Espectroscopia no infravermelho próximo e análise de imagens multiespectrais para classificação de sementes de crambe quanto ao potencial fisiológico
| Ano de defesa: | 2024 |
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Universidade Federal de Viçosa
Fitotecnia |
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Resumo: | A espectroscopia no infravermelho próximo (NIR) e a análise de imagens multiespectrais (MSI) surgem como ferramentas promissoras para economizar tempo e recursos na indústria e nos laboratórios de análise de sementes, por permitirem a rápida pré-seleção de lotes de sementes, além de não necessitarem do uso de reagentes químicos para obtenção de seus resultados. As aplicações das técnicas NIR e MSI permitem discriminar os níveis de potencial fisiológico dos lotes de sementes de maneira rápida e precisa. O objetivo deste trabalho foi investigar a viabilidade de utilização do NIR e de um protótipo UV-VIS-NIR, utilizado para obtenção de imagens multiespectrais, em associação com os testes fisiológicos tradicionais, para classificar lotes de sementes de crambe quanto ao seu potencial fisiológico. Para classificação física e fisiológica das sementes de crambe, foram utilizados 12 lotes, sendo quatro linhagens e três lotes de cada. As sementes foram avaliadas por meio do teste de raios X e dos testes de germinação e crescimento de plântulas. No primeiro experimento, foram obtidos espectros NIR das amostras de sementes, com total de 12 leituras por lote. Os espectros originais das amostras de sementes foram pré-processados por meio de diferentes técnicas, sendo elas: Standard Normal Variate (SNV); 1ª derivada; 2ª derivada; 1ª e 2ª derivada de Savitzky-Golay (SG), além das combinações entre SNV e 1ª e 2ª derivada. Os lotes foram segmentados em duas classes, com base no potencial fisiológico: igual ou acima de 85% de germinação (maior potencial fisiológico) e abaixo de 85% de germinação (menor potencial fisiológico). Fez-se o uso dos espectros pré- processados para construção do modelo de classificação por meio do método Partial Least Squares – Discriminant Analysis (PLS-DA), sendo que o melhor modelo foi obtido com os espectros pré-processados pela técnica da 1ª derivada de SG. No segundo experimento, utilizando o protótipo UV-VIS-NIR, foram capturadas imagens multiespectrais de oito repetições de 25 sementes para cada um dos 12 lotes avaliados. As imagens foram obtidas nos comprimentos de onda de 395, 460, 520, 585, 620, 740, 850 e 940 nm, totalizando 768 imagens. Posteriormente, foi feito a extração dos valores de pixel da área segmentada de cada semente nas imagens multiespectrais com auxílio do software ImageJ. Os dados obtidos a partir das imagens foram convertidos em reflectância e os espectros originais foram submetidos aos métodos de pré- processamento: Standard Normal Variate (SNV); Multiplicative Scatter Correction (MSC); 2ª derivada; e 1ª derivada de Savitzky-Golay (SG). As sementes de cada lote foram segmentadas em duas classes, assim como no primeiro experimento: igual ou acima de 85% de germinação (maior potencial fisiológico) e abaixo de 85% de germinação (menor potencial fisiológico). Os espectros pré-processados foram utilizados para a construção de modelos de classificação por meio do método Random Forest (RF). Foi possível observar que dos 238 espectros utilizados para validação do modelo de imagens multiespectrais, 195 espectros foram alocados corretamente em suas classes de acordo com seu maior e menor potencial fisiológico. No primeiro experimento, o modelo PLS-DA obtido a partir dos espectros pré-processados por meio da 1ª derivada de SG apresentou 0,96 de acurácia e 0,92 de coeficiente Kappa, para os dados de validação, com quatro regiões (I: 1300 – 1400 nm; II: 1800 – 1900 nm; III: 2000 – 2100 nm, IV: 2250 – 2300 nm) sendo as mais importantes para distinguir as classes de potencial fisiológico das sementes de crambe. Já no segundo experimento, o modelo RF obtido a partir dos espectros pré- processados por meio da técnica MSC apresentou 0,81 de acurácia e 0,62 de coeficiente Kappa, para os dados de validação, sendo os comprimentos de onda: I: 385 nm; II: 740 nm; III: 850 nm; IV: 940 nm, os mais importantes para separação das classes de sementes de crambe com base no seu potencial fisiológico. Conclui-se que a espectroscopia NIR e a análise de imagens multiespectrais são ferramentas promissoras para serem utilizadas para classificação de lotes de sementes de crambe quanto ao potencial fisiológico. Palavras-chave: crambe abyssinica hochst. ex re fr. ; nir. ; quimiometria. ; reflectância. ; qualidade de sementes. ; modelos de classificação. |
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Espectroscopia no infravermelho próximo e análise de imagens multiespectrais para classificação de sementes de crambe quanto ao potencial fisiológicoNear-infrared spectroscopy and multispectral image analysis for classifying crambe seeds according to physiological potentialCrambe abyssinica - SementeSementes - TestesAnálise espectralEspectroscopia de infravermelhoCIENCIAS AGRARIAS::AGRONOMIA::FITOTECNIA::PRODUCAO E BENEFICIAMENTO DE SEMENTESA espectroscopia no infravermelho próximo (NIR) e a análise de imagens multiespectrais (MSI) surgem como ferramentas promissoras para economizar tempo e recursos na indústria e nos laboratórios de análise de sementes, por permitirem a rápida pré-seleção de lotes de sementes, além de não necessitarem do uso de reagentes químicos para obtenção de seus resultados. As aplicações das técnicas NIR e MSI permitem discriminar os níveis de potencial fisiológico dos lotes de sementes de maneira rápida e precisa. O objetivo deste trabalho foi investigar a viabilidade de utilização do NIR e de um protótipo UV-VIS-NIR, utilizado para obtenção de imagens multiespectrais, em associação com os testes fisiológicos tradicionais, para classificar lotes de sementes de crambe quanto ao seu potencial fisiológico. Para classificação física e fisiológica das sementes de crambe, foram utilizados 12 lotes, sendo quatro linhagens e três lotes de cada. As sementes foram avaliadas por meio do teste de raios X e dos testes de germinação e crescimento de plântulas. No primeiro experimento, foram obtidos espectros NIR das amostras de sementes, com total de 12 leituras por lote. Os espectros originais das amostras de sementes foram pré-processados por meio de diferentes técnicas, sendo elas: Standard Normal Variate (SNV); 1ª derivada; 2ª derivada; 1ª e 2ª derivada de Savitzky-Golay (SG), além das combinações entre SNV e 1ª e 2ª derivada. Os lotes foram segmentados em duas classes, com base no potencial fisiológico: igual ou acima de 85% de germinação (maior potencial fisiológico) e abaixo de 85% de germinação (menor potencial fisiológico). Fez-se o uso dos espectros pré- processados para construção do modelo de classificação por meio do método Partial Least Squares – Discriminant Analysis (PLS-DA), sendo que o melhor modelo foi obtido com os espectros pré-processados pela técnica da 1ª derivada de SG. No segundo experimento, utilizando o protótipo UV-VIS-NIR, foram capturadas imagens multiespectrais de oito repetições de 25 sementes para cada um dos 12 lotes avaliados. As imagens foram obtidas nos comprimentos de onda de 395, 460, 520, 585, 620, 740, 850 e 940 nm, totalizando 768 imagens. Posteriormente, foi feito a extração dos valores de pixel da área segmentada de cada semente nas imagens multiespectrais com auxílio do software ImageJ. Os dados obtidos a partir das imagens foram convertidos em reflectância e os espectros originais foram submetidos aos métodos de pré- processamento: Standard Normal Variate (SNV); Multiplicative Scatter Correction (MSC); 2ª derivada; e 1ª derivada de Savitzky-Golay (SG). As sementes de cada lote foram segmentadas em duas classes, assim como no primeiro experimento: igual ou acima de 85% de germinação (maior potencial fisiológico) e abaixo de 85% de germinação (menor potencial fisiológico). Os espectros pré-processados foram utilizados para a construção de modelos de classificação por meio do método Random Forest (RF). Foi possível observar que dos 238 espectros utilizados para validação do modelo de imagens multiespectrais, 195 espectros foram alocados corretamente em suas classes de acordo com seu maior e menor potencial fisiológico. No primeiro experimento, o modelo PLS-DA obtido a partir dos espectros pré-processados por meio da 1ª derivada de SG apresentou 0,96 de acurácia e 0,92 de coeficiente Kappa, para os dados de validação, com quatro regiões (I: 1300 – 1400 nm; II: 1800 – 1900 nm; III: 2000 – 2100 nm, IV: 2250 – 2300 nm) sendo as mais importantes para distinguir as classes de potencial fisiológico das sementes de crambe. Já no segundo experimento, o modelo RF obtido a partir dos espectros pré- processados por meio da técnica MSC apresentou 0,81 de acurácia e 0,62 de coeficiente Kappa, para os dados de validação, sendo os comprimentos de onda: I: 385 nm; II: 740 nm; III: 850 nm; IV: 940 nm, os mais importantes para separação das classes de sementes de crambe com base no seu potencial fisiológico. Conclui-se que a espectroscopia NIR e a análise de imagens multiespectrais são ferramentas promissoras para serem utilizadas para classificação de lotes de sementes de crambe quanto ao potencial fisiológico. Palavras-chave: crambe abyssinica hochst. ex re fr. ; nir. ; quimiometria. ; reflectância. ; qualidade de sementes. ; modelos de classificação.Near-infrared spectroscopy (NIR) and multispectral imaging (MSI) analysis are promising tools for saving time and resources in the seed analysis industry and laboratories, as they enable rapid pre-selection of seed lots without the need for chemical reagents. Applications of NIR and MSI techniques allow rapid and accurate discrimination of seed lot physiological potential levels. This study aimed to investigate the feasibility of using NIR and a UV-VIS-NIR prototype, used for obtaining multispectral images, in association with traditional physiological tests to classify crambe seed lots according to their physiological potential. For physical and physiological classification of crambe seeds, 12 lots were used, comprising four lineages with three lots each. The seeds were evaluated through X-ray, germination, and seedling growth tests. In the first experiment, NIR spectra were obtained from seed samples, with a total of 12 readings per lot. The original seed spectra were preprocessed using various techniques: Standard Normal Variate (SNV), first derivative, second derivative, Savitzky-Golay (SG) first and second derivatives, as well as combinations between SNV and the first and second derivatives. Lots were segmented into two classes based on physiological potential: equal to or above 85% germination (higher physiological potential) and below 85% germination (lower physiological potential). The preprocessed spectra were used to construct a classification model through the Partial Least Squares – Discriminant Analysis (PLS- DA) method, with the best model achieved using spectra preprocessed with the SG first derivative technique. In the second experiment, using the UV-VIS-NIR prototype, multispectral images of eight repetitions of 25 seeds were captured for each of the 12 lots evaluated. Images were acquired at wavelengths of 395, 460, 520, 585, 620, 740, 850, and 940 nm, totaling 768 images. Pixel values from the segmented seed area in each multispectral image were extracted using ImageJ software. The data obtained from the images were converted into reflectance, and the original spectra were subjected to preprocessing methods: SNV, Multiplicative Scatter Correction (MSC), SG second derivative, and SG first derivative. The seeds in each lot were segmented into two classes, as in the first experiment: equal to or above 85% germination (higher physiological potential) and below 85% germination (lower physiological potential). The preprocessed spectra were used to build classification models through the Random Forest (RF) method. Among the 238 spectra used for model validation from multispectral images, 195 were correctly allocated according to their higher or lower physiological potential. In the first experiment, the PLS-DA model derived from SG first derivative preprocessed spectra showed an accuracy of 0.96 and a Kappa coefficient of 0.92 for validation data, with four regions (I: 1300–1400 nm; II: 1800–1900 nm; III: 2000–2100 nm, IV: 2250–2300 nm) being the most important for distinguishing crambe seed physiological potential classes. In the second experiment, the RF model derived from MSC-preprocessed spectra presented an accuracy of 0.81 and a Kappa coefficient of 0.62 for validation data, with the wavelengths I: 385 nm, II: 740 nm, III: 850 nm, IV: 940 nm being the most significant for class separation of crambe seeds based on physiological potential. It is concluded that NIR spectroscopy and multispectral imaging analysis are promising tools for classifying crambe seed lots based on physiological potential. Keywords: crambe abyssinica hochst. ex r.e. fr. ; nir.; chemometrics. ; reflectance.; seed quality. ; classification models.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Brasil (CAPES)Fundação Mato Grosso do Sul (FMS)Universidade Federal de ViçosaFitotecniaDias, Luiz Antonio dos Santoshttp://lattes.cnpq.br/6618593672523373Silva, Laercio Junio daCosta, Ana Lucia Aranha da2024-11-22T12:34:49Z2024-08-24info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfCOSTA, Ana Lucia Aranha da. Espectroscopia no infravermelho próximo e análise de imagens multiespectrais para classificação de sementes de crambe quanto ao potencial fisiológico. 2024. 59 f. Dissertação (Mestrado em Fitotecnia) - Universidade Federal de Viçosa, Viçosa. 2024.https://locus.ufv.br/handle/123456789/33174https://doi.org/10.47328/ufvbbt.2024.764porinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:LOCUS Repositório Institucional da UFVinstname:Universidade Federal de Viçosa (UFV)instacron:UFV2024-11-29T20:04:36Zoai:locus.ufv.br:123456789/33174Repositório InstitucionalPUBhttps://www.locus.ufv.br/oai/requestfabiojreis@ufv.bropendoar:21452024-11-29T20:04:36LOCUS Repositório Institucional da UFV - Universidade Federal de Viçosa (UFV)false |
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Espectroscopia no infravermelho próximo e análise de imagens multiespectrais para classificação de sementes de crambe quanto ao potencial fisiológico Costa, Ana Lucia Aranha da Crambe abyssinica - Semente Sementes - Testes Análise espectral Espectroscopia de infravermelho CIENCIAS AGRARIAS::AGRONOMIA::FITOTECNIA::PRODUCAO E BENEFICIAMENTO DE SEMENTES |
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A espectroscopia no infravermelho próximo (NIR) e a análise de imagens multiespectrais (MSI) surgem como ferramentas promissoras para economizar tempo e recursos na indústria e nos laboratórios de análise de sementes, por permitirem a rápida pré-seleção de lotes de sementes, além de não necessitarem do uso de reagentes químicos para obtenção de seus resultados. As aplicações das técnicas NIR e MSI permitem discriminar os níveis de potencial fisiológico dos lotes de sementes de maneira rápida e precisa. O objetivo deste trabalho foi investigar a viabilidade de utilização do NIR e de um protótipo UV-VIS-NIR, utilizado para obtenção de imagens multiespectrais, em associação com os testes fisiológicos tradicionais, para classificar lotes de sementes de crambe quanto ao seu potencial fisiológico. Para classificação física e fisiológica das sementes de crambe, foram utilizados 12 lotes, sendo quatro linhagens e três lotes de cada. As sementes foram avaliadas por meio do teste de raios X e dos testes de germinação e crescimento de plântulas. No primeiro experimento, foram obtidos espectros NIR das amostras de sementes, com total de 12 leituras por lote. Os espectros originais das amostras de sementes foram pré-processados por meio de diferentes técnicas, sendo elas: Standard Normal Variate (SNV); 1ª derivada; 2ª derivada; 1ª e 2ª derivada de Savitzky-Golay (SG), além das combinações entre SNV e 1ª e 2ª derivada. Os lotes foram segmentados em duas classes, com base no potencial fisiológico: igual ou acima de 85% de germinação (maior potencial fisiológico) e abaixo de 85% de germinação (menor potencial fisiológico). Fez-se o uso dos espectros pré- processados para construção do modelo de classificação por meio do método Partial Least Squares – Discriminant Analysis (PLS-DA), sendo que o melhor modelo foi obtido com os espectros pré-processados pela técnica da 1ª derivada de SG. No segundo experimento, utilizando o protótipo UV-VIS-NIR, foram capturadas imagens multiespectrais de oito repetições de 25 sementes para cada um dos 12 lotes avaliados. As imagens foram obtidas nos comprimentos de onda de 395, 460, 520, 585, 620, 740, 850 e 940 nm, totalizando 768 imagens. Posteriormente, foi feito a extração dos valores de pixel da área segmentada de cada semente nas imagens multiespectrais com auxílio do software ImageJ. Os dados obtidos a partir das imagens foram convertidos em reflectância e os espectros originais foram submetidos aos métodos de pré- processamento: Standard Normal Variate (SNV); Multiplicative Scatter Correction (MSC); 2ª derivada; e 1ª derivada de Savitzky-Golay (SG). As sementes de cada lote foram segmentadas em duas classes, assim como no primeiro experimento: igual ou acima de 85% de germinação (maior potencial fisiológico) e abaixo de 85% de germinação (menor potencial fisiológico). Os espectros pré-processados foram utilizados para a construção de modelos de classificação por meio do método Random Forest (RF). Foi possível observar que dos 238 espectros utilizados para validação do modelo de imagens multiespectrais, 195 espectros foram alocados corretamente em suas classes de acordo com seu maior e menor potencial fisiológico. No primeiro experimento, o modelo PLS-DA obtido a partir dos espectros pré-processados por meio da 1ª derivada de SG apresentou 0,96 de acurácia e 0,92 de coeficiente Kappa, para os dados de validação, com quatro regiões (I: 1300 – 1400 nm; II: 1800 – 1900 nm; III: 2000 – 2100 nm, IV: 2250 – 2300 nm) sendo as mais importantes para distinguir as classes de potencial fisiológico das sementes de crambe. Já no segundo experimento, o modelo RF obtido a partir dos espectros pré- processados por meio da técnica MSC apresentou 0,81 de acurácia e 0,62 de coeficiente Kappa, para os dados de validação, sendo os comprimentos de onda: I: 385 nm; II: 740 nm; III: 850 nm; IV: 940 nm, os mais importantes para separação das classes de sementes de crambe com base no seu potencial fisiológico. Conclui-se que a espectroscopia NIR e a análise de imagens multiespectrais são ferramentas promissoras para serem utilizadas para classificação de lotes de sementes de crambe quanto ao potencial fisiológico. Palavras-chave: crambe abyssinica hochst. ex re fr. ; nir. ; quimiometria. ; reflectância. ; qualidade de sementes. ; modelos de classificação. |
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