Determinação de seqüencias de DNA reconhecidas por proteínas reguladoras de transcrição dependentes do fator sigma 54 da RNA-polimerase de Herbaspirillum seropedicae

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2006
Autor(a) principal: Invitti, Adriana Luckow
Orientador(a): Souza, Emanuel Maltempi de, 1964-
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Não Informado pela instituição
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Bioquímica
Herbaspirillum seropedicae
RNA polimerases
Link de acesso: https://hdl.handle.net/1884/6614
Resumo: Banca: Emanuel Maltempi de Souza [Orientador]
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spelling Pedrosa, Fabio O., 1947-Universidade Federal do Paraná. Setor de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Ciências (Bioquímica)Souza, Emanuel Maltempi de, 1964-Invitti, Adriana Luckow2025-02-06T18:09:13Z2025-02-06T18:09:13Z2006https://hdl.handle.net/1884/6614Banca: Emanuel Maltempi de Souza [Orientador]Data da defesa: 2006.02.27Banca: Fábio de Oliveira Pedrosa [Orientador]Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Bioquímica. Defesa: Curitiba, 27/02/2006Inclui bibliografiaA regulação da expressão gênica ocorre principalmente em nível transcricional. Proteínas reguladoras de transcrição, que podem funcionar como ativadores ou repressores, são os moduladores da atividade da RNA-polimerase e determinam os níveis de mRNA em respostas as condições fisiológicas prevalentes. Os ativadores de transcrição dependentes do fator sigma 54 da RNA-polimerase, também conhecidos por EBPs (enhancer binding proteins), constituem uma classe distinta de proteínas reguladoras de transcrição e exercem sua atividade de maneira semelhante àquela das proteínas reguladoras de transcrição de eucariotos. As EBPs ativam a transcrição a partir de promotores específicos e mediante a hidrólise de ATP catalisam a isomerização do complexo fechado a complexo aberto. Em Herbaspirillum seropedicae duas proteínas dessa família já foram caracterizadas, NifA e NtrC. Uma busca no banco de dados do Programa Genoma do Paraná (GENOPAR) identificou a presença de 11 prováveis proteínas reguladoras de transcrição dependentes de sigma 54 no genoma de H. seropedicae. Os domínios estruturais dessas proteínas foram identificados e três delas, denominadas 208.0173, 216.0019 e 287.0556, foram selecionadas para identificação dos seus sítios de ligação ao DNA. Fragmentos de DNA codificando o domínio de ligação ao DNA dessas três proteínas foram amplificados por PCR, clonados no vetor pGEM-T e subclonados no vetor de expressão pET28a. Um novo método para isolamento de aptâmeros foi desenvolvido neste trabalho. Os domínios de ligação ao DNA das três proteínas foram então superexpressos, purificados, submetidos a reações de interação DNA-proteína e os aptâmeros foram isolados por cromatografia de afinidade em uma mini-coluna de agarose-NTA-Ni+². Os aptâmeros de DNA obtidos foram sequenciados e apresentaram homologia com regiões do genoma de H. seropedicae a montante de diversos genes. A proteína 208.0173 provavelmente regula a expressão dos genes thdF, fhaC e xdhC; 216.0019 dos genes prhA e osmY e 287.0556 do gene fixG.xiv, 84f. : il. color., tabs.application/pdfDisponível em formato digitalBioquímicaHerbaspirillum seropedicaeRNA polimerasesDeterminação de seqüencias de DNA reconhecidas por proteínas reguladoras de transcrição dependentes do fator sigma 54 da RNA-polimerase de Herbaspirillum seropedicaeinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisporreponame:Repositório Institucional da UFPRinstname:Universidade Federal do Paraná (UFPR)instacron:UFPRinfo:eu-repo/semantics/openAccessORIGINALDissertação Adriana Invitti.pdfapplication/pdf1399440https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/6614/1/Disserta%c3%a7%c3%a3o%20Adriana%20Invitti.pdfd99766cf82662d148ffa29cf66df80bbMD51open accessTEXTDissertação Adriana Invitti.pdf.txtExtracted Texttext/plain210537https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/6614/2/Disserta%c3%a7%c3%a3o%20Adriana%20Invitti.pdf.txt4bcb0c189dcf6ef1f9df2337e8b8ec60MD52open accessTHUMBNAILDissertação Adriana Invitti.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1202https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/6614/3/Disserta%c3%a7%c3%a3o%20Adriana%20Invitti.pdf.jpgc20f47872d233d66ef7c2a926f5afaf1MD53open access1884/66142025-02-06 15:09:13.34open accessoai:acervodigital.ufpr.br:1884/6614Repositório InstitucionalPUBhttp://acervodigital.ufpr.br/oai/requestinformacaodigital@ufpr.bropendoar:3082025-02-06T18:09:13Repositório Institucional da UFPR - Universidade Federal do Paraná (UFPR)false
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