Análise da expressão e da variação do número de cópias de genes da região 8q24.21 no câncer gástrico

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2022
Autor(a) principal: Pereira, Brunno dos Santos [UNIFESP]
Orientador(a): Smith, Marília de Arruda Cardoso [UNIFESP]
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
dARK ID: ark:/48912/001300002frwp
Idioma: por
Instituição de defesa: Universidade Federal de São Paulo
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Link de acesso: https://repositorio.unifesp.br/handle/11600/65851
Resumo: Introdução: O câncer gástrico (CG) é uma das neoplasias mais comuns e é a quarta maior causa de morte por câncer no mundo. Estudos anteriores do nosso grupo de pesquisa mostrou que a trissomia do cromossomo 8 e a amplificação da região 8q24.21, a qual carrega o proto-oncogene MYC, é muito frequente em tumores gástricos primários. Pouco se sabe sobre o papel de outros genes localizados nessa região. Portanto, o objetivo do presente estudo foi entender os possíveis impactos das alterações transcricionais e da variação do número de cópias (CNV) de quatro genes localizados na região 8q24.21 – FAM49B, FAM84B, GSDMC e miR-5194 – no CG. Métodos: 51 a 85 pares de tecido gástrico tumoral e não tumoral adjacente de pacientes diagnosticados com adenocarcinomas gástricos primários, os quais foram submetidos a ressecções gástricas, foram utilizados para a análise da expressão gênica e da variação do número de cópias dos genes alvo. Resultados: Nossos resultados mostraram que todos os quatro genes estão desregulados no CG. A expressão de FAM49B, GSDMC e miR-5194 estava mais elevada em ambas as amostras tumoral e não tumoral adjacente em comparação ao controle negativo – tecido gástrico normal na ausência de gastrite e de infecção por H. pylori – mas a expressão de FAM84B não mostrou diferença significante entre as amostras tumorais e o controle. Contudo, a expressão de FAM84B nas amostras não tumorais adjacentes foi mais elevada em relação ao controle e às amostras tumorais. Além disso, o aumento da expressão de GSDMC foi associado a tumores T3 e T4, tumores de estágio III e IV, e tumores avançados. O aumento do número de cópias de FAM49B e GSDMC foi associado a tumores do tipo intestinal e moderadamente ou bem diferenciados, enquanto o aumento do número de cópias de FAM84B foi associado apenas a tumores moderadamente ou bem diferenciados. Por fim, a expressão de todos os quatro genes foi correlacionada entre si, corroborando dados da literatura que apontam a região 8q24.21 como um bloco regulatório de genes que interagem entre si. Discussão: FAM49B, FAM84B, GSDMC e miR5194 estão superexpressos no CG e possuem alteração no número de cópias. Os genes estudados podem desempenhar um papel importante no desenvolvimento desta neoplasia. A expressão de GSDMC foi associada a tumores mais agressivos.
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Métodos: 51 a 85 pares de tecido gástrico tumoral e não tumoral adjacente de pacientes diagnosticados com adenocarcinomas gástricos primários, os quais foram submetidos a ressecções gástricas, foram utilizados para a análise da expressão gênica e da variação do número de cópias dos genes alvo. Resultados: Nossos resultados mostraram que todos os quatro genes estão desregulados no CG. A expressão de FAM49B, GSDMC e miR-5194 estava mais elevada em ambas as amostras tumoral e não tumoral adjacente em comparação ao controle negativo – tecido gástrico normal na ausência de gastrite e de infecção por H. pylori – mas a expressão de FAM84B não mostrou diferença significante entre as amostras tumorais e o controle. Contudo, a expressão de FAM84B nas amostras não tumorais adjacentes foi mais elevada em relação ao controle e às amostras tumorais. Além disso, o aumento da expressão de GSDMC foi associado a tumores T3 e T4, tumores de estágio III e IV, e tumores avançados. O aumento do número de cópias de FAM49B e GSDMC foi associado a tumores do tipo intestinal e moderadamente ou bem diferenciados, enquanto o aumento do número de cópias de FAM84B foi associado apenas a tumores moderadamente ou bem diferenciados. Por fim, a expressão de todos os quatro genes foi correlacionada entre si, corroborando dados da literatura que apontam a região 8q24.21 como um bloco regulatório de genes que interagem entre si. Discussão: FAM49B, FAM84B, GSDMC e miR5194 estão superexpressos no CG e possuem alteração no número de cópias. Os genes estudados podem desempenhar um papel importante no desenvolvimento desta neoplasia. A expressão de GSDMC foi associada a tumores mais agressivos.Introduction: Gastric cancer (GC) is one of the most common neoplasms and the fourth cause of cancer-related death worldwide. Previous studies of our research group have shown that the trisomy 8 and the amplification of the 8q24.21 region, which carries the proto-oncogene MYC, is very frequent in primary gastric tumors. Little is known about the role of other genes located in this region. Thus, the aim of the present study was to understand the possible impact of transcriptional alterations and copy number variation (CNV) of four genes located in the 8q24.21 region – FAM49B, FAM84B, GSDMC and miR-5194 – in GC. Methods: 51 to 85 matched pairs of tumoral and adjacent non-tumoral gastric tissues, from patients with primary gastric adenocarcinoma who underwent gastric resection, were used to analyze gene expression and copy number variation of the aim genes. Results: Our results showed that all four genes are deregulated in GC. The expression of FAM49B, GSDMC and miR-5194 was higher in both tumoral and adjacent non-tumoral samples compared to the negative control – normal gastric tissue in the absence of gastritis and H. pylori – but the expression of FAM84B showed no significant difference between the tumoral samples and negative control. Although, the expression of FAM84B in the adjacent non-tumoral samples was higher compared to negative control and tumoral samples. Moreover, the higher expression of GSDMC was associated with T3 and T4 tumors, with tumors on stage III and IV and with advanced tumors. The higher copy numbers of FAM49B and GSDMC was associated with intestinal tumor type and with moderately or well differentiated tumors, and the higher copy numbers of FAM84B was associated only with moderately or well differentiated tumors. Furthermore, the expression of all the four genes was positively correlated, corroborating literature data that show the region 8q24.21 as a cluster of genes that interact with each other. Discussion: FAM49B, FAM84B, GSDMC and miR-5194 are upregulate in GC and may play an important role in this neoplasm. GSDMC expression was associated with more aggressive tumors.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)301127/2018-2macsmith@unifesp.br63 f.https://repositorio.unifesp.br/handle/11600/65851ark:/48912/001300002frwpporUniversidade Federal de São Pauloinfo:eu-repo/semantics/openAccessCâncer gástrico8q24.21FAM49BFAM84BGSDMCmiR-5194Análise da expressão e da variação do número de cópias de genes da região 8q24.21 no câncer gástricoGenetic and transcriptional analysis of 8q24.21 cluster in gastric cancerinfo:eu-repo/semantics/masterThesisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionreponame:Repositório Institucional da UNIFESPinstname:Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)instacron:UNIFESPEscola Paulista de Medicina (EPM)Biologia Estrutural e FuncionalGenética MédicaCâncer gástricoORIGINALDissertação Brunno dos Santos Pereira.pdfDissertação Brunno dos Santos Pereira.pdfapplication/pdf1189872https://repositorio.unifesp.br/bitstreams/7fba1d55-5b8a-44e8-b757-1bed6629bca2/download6fa48baf55c822a763010c48d9beae5dMD53LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-85862https://repositorio.unifesp.br/bitstreams/f84165a7-35fe-41ff-a035-b35121792ad1/download4310cb64ae1360c9143d1639111c0eeeMD54TEXTDissertação Brunno dos Santos Pereira.pdf.txtDissertação Brunno dos Santos Pereira.pdf.txtExtracted texttext/plain101949https://repositorio.unifesp.br/bitstreams/06faa744-2835-45ca-bfbe-b1a1e3548b9b/download3cd2a161cc8ca61c6970bf042392bf63MD58THUMBNAILDissertação Brunno dos Santos Pereira.pdf.jpgDissertação Brunno dos Santos Pereira.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg2616https://repositorio.unifesp.br/bitstreams/a41c3cd2-0391-4cec-9484-9403359e16c6/download6931511de927bede2624d7543c931b00MD5911600/658512024-08-12 01:33:05.457oai:repositorio.unifesp.br:11600/65851https://repositorio.unifesp.brRepositório 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Pereira, Brunno dos Santos [UNIFESP]
Câncer gástrico
8q24.21
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GSDMC
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description Introdução: O câncer gástrico (CG) é uma das neoplasias mais comuns e é a quarta maior causa de morte por câncer no mundo. Estudos anteriores do nosso grupo de pesquisa mostrou que a trissomia do cromossomo 8 e a amplificação da região 8q24.21, a qual carrega o proto-oncogene MYC, é muito frequente em tumores gástricos primários. Pouco se sabe sobre o papel de outros genes localizados nessa região. Portanto, o objetivo do presente estudo foi entender os possíveis impactos das alterações transcricionais e da variação do número de cópias (CNV) de quatro genes localizados na região 8q24.21 – FAM49B, FAM84B, GSDMC e miR-5194 – no CG. Métodos: 51 a 85 pares de tecido gástrico tumoral e não tumoral adjacente de pacientes diagnosticados com adenocarcinomas gástricos primários, os quais foram submetidos a ressecções gástricas, foram utilizados para a análise da expressão gênica e da variação do número de cópias dos genes alvo. Resultados: Nossos resultados mostraram que todos os quatro genes estão desregulados no CG. A expressão de FAM49B, GSDMC e miR-5194 estava mais elevada em ambas as amostras tumoral e não tumoral adjacente em comparação ao controle negativo – tecido gástrico normal na ausência de gastrite e de infecção por H. pylori – mas a expressão de FAM84B não mostrou diferença significante entre as amostras tumorais e o controle. Contudo, a expressão de FAM84B nas amostras não tumorais adjacentes foi mais elevada em relação ao controle e às amostras tumorais. Além disso, o aumento da expressão de GSDMC foi associado a tumores T3 e T4, tumores de estágio III e IV, e tumores avançados. O aumento do número de cópias de FAM49B e GSDMC foi associado a tumores do tipo intestinal e moderadamente ou bem diferenciados, enquanto o aumento do número de cópias de FAM84B foi associado apenas a tumores moderadamente ou bem diferenciados. Por fim, a expressão de todos os quatro genes foi correlacionada entre si, corroborando dados da literatura que apontam a região 8q24.21 como um bloco regulatório de genes que interagem entre si. Discussão: FAM49B, FAM84B, GSDMC e miR5194 estão superexpressos no CG e possuem alteração no número de cópias. Os genes estudados podem desempenhar um papel importante no desenvolvimento desta neoplasia. A expressão de GSDMC foi associada a tumores mais agressivos.
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