Análise de transcritos nascentes em trypanosoma cruz

• Ano de defesa: 2023
• Autor(a) principal: Lima, Pedro Leonardo Carvalho de [UNIFESP]
• Orientador(a): Cunha, Julia Pinheiro Chagas da
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• dARK ID: ark:/48912/001300001s6vp
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Federal de São Paulo
• Palavras-chave em Português: T. cruzi; Tripanossomas; Regulação; Transcritos nascente; GRO- seq; RNA-seq; Bioinformática
• Link de acesso: https://repositorio.unifesp.br/handle/11600/70750

Os tripanossomatídeos possuem uma estrutura genômica organizada em regiões policistrônicas e até o momento, sequências promotoras específicas para cada gene não foram descritas em Trypanosoma cruzi. Mecanismos pós-transcricionais são apontados como os principais responsáveis pela regulação da expressão gênica nes- tes organismos, apesar mas ensaios de transcrição nascente em genes específicos indicam que alguns loci são transcritos com taxas diferentes. O presente trabalho teve como objetivo entender o real impacto da regulação da transcrição em relação à abundância de transcritos de diferentes regiões genômicas utilizando ensaios em larga escala dos transcritos nascentes, conhecido como Global Run on sequencing (GRO- seq). Estabelecemos um pipeline computacional adequado para processar e analisar transcritos nascentes oriundos de diferentes regiões genômicas de T. cruzi. As abun- dâncias foram avaliadas por abordagens baseadas nas coberturas ou nas contagens das reads em BPM e em TPM, respectivamente. As análises dos resultados confir- maram que os dados de GRO-seq estão enriquecidos em transcritos nascentes não- processados quando comparados com o pool de RNAs maduros detectados por RNA- seq. A maioria das unidades de transcrição policistrônicas (Polycistronic Transcription Units - PTUs) apresentam taxas de transcrição semelhante entre si, entretanto para 10,6% das comparações entre PTUs diferenças significativas foram detectadas. PTUs e regiões codificadoras de proteínas (CDSs) oriundas do compartimento genômico “Core” são mais expressas do que as do compartimento “Disruptivo”. Ademais, de- tectamos uma correlação positiva (R²=0.8) entre os níveis de abertura de cromatina (detectados em ensaios de FAIRE-seq) e expressão nascente, que é mais evidente quando os compartimentos genômicos são comparados. Em conjunto, nossos dados apontam para uma regulação transcricional diferencial entre os compartimentos genô- micos associado à abertura da cromatina sugerindo que mecanismos adicionais de regulação da expressão gênica aconteçam em T. cruzi.