Implementação de um banco de dados de Leptospira sp. por espectroscopia de massas MALDI-TOF

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2017
Autor(a) principal: Karcher, Daniel [UNIFESP]
Orientador(a): Juliano, Maria Aparecida [UNIFESP]
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
dARK ID: ark:/48912/001300001kxbc
Idioma: por
Instituição de defesa: Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Leptospira sp
MALDI-TOF MS
Identificação
Banco de dados
Bases de dados factuais
Espectrometria de massas
Palavras-chave em Inglês:
Leptospira sp
MALDI-TOF MS
Identification
Database
Databases, factual
Mass Spectrometry
Link de acesso: https://repositorio.unifesp.br/handle/11600/53049
https://sucupira.capes.gov.br/sucupira/public/consultas/coleta/trabalhoConclusao/viewTrabalhoConclusao.jsf?popup=true&id_trabalho=5731573
Resumo: Introdução: A caracterização de Leptospira sp. pelo sequenciamento de ARNr 16S é dispendioso e demorado, e além disso, estudos recentes tem mostrado que espécies próximas, como por exemplo L. interrogans e L. kirschneri não são discriminadas. A espectrometria de massa MALDI-TOF (MALDI-TOF MS) é uma ferramenta robusta para identificação de bactérias pela detecção e análise de proteínas ou seus fragmentos permitindo distinguir linhagem de microrganismos ou subespécies. Métodos: para identificação utilizou-se a técnica de espectrometria de massas e métodos de biologia molecular. A criação de espectros de referência e agrupação das linhagens foi feita com o software Biotyper 3.0. Para discriminação dos picos das linhagens patogênicas foi utilizado software ClinProtools. Resultados: nesta tese apresentamos espectros de referência interno de Leptospira sp. usando um banco de dados de referência de Leptospira que foram validadas com uma coleção de isolados brasileiros bem identificados mantidos no Laboratório de Zoonoses Bacterianas no Departamento de Medicina Preventiva Veterinária e Saúde Animal da Universidade de São Paulo. Além disso, L. interrogans e L. kirschneri foram diferenciadas por uma análises de espectrometria de massa em profundidade usando o software ClinProTools. Conclusão: nosso banco de dados interno de espectros de referência tem a precisão necessária para diferenciar espécies patogênicas e não patologias, bem como para distinguem L. interrogans e L. kirschneri.
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Para discriminação dos picos das linhagens patogênicas foi utilizado software ClinProtools. Resultados: nesta tese apresentamos espectros de referência interno de Leptospira sp. usando um banco de dados de referência de Leptospira que foram validadas com uma coleção de isolados brasileiros bem identificados mantidos no Laboratório de Zoonoses Bacterianas no Departamento de Medicina Preventiva Veterinária e Saúde Animal da Universidade de São Paulo. Além disso, L. interrogans e L. kirschneri foram diferenciadas por uma análises de espectrometria de massa em profundidade usando o software ClinProTools. Conclusão: nosso banco de dados interno de espectros de referência tem a precisão necessária para diferenciar espécies patogênicas e não patologias, bem como para distinguem L. interrogans e L. kirschneri. Introduction: The characterization of Leptospira sp. by the sequencing of 16S rRNA is expensive and time consuming, and furthermore, recent studies have shown that nearby species such as L. interrogans and L. kirschneri are not discriminated. MALDI-TOF mass spectrometry is a powerful tool for the identification of bacteria trough the detection and analysis of proteins or their fragments alloying distinguish microorganism strain or sub-species. Methods: mass spectrometry and molecular biology methods were used for identification. Reference spectra and clustering of lineages were created with Biotyper 3.0 software. ClinProtools software was used to discriminate the peaks of the pathogenic strains. Results: In this work we present internal reference spectra of Leptospira sp. using a Leptospira reference database that were validated with a collection of well-identified Brazilian isolates kept in the Laboratory of Bacterial Zoonoses in the Department of Veterinary and Animal Health Preventive Medicine of the University of São Paulo. In addition, L. interrogans and L. kirschneri were differentiated by in-depth mass spectrometry analyzes using ClinProTools' software. Conclusion: our internal database of reference spectra has the necessary precision to differentiate between pathogenic and non-pathological species, as well as for distinguishing L. interrogans and L. kirschneri.Dados abertos - Sucupira - Teses e dissertações (2018)Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)52 p.KARCHER, Daniel. Implementação de um banco de dados de Leptospira sp. por espectroscopia de massas MALDI-TOF. São Paulo, 2017. [52] p. Dissertação (Mestrado em Ciências biológicas: biologia molecular) - Escola Paulista de Medicina (EPM), Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), São Paulo, 2017.https://repositorio.unifesp.br/handle/11600/53049https://sucupira.capes.gov.br/sucupira/public/consultas/coleta/trabalhoConclusao/viewTrabalhoConclusao.jsf?popup=true&id_trabalho=5731573ark:/48912/001300001kxbcporUniversidade Federal de São Paulo (UNIFESP)info:eu-repo/semantics/openAccessLeptospira spMALDI-TOF MSIdentificaçãoBanco de dadosBases de dados factuaisEspectrometria de massasLeptospira spMALDI-TOF MSIdentificationDatabaseDatabases, factualMass SpectrometryImplementação de um banco de dados de Leptospira sp. por espectroscopia de massas MALDI-TOFImplementation of database of Leptospira sp. throught MALDI-TOF mass spectrometryinfo:eu-repo/semantics/masterThesisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionreponame:Repositório Institucional da UNIFESPinstname:Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)instacron:UNIFESP Escola Paulista de Medicina (EPM)Ciências biológicas (Biologia molecular)Ciências BiológicasEstrutura, atividades e síntese de peptídeos e proteínasORIGINALDissertação.pdfapplication/pdf1508102https://repositorio.unifesp.br/bitstreams/a5227687-31fd-411d-ae68-7cecd060d528/download53c473120c7699ae093cf00feeb63210MD51TEXTDissertação.pdf.txtDissertação.pdf.txtExtracted texttext/plain84255https://repositorio.unifesp.br/bitstreams/8d6c429e-141c-4979-b0cb-5653d77c86aa/download55ef11ed930d8aa6f63a88164ac57b03MD52THUMBNAILDissertação.pdf.jpgDissertação.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg2992https://repositorio.unifesp.br/bitstreams/8b3699d8-f0e6-427d-9a3c-83adb57abdbf/download59947e87379e32d35469c35ce4e8d64fMD5311600/530492024-08-02 20:16:12.339oai:repositorio.unifesp.br:11600/53049https://repositorio.unifesp.brRepositório InstitucionalPUBhttp://www.repositorio.unifesp.br/oai/requestbiblioteca.csp@unifesp.bropendoar:34652024-08-02T20:16:12Repositório Institucional da UNIFESP - Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)false
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