido a respostas desses genes à tolerância ao frio na germinação de arroz.
publishDate 2015
dc.date.issued.fl_str_mv 2015-09-28
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2016-08-03T13:55:47Z
dc.date.available.fl_str_mv 2016-08-03T13:55:47Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.citation.fl_str_mv CADORE, Pablo Ricardo Belarmino. Avaliação de cruzamentos de arroz tolerantes/sensíveis à baixa temperatura no estádio de germinação e estudo do transcriptoma. 2015. 90f. Tese (Doutorado em Ciência e Tecnologia de Sementes) - Programa de Pós-Graduação em Ciência e Tecnologia de Sementes, Faculdade de Agronomia Eliseu Maciel, Universidade Federal de Pelotas. Pelotas, 2015.
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://repositorio.ufpel.edu.br/handle/prefix/2865
identifier_str_mv CADORE, Pablo Ricardo Belarmino. Avaliação de cruzamentos de arroz tolerantes/sensíveis à baixa temperatura no estádio de germinação e estudo do transcriptoma. 2015. 90f. Tese (Doutorado em Ciência e Tecnologia de Sementes) - Programa de Pós-Graduação em Ciência e Tecnologia de Sementes, Faculdade de Agronomia Eliseu Maciel, Universidade Federal de Pelotas. Pelotas, 2015.
url http://repositorio.ufpel.edu.br/handle/prefix/2865
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.publisher.none.fl_str_mv Universidade Federal de Pelotas
dc.publisher.program.fl_str_mv Programa de Pós-Graduação em Ciência e Tecnologia de Sementes
dc.publisher.initials.fl_str_mv UFPel
dc.publisher.country.fl_str_mv Brasil
dc.publisher.department.fl_str_mv Faculdade de Agronomia Eliseu Maciel
publisher.none.fl_str_mv Universidade Federal de Pelotas
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UFPel - Guaiaca
instname:Universidade Federal de Pelotas (UFPEL)
instacron:UFPEL
instname_str Universidade Federal de Pelotas (UFPEL)
instacron_str UFPEL
institution UFPEL
reponame_str Repositório Institucional da UFPel - Guaiaca
collection Repositório Institucional da UFPel - Guaiaca
bitstream.url.fl_str_mv http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/2865/6/tese_pablo_cadore.pdf.txt
http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/2865/7/tese_pablo_cadore.pdf.jpg
http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/2865/1/tese_pablo_cadore.pdf
http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/2865/2/license_url
http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/2865/3/license_text
http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/2865/4/license_rdf
http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/2865/5/license.txt
bitstream.checksum.fl_str_mv 119f5179d9f158d68d0046fb5e64a559
80afc0b32bf5d3f904d170fff46aa0ef
63fadc0a8749af862e0e0b7a9b075c0c
4afdbb8c545fd630ea7db775da747b2f
d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e
d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e
fbd6c74465857056e3ca572d7586661b
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
MD5
MD5
MD5
MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UFPel - Guaiaca - Universidade Federal de Pelotas (UFPEL)
repository.mail.fl_str_mv rippel@ufpel.edu.br || repositorio@ufpel.edu.br || aline.batista@ufpel.edu.br
_version_ 1862741507406036992