Sequenciamento de nova geração revela que a regulação positiva de PNMA3 e RASSF2 está associada à resistência quimioradioterápica em pacientes com câncer de colo uterino

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2022
Autor(a) principal: Melo Neto, Angelo Borges de
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Universidade Federal de Uberlândia
Brasil
Programa de Pós-graduação em Biotecnologia
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Câncer de colo uterino (CCU)
Resistência à quimioradioterapia
Biomarcadores
Apoptose
PNMA3
RASSF2
Cervical cancer (CC)
Apoptosis
Biomarkers
Chemoradiotherapy resistance
Biotecnologia
CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA::GENETICA HUMANA E MEDICA
CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOQUIMICA::BIOLOGIA MOLECULAR
Colo uterino - Câncer
Câncer - Quimioterapia
Câncer - Radioterapia
Link de acesso: https://repositorio.ufu.br/handle/123456789/36416
http://doi.org/10.14393/ufu.di.2022.527
Resumo: CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
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spelling Sequenciamento de nova geração revela que a regulação positiva de PNMA3 e RASSF2 está associada à resistência quimioradioterápica em pacientes com câncer de colo uterinoHigh throughput sequencing reveals the Upregulation of PNMA3 and RASSF2 associated with chemoradiotherapy resistance in cervical cancer patientsCâncer de colo uterino (CCU)Resistência à quimioradioterapiaBiomarcadoresApoptosePNMA3RASSF2Cervical cancer (CC)ApoptosisBiomarkersChemoradiotherapy resistanceBiotecnologiaCNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA::GENETICA HUMANA E MEDICACNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOQUIMICA::BIOLOGIA MOLECULARBiotecnologiaColo uterino - CâncerCâncer - QuimioterapiaCâncer - RadioterapiaCAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível SuperiorCervical cancer (CC) affects women in global scale and many factors are responsible for the high mortality rate related to this cancer, such as chemoradiotherapy resistance including the cisplatin resistance (CPR) and late diagnosis. Between the hallmarks of cancer is the inhibition of apoptotic pathways, a modulation weakly knows considering both the chemoradiotherapy resistance and CC. Thus, the objective of this study was to identify differentially expressed genes (DEGs) related to apoptosis between Responder (R) and Non-responder (NR) patients to the chemoradiotherapy, as well as the number of immune cells in the tumor microenvironment (TME). For this purpose, 21 R and 10 NR women were included in this study and your cervical cancer non-stem-like cells (CCNSCs) were selected in Fluorescence-activated cell sorting (FACS). Then, the RNA-Seq was performed and all sequences were evaluated according to quality, and those with Phread < 25 as well as adapters were trimmed. The sequences pass-filter were uniquely mapped to the specific Homo sapiens genome loci and the read counts were submitted to the differential expression analysis comparing R to NR patients. Finally, the selection of the biomarkers was achieved in gene ontology (GO), statistical and decision tree analyses, as well as the nº of tumor-infiltrating lymphocytes (TILs) and tumor associated tissue eosinophilia (TATES) were evaluated in morphometric analysis. In morphometric analysis, 23 patients were included according to inclusion criteria. Altogether, 2519 DEGs with log2FC > 1 or < -1 and pajd value < 0.05 were found, 117 of them were linked to apoptosis and only 8 were relevant according to statistical and decision tree analyses. Between the relevant DEGs, the PNMA3 and RASSF2 were upregulated in NR patients and downregulated in R considering all analyses performed. Furthermore, a high number of intratumoral TILs and TATES occurred in the R group, while the NR had a high number of stromal TILs. Therefore, the genes PNMA3 and RASSF2 upregulated in NR patients were considered as potential biomarkers related to apoptosis and chemoradiotherapy resistance, as well as a larger nº of intratumoral TILs and TATES were associated to the positive chemoradiotherapy responses in CC. Nonetheless, more studies still need to be done to confirm the likely interactions among PNMA3, RASSF2, apoptosis and chemoradiotherapy resistance in the CC.Dissertação (Mestrado)O câncer de colo uterino (CCU) afeta mulheres no mundo todo e os índices de mortalidade devido a esta patologia são próximos de 50%, o que é devido principalmente ao seu diagnóstico tardio e à resistência a tratamentos quimioradioterápicos como à cisplatina (RCP). Hallmarks do câncer como a inibição da apoptose são associadas a esta resistência, mas os fatores envolvidos nestas vias de morte celular no CCU ainda são pouco conhecidos. Assim, o objetivo deste trabalho foi identificar genes diferencialmente expressos (DEGs) relacionados à apoptose entre pacientes Respondedoras (R) e Não-respondedoras (NR) à quimioradioterapia, bem como o número de células imune no microambiente tumoral destas mulheres. Com esta finalidade, 21 pacientes R e 10 NR foram incluídas no estudo e suas células não-tronco tumorais (CNTTs) foram selecionadas por citometria de fluxo e submetidas a sequenciamentos de RNA. Todas sequencias obtidas com baixa qualidade e adaptadores foram removidos, enquanto aquelas selecionadas foram mapeadas unicamente a loci específicos do genoma humano e quantificadas quanto à sua expressão. Por fim, análises de expressão diferencial gênica, de ontologia gênica (GO), estatísticas e árvores de decisão foram realizadas para a obtenção de potenciais biomarcadores da resistência quimioradioterápica. Paralelamente foi feita a avaliação morfométrica do nº de linfócitos infiltrantes tumorais (TILs) e eosinófilos associados ao tecido tumoral (TATES) de 23 pacientes que atenderam aos critérios de inclusão. Ao todo 2519 DEGs com log2FC > 1 ou < -1 e valor de p.ajustado < 0.05 foram considerados, sendo 117 deles associados a apoptose e somente 8 relevantes conforme análises de GO, estatística e de árvore de decisão. Destes 8 DEGs, PNMA3 e RASSF2 foram encontrados superexpressos em pacientes NR e com baixa expressão em R, conforme valores de log2FC, z-score e a razão entre médias normalizadas de expressão entre os grupos R e NR. Além disso, o número de TILs intratumorais e TATES foram superiores em pacientes R enquanto no grupo NR houve um maior número no ambiente estromal. Portanto, os genes PNMA3 e RASSF2 foram definidos como potenciais biomarcadores associados a apoptose e à resistência quimioradioterápica, visto a sua predominância em pacientes NR e os inúmeros trabalhos associando as famílias destes genes com a regulação da apoptose. Adicionalmente, um maior nº de TILs e TATES no microambiente intratumoral foram associados com respostas quimioradioterápicas favoráveis no CCU, mas mais estudos são necessários para caracterizar tanto estes DEGs quanto o perfil destas células imune neste câncer.Universidade Federal de UberlândiaBrasilPrograma de Pós-graduação em BiotecnologiaQueiroz, Fábio Ribeirohttp://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4258122H6&tokenCaptchar=03AIIukzi4zqMNo8_r6nRuXz4up669mGykZkKYNVotxxSotABb5Na5Ktp9tNnw0vFi9rkek5RtNJqdbgvYEaDJjsAmUrPcOlt1DXrp11qc-KTAech53fYYQFAAgUI2xtcoa25gxXBqtkLnmJs_EWAzREKaXiC1jC7xUGgZKl4mFhuQcTC8hyEZ-uXc4NxY1F7kUPqSNRA9W8DeGEv8Bvvc22hRDjJGMUk13LxfXqqKg_mKZDf4s9_HH0toB49tfp7NbYv9i6uYeVN9ps6RKMSHHV0r8GffZwDY07h94tD4KyjJq7sQBJHN-yyhzBcTYo3HtYcEt0fmxEMfqFdKh-idCBkjrbtcBWPMMlfPF6LAUhrdztygng4gmfkenhQji8nKs1UBcNkx3Wzv3_rYys-S2_B86Gska3A48eGIAjoNcHjr9dhxMPKPYJw42lsTZNNAqRixg_dz9diQOPt41h9v9a2zhbh19M6_8VlitOE01xsUwALIbtxxOaq0QwGjx_tzpBsUiEKw9IRjFIztmEQ-KSC1I8kSqUf4-QGomes, Matheus de Souzahttp://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4167490H6&tokenCaptchar=03AIIukzgb9m81doZqOzpsJFkSN8fSnWBzwxAvDCq10Ko4s8jWcdBNMd8R3S7SDCNttrAgW6-g0n_IpETuoTWDRB3xHWuL-dtEu7GMP5MM2a8IXHjU7UdZCkwZLAIhTmOuUYA22pw7zhIvYOriR-z3zj7NcmGDKg4zUlY6XVihgBW637lj5ofiR5xfYSDqzXwMDLNT7V_c-iHGWSEYassc2p4jLCpqxZkB-rjJJNDoxHj1gk8pKnnQaBcYc4GyICmKdJpTXU5IVjSQx9m2eHfehIcauXebnJMIUdQHExnnOkbhQ8-fnPHL-v9lzfK7Vgvy3J7QF6I6Ts4U_zbJqtwFwXkAcGRcPN74BUwl6vquJ5fEr6LMkNLjeyhRbfEWLC3R5f963abhKZg5dY2TYt7905d5rcRXyo_FxSMn2nsGWkUP7sI665k2m2eoVri3PPAA19Wl9MVnwIjr98ZD5dn7TOV95k_OxOQmOOtlYPuiVrc3cYU4AtADuutB-j00uLvhXxXuZeIESWjpXyMhkHriiOZmG0dp-5COmgFürstenau, Cristina Ribashttp://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4764555E1&tokenCaptchar=03AIIukzifV9X4f4y0W3PJwK-ka2R4GqMfHCTPUsFgN6STJas6AXMgKXDVZgZ-y7qEEhO8M6mLe2HxWEcjAmVhw411R2ageLZ9zddoqs7MOxVc8M3o5yMfPhu_ImIqfcrAglp-i127sTAq06ZHuZJBX3_nnlEQiRui4bNQFKQrmdrYOFkB6BqFqJwBB7KMchyt474IX1Ty-61iRzBsECj2uRwpDN3sTdXh-A-cUbdXXfLgnGpakTYJS0UDNKA2DFPiuijkKDCZsKrTX3uMORdlVhY7slOeq3RBlFDV5AnRjqk7eq2u6xgaS-z3k8zoZjR5Sa0U1xNIRhrpDxh1rmk9slUrVXPbqv2wF5H02_W4HvIm6MscAUH2TsjdPNMW4gBqstdKdVrogYNIC8Eb_8cLY1iHSy0EwDDL0gdMiJrhatm7aPTczJVXArBb4y3ILuYc_nbrD7KZBbD76s9KwsPKIjpatKjxpzcFZjaF_rqJripSHmviO3vuPFsGU8w7s0gYXKfoI1qGAvZ5da-9Vfm_1MWTLYqlDmEKawMelo, Carolina Pereira de Souzahttp://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4764496P9&tokenCaptchar=03AIIukzhbXMwxLlDPRjddC58FfaFxhBmOAVHV8S-OQHTMC2VHyQo_b4YL1HXHZmT2PSuZR0rhJF1FXdpTc1dBHISk_gYSEeqdp3tEpypSs46huXfWkDtVJ2eGEMyH5QvTw-vavkg3qdsju6sN4pxIDCSyD2mYh1pl9HuhiG7d-guP7f9ocidNq4R918aj_fFGmCLNPZ1Ib2Cp75vwwqyJCmOf1ZYnaykO9ftdGNg5s0h-jZa9Msd9IErzpKTAx5fFpPljmhUf9dnrhT5xS9Id6D5HaEm1_Cw4VOSoureKb28XXrnun34FPBvM5w8CrrdES79r62bqaFIzhWjymfc9DvyeIaPa35EMEKm86XzltIVsb6JuXiG-oqX_RRn4nChOd027AKR6AWjO36XTV6HGCnCOAh4g94vIGPjaqqCZXys-SG8P9Vi6PlE_BrjUeIFZcl9MnevQ9xWEPHpmJBEDKpq7Nm9oKeYevyLHCoIgTvmtBzsmURXfc5XE8QTsl1lW214v_KLAusyiHy8ojJ-SzcmG1F-TQeXOCQMelo Neto, Angelo Borges de2022-11-18T12:56:30Z2022-11-18T12:56:30Z2022-08-26info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfMELO NETO, Angelo Borges de. Sequenciamento de nova geração revela que a regulação positiva de PNMA3 e RASSF2 está associada à resistência quimioradioterápica em pacientes com câncer de colo uterino. 2022. 84 f. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Federal de Uberlândia, Patos de Minas, 2022. DOI http://doi.org/10.14393/ufu.di.2022.527.https://repositorio.ufu.br/handle/123456789/36416http://doi.org/10.14393/ufu.di.2022.527porinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFUinstname:Universidade Federal de Uberlândia (UFU)instacron:UFU2022-11-19T06:19:53Zoai:repositorio.ufu.br:123456789/36416Repositório InstitucionalONGhttp://repositorio.ufu.br/oai/requestdiinf@dirbi.ufu.bropendoar:2022-11-19T06:19:53Repositório Institucional da UFU - Universidade Federal de Uberlândia (UFU)false
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High throughput sequencing reveals the Upregulation of PNMA3 and RASSF2 associated with chemoradiotherapy resistance in cervical cancer patients
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Melo, Carolina Pereira de Souza
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