Sequenciamento e análise do genoma de derxia lacustris HL 12

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2016
Autor(a) principal: Trefflich, Sheyla
Orientador(a): Souza, Emanuel Maltempi de, 1964-
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Não Informado pela instituição
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Bioinformática
Genomas
Link de acesso: http://hdl.handle.net/1884/48460
Resumo: Orientador : Prof. Dr. Emanuel Maltempi de Souza
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spelling Trefflich, SheylaGlogauer, ArnaldoUniversidade Federal do Paraná. Setor de Educação Profissional e Tecnológica. Programa de Pós-Graduação em BioinformáticaSouza, Emanuel Maltempi de, 1964-2017-08-04T19:35:14Z2017-08-04T19:35:14Z2016http://hdl.handle.net/1884/48460Orientador : Prof. Dr. Emanuel Maltempi de SouzaCoorientador : Dr. Arnaldo GlogauerDissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Educação Profissional e Tecnológica, Programa de Pós-Graduação em Bioinformática. Defesa: Curitiba, 29/10/2010Inclui referências : f. 40-43;49-51Resumo: As rizobactérias são bactérias de vida livre que habitam as raízes das plantas, desenvolvem uma relação de simbiose e geram benefícios aos organismos vegetais. A existência desses organismos é de grande importância na agricultura, já que a carência na absorção de nitrogênio impacta diretamente na taxa de crescimento das plantas, diminui a produtividade agrícola e originam problemas de ordem ambiental com a utilização de fertilizantes que são poluentes ao meio. A fixação biológica de nitrogênio é realizada por uma ampla gama de bactérias. Derxia lacustris HL12 é uma bactéria fixadora de nitrogênio, pertencente à classe das Betaproteobacterias, ordem Burkholderiales, família Alcaligenaceae, gênero Derxia. Esse organismo foi isolado de amostras de água provenientes de um lago na região de Taiwan. D. lacustris HL12 é a segunda bactéria inserida no gênero Derxia, de acordo com a comparação entre as sequências do gene do RNA ribossomal 16S desta e de Derxia gummosa DSM 723, que é considerado o organismo de referência. Esse organismo está depositado no NCBI e possui uma montagem com 19 contigs e um contig separado da sequencia do 16S rRNA . D. lacustris HL12 teve seu genoma sequenciado por duas vezes na plataforma Illumina Miseq. O processo de sequenciamento resultou num total de 3.532.510 reads. Seus reads possuem um tamanho médio de 300pb. Os dados brutos foram montados com os seguintes softwares: CLC, Velvet, Celera, Spades, Masurca. A melhor montagem obtida foi a realizada no software Celera, possuindo 129 contigs e percentual de GC igual a 69,20% . O software Matlab foi utilizado em ensaios de ordenação e cálculos do genoma. O software Fgap foi utilizado com os dados provenientes de todas as montagens realizadas para o fechamento dos gaps existentes no genoma. O software Bowtie foi responsável por mapear o genoma com os dados brutos. O software Mummer foi utilizado na construção do dotplot entre D. lacustris HL12 e D. gummosa DSM 723. O software Fastqc foi utilizado para analisar a qualidade dos dados brutos. O genoma de D. lacustris HL12 possui um draft com 28 contigs. Foi localizado um operon ribossomal completo.O genoma passou por uma análise de anotação para identificação de genes em algumas vias metabólicas do organismo. Foram encontrados os genes do cluster Nif, reforçando o indício do organismo fixar nitrogênio com os anotadores Sila e Rast. Palavras-chave: Fixação de nitrogênio, Sequência genômica, Derxia lacustris HL12.Abstract: Rhizobacteria are bacteria which inhabit plant roots developing a symbiosis relationship that benefits those organisms. The existence of this kind of bacteria is of great importance to agriculture, once the need for nitrogen absorption impacts directly on plant growth rate, decreases agricultural productivity and generates environmental problems caused by the use of fertilizers. The biological nitrogen fixation is made by a large number of species. Derxia lacustris HL12 is a nitrogen fixing bacterium belonging to the class Betaproteobacterias, order Burkholderiales, family Alcaligenaceae, genus Derxia. This organism was isolated from fresh water collected from a lake in Taiwan. D. lacustris HL12 is the second bacteria inserted in the genus Derxia, in accordance with the comparison between its gene sequence of RNA ribosomal 16S and that of Derxia gummosa DSM 723, considered the reference organism. This organism is stored at the NCBI and has an assembly with 19 contigs. and one additional contig separated form 16S rRNA's sequence. D. lacustris HL12 had its genome sequenced twice using the Illumina Miseq platform. The sequencing process resulted in a total of 3,532,510 reads. The average size of its reads is of 300 pb. Raw data were assembled using the following softwares: CLC, Velvet, Celera, Spades, Masurca. The best assembly was obtained by using the Celera software and has 129 contigs and a CG percentage of 69.20%. Matlab was used in collation test runs and genome calculations. The software Fgap used the data collected from all the assemblies obtained for closing the existing gaps in the genome. The software Bowtie scanned the genome using raw data. The software Mummer was used in the construction of the dotplot between D. lacustris HL12 and D. gummosa DSM 723. The software Fastqc was employed to analyze the quality of the raw data. D. lacustris HL12's genome has a draft with 28 contigs. A complete ribosomal operon was located. The genome was submitted through an annotation analysis for the identification of the genes in some of the organism's metabolic pathways. Nif cluster genes were found using Sila and Rast annotation tools, which evinces D. lacustris HL12 as a nitrogen fixing bacteria. Key-words: Nitrogen fixation, Geonomic sequencing, Derxia lacustris HL12.51 f. : il. algumas color.application/pdfDisponível em formato digitalBioinformáticaGenomasSequenciamento e análise do genoma de derxia lacustris HL 12info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisporreponame:Repositório Institucional da UFPRinstname:Universidade Federal do Paraná (UFPR)instacron:UFPRinfo:eu-repo/semantics/openAccessORIGINALR - D - SHEYLA TREFFLICH.pdfapplication/pdf2077242https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/48460/1/R%20-%20D%20-%20SHEYLA%20TREFFLICH.pdff2df77466c91d45823f08454e7381e25MD51open access1884/484602017-08-04 16:35:15.17open accessoai:acervodigital.ufpr.br:1884/48460Repositório InstitucionalPUBhttp://acervodigital.ufpr.br/oai/requestinformacaodigital@ufpr.bropendoar:3082017-08-04T19:35:15Repositório Institucional da UFPR - Universidade Federal do Paraná (UFPR)false
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