Genômica comparativa de sorovares de Leptospira interrogans com enfoque na predição de fatores de virulência

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2021
Autor(a) principal: Estrella, Andressa Penedo de Paiva
Orientador(a): Mazzon, Ricardo Ruiz
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Não Informado pela instituição
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Link de acesso: https://repositorio.ufsc.br/handle/123456789/227158
Resumo: Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia e Biociências, Florianópolis, 2021.
id UFSC_f84079f6bfaab43333b4aab959f01612
oai_identifier_str oai:repositorio.ufsc.br:123456789/227158
network_acronym_str UFSC
network_name_str Repositório Institucional da UFSC
repository_id_str
spelling Universidade Federal de Santa CatarinaEstrella, Andressa Penedo de PaivaMazzon, Ricardo RuizWagner, Glauber2021-08-23T14:08:19Z2021-08-23T14:08:19Z2021372565https://repositorio.ufsc.br/handle/123456789/227158Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia e Biociências, Florianópolis, 2021.Leptospira interrogans é uma espiroqueta e uma das bactérias causadoras da leptospirose, uma doença de suma importância devido a sua distribuição mundial. Sendo o sorovar Copenhageni o principal causador de leptospirose humana no Brasil. A capacidade de L. interrogans evadir do sistema imune está intimamente associada à presença de fatores de virulência. Este estudo propõe caracterizar o pangenoma de L. interrogans. Utilizando para isso a análise de 21 genomas depositados no NCBI, que foram agrupados em grupos ortólogos através do programa OrthoFinder. O pangenoma de L. interrogans é composto por 6.710 genes, sendo o genoma central composto por 2.890 genes, e o genoma acessório é composto por 3.820 genes, com 2.326 genes sendo genes únicos a apenas uma cepa. Tal estudo também permite inferir a função de genes de outras cepas não anotados através da comparação com a função de seus ortólogos anotados. Foi possível identificar 28 genes que são possíveis fatores de virulência. Ainda são necessários mais estudos para elucidar como se dá o transcriptoma dos sv. de L. interrogans para que seja possível fazer maiores inferências. Por se tratar de um estudo in silico, é necessário ainda estudos in vivo e in vitro para a confirmação das possibilidades aqui levantadas.Abstract: Leptospira interrogans is a spirochaeta and one of the bacteria responsible for leptospirosis, a disease of extreme importance because of its global distribution. The serovar Copenhageni being the principal pathogen causing human leptospirosis in Brazil. L. interrogan?s capacity of evading the immune system is closely linked to the presence of virulence factors. This work proposes to characterize the pangenome of L. interrogans. Utilizing for that an analysis of 21 genomes deposited on NCBI, that were clustered in orthologous groups by the software OrthoFinder. The pangenome is composed of 6.710 genes, with the core genome being composed of 2.890 genes, and the accessory genome being composed of 3.820 genes, with 2.326 genes being genes unique to only one strain. This study also allows us to infer the genes function not annotated of other strains by comparison with the function of annotated orthologues. It was possible to identify 28 genes that are possible virulence factors. It?s still necessary for many studies to elucidate the transcriptome of L. interrogans? sv. to be able to make more inferences. As this is an in silico study, it?s necessary yet in vivo and in vitro studies to confirm any possibility rouse here.98 p.| il., tabs.porBiotecnologiaLeptospiraFatores de virulênciaSinteniaGenômica comparativa de sorovares de Leptospira interrogans com enfoque na predição de fatores de virulênciainfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisreponame:Repositório Institucional da UFSCinstname:Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC)instacron:UFSCinfo:eu-repo/semantics/openAccessORIGINALPBTC0327-D.pdfPBTC0327-D.pdfapplication/pdf2161157https://repositorio.ufsc.br/bitstream/123456789/227158/-1/PBTC0327-D.pdf70266985ae40f6ef6d49d1af6c9b3324MD5-1123456789/2271582021-08-23 11:08:19.258oai:repositorio.ufsc.br:123456789/227158Repositório InstitucionalPUBhttp://150.162.242.35/oai/requestsandra.sobrera@ufsc.bropendoar:23732021-08-23T14:08:19Repositório Institucional da UFSC - Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC)false
dc.title.none.fl_str_mv Genômica comparativa de sorovares de Leptospira interrogans com enfoque na predição de fatores de virulência
title Genômica comparativa de sorovares de Leptospira interrogans com enfoque na predição de fatores de virulência
spellingShingle Genômica comparativa de sorovares de Leptospira interrogans com enfoque na predição de fatores de virulência
Estrella, Andressa Penedo de Paiva
Biotecnologia
Leptospira
Fatores de virulência
Sintenia
title_short Genômica comparativa de sorovares de Leptospira interrogans com enfoque na predição de fatores de virulência
title_full Genômica comparativa de sorovares de Leptospira interrogans com enfoque na predição de fatores de virulência
title_fullStr Genômica comparativa de sorovares de Leptospira interrogans com enfoque na predição de fatores de virulência
title_full_unstemmed Genômica comparativa de sorovares de Leptospira interrogans com enfoque na predição de fatores de virulência
title_sort Genômica comparativa de sorovares de Leptospira interrogans com enfoque na predição de fatores de virulência
author Estrella, Andressa Penedo de Paiva
author_facet Estrella, Andressa Penedo de Paiva
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Universidade Federal de Santa Catarina
dc.contributor.author.fl_str_mv Estrella, Andressa Penedo de Paiva
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Mazzon, Ricardo Ruiz
dc.contributor.advisor-co1.fl_str_mv Wagner, Glauber
contributor_str_mv Mazzon, Ricardo Ruiz
Wagner, Glauber
dc.subject.classification.none.fl_str_mv Biotecnologia
Leptospira
Fatores de virulência
Sintenia
topic Biotecnologia
Leptospira
Fatores de virulência
Sintenia
description Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia e Biociências, Florianópolis, 2021.
publishDate 2021
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2021-08-23T14:08:19Z
dc.date.available.fl_str_mv 2021-08-23T14:08:19Z
dc.date.issued.fl_str_mv 2021
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://repositorio.ufsc.br/handle/123456789/227158
dc.identifier.other.none.fl_str_mv 372565
identifier_str_mv 372565
url https://repositorio.ufsc.br/handle/123456789/227158
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv 98 p.| il., tabs.
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UFSC
instname:Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC)
instacron:UFSC
instname_str Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC)
instacron_str UFSC
institution UFSC
reponame_str Repositório Institucional da UFSC
collection Repositório Institucional da UFSC
bitstream.url.fl_str_mv https://repositorio.ufsc.br/bitstream/123456789/227158/-1/PBTC0327-D.pdf
bitstream.checksum.fl_str_mv 70266985ae40f6ef6d49d1af6c9b3324
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UFSC - Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC)
repository.mail.fl_str_mv sandra.sobrera@ufsc.br
_version_ 1851758835317866496