Caracterização in silico e localização subcelular das enzimas da via das pentoses fosfato em milho

• Ano de defesa: 2013
• Autor(a) principal: Gomes, Wellington Silva
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Federal de Viçosa; BR; Genética animal; Genética molecular e de microrganismos; Genética quantitativa; Genética vegetal; Me; Doutorado em Genética e Melhoramento; UFV
• Palavras-chave em Português: Enzimas; Vias das pentoses fosfato; Localização subcelular; Caracterização in silico; Milho; Enzyme; Pentose phosphate pathway; Subcellular localization; In silico characterization; Maize; CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA::GENETICA VEGETAL
• Link de acesso: http://locus.ufv.br/handle/123456789/1369

A disponibilidade dos genomas sequênciados tem provocado um aumento no volume de informação e o desafio atual é desenvolver uma análise detalhada e interpretar, funcionalmente, os dados gerados. Tradicionalmente, o enfoque das pesquisas consistia em conhecer uma determinada função e buscar o gene responsável. Atualmente, dispõe-se de um enorme número de genes desconhecidos que demandam caracterização funcional. Enquanto essa caracterização ainda é incipiente, softwares têm ajudado cada vez mais a identificar e predizer, funcionalmente, genes por meio da comparação de sequências gênicas de espécies conhecidas e caracterizadas. Nesse sentido, este trabalho teve como objetivo a caracterização in silico dos genes e enzimas da via das pentoses fosfato em milho e a comparação dos métodos experimentais e por meio de ferramentas de predição online, visando identificar os melhores softwares disponíveis para predizer a localização subcelular das enzimas dessa via. Foram identificados 25 genes em Arabdopsis thaliana e 23 em milho, que codificam as sete enzimas da via das pentoses fosfato, sendo que, cada uma das enzimas dessa via são codificadas por pelo menos dois genes, em ambas as espécies avaliadas. Nas avaliações de distância entre as sequências nucleotídicas e análises filogenéticas, distintos graus de similaridade entre os genes foram identificados, apresentando, em geral, maior similaridade entre os genes parálogos. Dez enzimas da via foram experimentalmente caracterizadas e os resultados da comparação dos métodos para a localização subcelular sugerem que os preditores com múltiplas previsões proporcionaram desempenhos significativamente melhores quando comparados aos que se baseiam apenas em sequências protéicas ou peptídeos sinais. Dessa forma, além da caracterização de genes e enzimas da via das pentoses fosfato, foram identificados os softwares mais acurados para determinar a localização subcelular das enzimas.