Montagem genômica da bactéria endofítica diazotrófica Herbaspirillum rubrisubalbicans M1

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2011
Autor(a) principal: Cardoso, Rodrigo Luis Alves
Orientador(a): Cruz, Leonardo Magalhães, 1971-
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Não Informado pela instituição
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Genoma
Bioinformática
Bactérias
Informática
Biologia
Link de acesso: https://hdl.handle.net/1884/26020
Resumo: Orientador: Prof. Dr. Leonardo Magalhães Cruz
id UFPR_64b54f7886bf2599d73beabc95dba99b
oai_identifier_str oai:acervodigital.ufpr.br:1884/26020
network_acronym_str UFPR
network_name_str Repositório Institucional da UFPR
repository_id_str
spelling Raittz, Roberto Tadeu, 1966-Universidade Federal do Paraná. Setor de Educação Profissional e Tecnológica. Programa de Pós-Graduação em BioinformáticaCruz, Leonardo Magalhães, 1971-Cardoso, Rodrigo Luis Alves2025-06-09T17:21:14Z2025-06-09T17:21:14Z2011https://hdl.handle.net/1884/26020Orientador: Prof. Dr. Leonardo Magalhães CruzCoorientador: Roberto Tadeu RaittzDissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Educação Profissional e Tecnológica, Programa de Pós-Graduação em Bioinformática. Defesa: Curitiba, 24/02/2011Bibliografia: fls. 100-106Resumo: Herbaspirillum rubrisubalbicans M1 é uma bactéria endofítica diazotrófica que causa a doença da estria mosqueada em algumas variedades suscetíveis de cana-deaçúcar. Nesse estudo, um total de 560.138 reads provenientes do GS-FLX 454 pyrosequencer (cobertura de 39x) e 22.985 reads Sanger (cobertura de 3,8x) foram obtidos e usados para montagem do genoma de Herbaspirillum rubrisubalbicans. A montagem de novo com os reads GS-FLX 454 produziu nove scaffolds, contendo 70 gaps, e 393 contigs que ficaram fora da montagem. Os scaffolds foram ordenados usando o genoma de Herbaspirillum seropedicae SmR1 como referência e o programa MUMmer 3.0. Sete scaffolds foram mapeados, um dos quais corresponde ao operon rRNA, e que está presente em número de três cópias no genoma de H. rubrisubalbicans, e um outro representa um cluster de genes de transporte de am noácidos que aparece duas vezes nesse genoma. Para o fechamento de gaps, os reads Sanger, scaffolds não mapeados, e contigs fora da montagem foram submetidos em conjunto ao visualizador de montagens Consed. Foram encontrados três tipos diferentes de integrase/transposase, as quais são responsáveis por 31 repetições no genoma de H. rubrisubalbicans, além de quarto genes relacionados à proteína VGR. Essas 35 regiões repetitivas foram resolvidas usando informação de reads pareados. O número de contigs foi reduzido para cinco, com tamanho médio de ~1,12Mb, montados num único scaffold of ~5,6 Mb com conteúdo G+C de 60,5%.Abstract: Herbaspirillum rubrisubalbicans M1 is an endophytic diazotrophic bacterium able to cause mottled stripe disease in some susceptible varieties of sugarcane. In this study a total of 560,138 reads from the GS-FLX 454 pyrosequencer (coverage of 39x) and 22,985 Sanger reads (coverage of 3.8x) were obtained and used to assemble the Herbaspirillum rubrisubalbicans genome. De novo assembly of GS-FLX 454 reads produced 9 scaffolds containing 70 gaps and 393 unassembled contigs. The scaffolds were ordered by using the Herbaspirillum seropedicae SmR1 genome sequence as a reference and the program MUMmer 3.0. Seven scaffolds were mapped, one of these was the 16S rRNA operon, which is present in three copies in the genome of H. rubrisubalbicans. Another contig included an aminoacid transport gene cluster occuring twice in the genome. For the gap closure, the Sanger reads, unmapped scaffolds and unassembled contigs were used together with the assembly viewer program Consed. We found three different types of integrase/transposase which together make up 31 repetitions in the genome of H. rubrisubalbicans, and four genes for VGR-related protein. These 35 repetitive regions were resolved using information from paired-end reads. The number of contigs was reduced to five, with an average size of ~1.12Mb assembled in a single scaffold of 5.6 Mb with a G+C content of 60.5%.109f. : il., grafs., tabs.application/pdfDisponível em formato digitalGenomaBioinformáticaBactériasInformáticaBiologiaMontagem genômica da bactéria endofítica diazotrófica Herbaspirillum rubrisubalbicans M1info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisporreponame:Repositório Institucional da UFPRinstname:Universidade Federal do Paraná (UFPR)instacron:UFPRinfo:eu-repo/semantics/openAccessORIGINALDissertacao_rodrigo_cor10_1.pdfapplication/pdf4943163https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/26020/1/Dissertacao_rodrigo_cor10_1.pdf90f475752e363eea8f17dbf85f5cc8b0MD51open accessTEXTDissertacao_rodrigo_cor10_1.pdf.txtExtracted Texttext/plain180798https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/26020/2/Dissertacao_rodrigo_cor10_1.pdf.txt0c81ea34626b5184e2a237669f19e911MD52open accessTHUMBNAILDissertacao_rodrigo_cor10_1.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1173https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/26020/3/Dissertacao_rodrigo_cor10_1.pdf.jpgc8b41bdc11c30c8b41a2ec3a0e37d48bMD53open access1884/260202025-06-09 14:21:14.146open accessoai:acervodigital.ufpr.br:1884/26020Repositório InstitucionalPUBhttp://acervodigital.ufpr.br/oai/requestinformacaodigital@ufpr.bropendoar:3082025-06-09T17:21:14Repositório Institucional da UFPR - Universidade Federal do Paraná (UFPR)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Montagem genômica da bactéria endofítica diazotrófica Herbaspirillum rubrisubalbicans M1
title Montagem genômica da bactéria endofítica diazotrófica Herbaspirillum rubrisubalbicans M1
spellingShingle Montagem genômica da bactéria endofítica diazotrófica Herbaspirillum rubrisubalbicans M1
Cardoso, Rodrigo Luis Alves
Genoma
Bioinformática
Bactérias
Informática
Biologia
title_short Montagem genômica da bactéria endofítica diazotrófica Herbaspirillum rubrisubalbicans M1
title_full Montagem genômica da bactéria endofítica diazotrófica Herbaspirillum rubrisubalbicans M1
title_fullStr Montagem genômica da bactéria endofítica diazotrófica Herbaspirillum rubrisubalbicans M1
title_full_unstemmed Montagem genômica da bactéria endofítica diazotrófica Herbaspirillum rubrisubalbicans M1
title_sort Montagem genômica da bactéria endofítica diazotrófica Herbaspirillum rubrisubalbicans M1
author Cardoso, Rodrigo Luis Alves
author_facet Cardoso, Rodrigo Luis Alves
author_role author
dc.contributor.other.pt_BR.fl_str_mv Raittz, Roberto Tadeu, 1966-
Universidade Federal do Paraná. Setor de Educação Profissional e Tecnológica. Programa de Pós-Graduação em Bioinformática
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Cruz, Leonardo Magalhães, 1971-
dc.contributor.author.fl_str_mv Cardoso, Rodrigo Luis Alves
contributor_str_mv Cruz, Leonardo Magalhães, 1971-
dc.subject.por.fl_str_mv Genoma
Bioinformática
Bactérias
Informática
Biologia
topic Genoma
Bioinformática
Bactérias
Informática
Biologia
description Orientador: Prof. Dr. Leonardo Magalhães Cruz
publishDate 2011
dc.date.issued.fl_str_mv 2011
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2025-06-09T17:21:14Z
dc.date.available.fl_str_mv 2025-06-09T17:21:14Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://hdl.handle.net/1884/26020
url https://hdl.handle.net/1884/26020
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.pt_BR.fl_str_mv Disponível em formato digital
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv 109f. : il., grafs., tabs.
application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UFPR
instname:Universidade Federal do Paraná (UFPR)
instacron:UFPR
instname_str Universidade Federal do Paraná (UFPR)
instacron_str UFPR
institution UFPR
reponame_str Repositório Institucional da UFPR
collection Repositório Institucional da UFPR
bitstream.url.fl_str_mv https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/26020/1/Dissertacao_rodrigo_cor10_1.pdf
https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/26020/2/Dissertacao_rodrigo_cor10_1.pdf.txt
https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/26020/3/Dissertacao_rodrigo_cor10_1.pdf.jpg
bitstream.checksum.fl_str_mv 90f475752e363eea8f17dbf85f5cc8b0
0c81ea34626b5184e2a237669f19e911
c8b41bdc11c30c8b41a2ec3a0e37d48b
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UFPR - Universidade Federal do Paraná (UFPR)
repository.mail.fl_str_mv informacaodigital@ufpr.br
_version_ 1847526310929235968

Registros relacionados