Análise parcial do genoma de Fonsecaea monophora e estabelecimento de protocolo para cariotipagem do gênero

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2016
Autor(a) principal: Bombassaro, Amanda
Orientador(a): Vicente, Vania Aparecida
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Não Informado pela instituição
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Microbiologia
Parasitologia
Levedos
Genômica
Cariótipo
Link de acesso: http://hdl.handle.net/1884/49152
Resumo: Orientadora : Profª Drª Vânia Aparecida Vicente
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spelling Bombassaro, AmandaGomes, Renata RodriguesUniversidade Federal do Paraná. Setor de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Microbiologia, Parasitologia e Patologia BásicaVicente, Vania Aparecida2017-09-25T14:17:41Z2017-09-25T14:17:41Z2016http://hdl.handle.net/1884/49152Orientadora : Profª Drª Vânia Aparecida VicenteCoorientadora : Profª Drª Renata Rodrigues GomesDissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas (Microbiologia, Parasitologia e Patologia Básica). Defesa: Curitiba, 04/02/2016Inclui referências : f. 76-92Resumo: As leveduras negras pertencentes à família Herpotrichiellaceae são microrganismos extremamente relevantes do ponto de vista ecológico e clínico. Esses organismos comuns sapróbios apresentam alta capacidade de adaptação e parecem apresentar um ciclo de vida composto e potencial de patogenicidade. No gênero Fonsecaea foram relatadas diferentes espécies associadas a hospedeiros humanos, animais e de fontes ambientais. Fonsecaea monophora é relatada como agente de cromoblastomicose com formação de corpos muriformes e agente de infecção cerebral. Buscando compreender a biologia e potencial de patogenicidade desta espécie, foi realizada sua análise genômica parcial e o desenvolvimento incial de um protocolo para caracterização carotípica do gênero. Para isto, o genoma parcial foi obtido utilizando a combinação de leituras de sequências provenientes das plataformas Illumina e Ion Proton. O draft de maior qualidade obtido apresenta tamanho de 34,21Mb, com 301 supercontigs e N50 de 268.916 pb. A partir do genoma parcial gerado, foi realizada a anotação automática e uma análise genômica preliminar. Para a caracterização cariotípica, podemos determinar o tiabendazol como agente bloqueador do desenvolvimento celular e estabelecer o protocolo para obtenção de protoplastos. Palavras-chave: Leveduras negras. Fonsecaea monophora. Anotação. Análise genômica. Cariótipo.Abstract: Black yeast belonging to Herpotrichiellaceae family are extremely relevant microorganisms ecological and clinical point of view. These common saprobes organisms have a high capacity to adapt and appear to have a life cycle compound and potential pathogenicity. In the genus Fonsecaea different species were reported related to human, animal and environmental sources hosts whose ecology seems to direct the evolution of clinical conditions. Fonsecaea monophora is reported as chromoblastomycosis agent with training muriformes bodies and brain infection agent. Trying to understand the biology and potential pathogenicity of this species, it was carried out partial genomic analysis and the initial development of a protocol for carotípica characterization of the genre. For this, the partial genome was obtained using the combination of readings from sequences of Proton Ion and Illumina platform. The higher quality obtained draft has size 34,21Mb with 301 supercontigs and N50 of 268,916 bp. From the generated partial genome automatic annotation and preliminary genomic analysis was performed. For karyotype characterization, we can determine thiabendazole as blocking agent of cell growth and establish the protocol for protoplasts. Key words: Black yeasts. Fonsecaea monophora. Annotation. Genomic analysis.Karyotype.99 f. : il. algumas color., grafs., tabs.application/pdfDisponível também em formato digitalMicrobiologiaParasitologiaLevedosGenômicaCariótipoAnálise parcial do genoma de Fonsecaea monophora e estabelecimento de protocolo para cariotipagem do gêneroinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisporreponame:Repositório Institucional da UFPRinstname:Universidade Federal do Paraná (UFPR)instacron:UFPRinfo:eu-repo/semantics/openAccessORIGINALR - D - AMANDA BOMBASSARO.pdfapplication/pdf2413734https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/49152/1/R%20-%20D%20-%20AMANDA%20BOMBASSARO.pdf33a267679943d8fc64ec6fd2c75c2b95MD51open access1884/491522017-09-25 11:17:41.876open accessoai:acervodigital.ufpr.br:1884/49152Repositório InstitucionalPUBhttp://acervodigital.ufpr.br/oai/requestinformacaodigital@ufpr.bropendoar:3082017-09-25T14:17:41Repositório Institucional da UFPR - Universidade Federal do Paraná (UFPR)false
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