PCR panfúngica em tecidos parafinados: revisão sistemática e proposta de padronização para o diagnóstico de micoses invasivas por Aspergillus, Fusarium e Mucorales

• Ano de defesa: 2025
• Autor(a) principal: Silva, Milena Viana [UNIFESP]
• Orientador(a): Almeida Júnior, João Nóbrega de [UNIFESP]
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• dARK ID: ark:/48912/00130000254nc
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Federal de São Paulo
• Palavras-chave em Português: Reação em cadeia da polimerase; Infecções fúngicas invasivas; Aspergillus; Fusarium; Mucorales; Diagnóstico molecular
• Link de acesso: https://hdl.handle.net/11600/74505

A identificação de Aspergillus, Fusarium e patógenos da ordem Mucorales, principais patógenos envolvidos em infecções fúngicas invasivas, em tecidos fixados em formalina e embebidos em parafina (TFFEP) representa um desafio diagnóstico relevante, especialmente em pacientes imunocomprometidos. A reação em cadeia da polimerase (PCR) panfúngica tem sido utilizada como ferramenta complementar à histopatologia e cultura, mas ainda carece de padronização para seu uso em amostras parafinadas. Esta dissertação de mestrado teve como objetivo realizar uma revisão sistemática da literatura sobre PCR panfúngica aplicada a TFFEP na deteção destes três agentes, identificar os principais desafios metodológicos, comparar protocolos disponíveis e propor um modelo padronizado, com foco na aplicabilidade clínica. A busca foi conduzida exclusivamente na base PubMed, incluindo estudos publicados em inglês nos últimos 34 anos. Sete artigos atenderam aos critérios de inclusão. Observou-se alta heterogeneidade entre os protocolos, especialmente quanto à etapa de extração de DNA, regiões-alvo utilizadas e presença de controles internos. A região ITS2 foi a mais frequentemente utilizada, com melhor desempenho em alvos curtos. Kits comerciais baseados em colunas de sílica apresentaram melhor desempenho na extração de DNA de TFFEP, com maior pureza e rendimento. A ausência de controles endógenos em parte dos estudos foi associada a maior risco de resultados falso-negativos. Com base nos achados da revisão, foi proposto um protocolo padronizado que incorpora controle interno humano (β-globina), uso de primers universais ITS3/ITS4, digestão enzimática otimizada e condições reprodutíveis de PCR. A padronização do método pode torná-lo mais sensível, específico, acessível, reprodutível e aplicável em laboratórios clínicos de diferentes níveis de complexidade, contribuindo para o diagnóstico rápido e seguro das infecções fúngicas invasivas (IFIs), especialmente em contextos de recursos limitados.