Análise integrativa de alterações moleculares nos genes da família SMYD de metiltransferase nos tumores sólidos e leucemia

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2024
Autor(a) principal: Santana, Brunna Letícia Oliveira
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Não Informado pela instituição
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Carcinogênese
Expressão gênica
Leucemia
Família SMYD; , Tumores sólidos; Epigenética; Lisina metiltransferase
Link de acesso: http://repositorio.unb.br/handle/10482/51039
Resumo: Tese (doutorado) — Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas, 2024.
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spelling Análise integrativa de alterações moleculares nos genes da família SMYD de metiltransferase nos tumores sólidos e leucemiaCarcinogêneseExpressão gênicaLeucemiaFamília SMYD; , Tumores sólidos; Epigenética; Lisina metiltransferaseTese (doutorado) — Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas, 2024.A família SMYD, que contém os domínios conservados SET e MYND, é composta por cinco membros que possuem função de lisina metiltransferase. Um número crescente de evidências indica o envolvimento dos genes da família SMYD em diferentes tipos de câncer. Aqui, o objetivo foi investigar as alterações genéticas mais comuns da família SMYD entre os tumores sólidos mais frequentes e determinar seu potencial uso como biomarcadores. Foi realizado uma análise integrativa de várias plataformas sobre as mutações mais comuns, alterações no número de cópias (CNA) e expressão de mRNA. Dados de coortes de carcinoma de mama invasivo (BRCA), adenocarcinoma de próstata (PRAD), carcinoma colorretal (CRC), adenocarcinoma de estômago (STAD), adenocarcinoma de pulmão (LUAD), carcinoma de células escamosas de pulmão (LUSC), carcinoma endometrial de corpo uterino (UCEC) e carcinossarcoma uterino (UCS) disponíveis no Atlas do Genoma do Câncer (TCGA) e no cBioPortal foram analisados. Foi descoberto que os genes SMYD têm uma frequência geral de mutação mais baixa entre os tumores examinados. A maioria são mutações missense espalhadas entre seus domínios. Diferentes mutações foram identificadas no SMYD1 (78), SMYD2 (33), SMYD3 (44), SMYD4 (39) e SMYD5 (44). É interessante notar que as mutações em todos os genes SMYD foram encontradas com mais frequência em UCECs. Portanto, nenhuma mutação foi detectada com frequência na mesma coorte e nenhuma mutação específica teve poder de estratificação suficiente para ser usada como biomarcador nos cânceres examinados. Em relação ao CNA, a alteração de ganho de baixo nível foi a mais comum entre os genes, com exceção do SMYD4, que teve a perda heterozigótica como a alteração mais frequente em todos os tumores analisados. Na expressão do mRNA, cada membro da família SMYD teve um padrão de expressão distinto. O SMYD1 se dividiu entre baixa expressão e nível basal, enquanto o SMYD2 e SMYD3 tiveram alterações dependendo do tumor analisado, mas a maioria tendeu ao aumento da expressão; o SMYD4mostrou uma grande tendência à baixa expressão, sugerindo uma ação de supressor tumoral; o SMYD5 se apresentou com alta e baixa expressão, a depender do tumor avaliado. Com relação à análise de sobrevivência, SMYD3 e SMYD4 em STAD, SMYD3 em BRCA, SMYD2 e SMYD4 em LUAD apresentaram diferenças no tempo de vida, dependendo do nível de expressão. Portanto, os resultados mostram que os membros da família SMYD têm funções diferentes dependendo do tumor, e podem agir como oncogene e supressor tumoral, o que torna ainda mais evidente a importância de uma melhor compreensão do envolvimento desses genes durante a carcinogênese e sua utilização como potenciais biomarcadores moleculares.The SMYD family, which contains the conserved SET and MYND domains, comprises five members that have a lysine methyltransferase function. A growing number of evidences indicate the involvement of SMYD family genes in different types of cancer. Here, the aim was to investigate the most common genetic alterations of the SMYD family among the most frequent solid tumors and determine their potential use as biomarkers. A multi-platform integrative analysis was performed on the most common mutations, copy number alterations (CNA) and mRNA expression. Data from cohorts of invasive breast carcinoma (BRCA), prostate adenocarcinoma (PRAD), colorectal carcinoma (CRC), stomach adenocarcinoma (STAD), lung adenocarcinoma (LUAD), lung squamous cell carcinoma (LUSC), uterine corpus endometrial carcinoma (UCEC) and uterine carcinosarcoma (UCS) available on The Cancer Genome Atlas (TCGA) and cBioPortal were analyzed. SMYD genes were found to have a lower overall mutation frequency among the tumors examined. Most are missense mutations scattered between their domains. Different mutations were identified in SMYD1 (78), SMYD2 (33), SMYD3 (44), SMYD4 (39) and SMYD5 (44). It is interesting to note that mutations in all SMYD genes were found more frequently in UCECs. Therefore, no mutation was detected frequently in the same cohort and no specific mutation had sufficient stratification power to be used as a biomarker in the cancers examined. With regard to CNA, the low-level gain alteration was the most common among the genes, with the exception of SMYD4, which had heterozygous loss as the most frequent alteration in all the tumors analyzed. With regard to mRNA expression, each member of the SMYD family had a distinct expression pattern. SMYD1 was divided between downregulated expression and basal level, while SMYD2 and SMYD3 had alterations depending on the tumor analyzed, but most tended to upregulation; SMYD4showed a great tendency to downregulation, suggesting tumor suppressor action; SMYD5 was both upregulated and downregulated, depending on the tumor evaluated. With regard to survival analysis, SMYD3 and SMYD4 in STAD, SMYD3 in BRCA and SMYD2 and SMYD4 in LUAD showed differences in survival time, depending on the level of expression. Therefore, the results show that SMYD family members have different functions depending on the tumor, and can act as oncogene and tumor suppressor, which makes it even more evident the importance of a better understanding of the involvement of these genes during carcinogenesis and their use as potential molecular biomarkers.Faculdade de Medicina (FM)Programa de Pós-Graduação em Ciências MédicasSilva, Fábio PittellaSantana, Brunna Letícia Oliveira2024-12-02T16:33:32Z2024-12-02T16:33:32Z2024-12-022024-05-27info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfSANTANA, Brunna Letícia Oliveira.Análise integrativa de alterações moleculares nos genes da família SMYD de metiltransferase nos tumores sólidos e leucemia. 2024. 120 f., il. Tese (Doutorado em Ciências Médicas) — Universidade de Brasília, Brasília, 2024.http://repositorio.unb.br/handle/10482/51039porinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UnBinstname:Universidade de Brasília (UnB)instacron:UNB2024-12-19T15:19:42Zoai:repositorio.unb.br:10482/51039Repositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.unb.br/oai/requestrepositorio@unb.bropendoar:2024-12-19T15:19:42Repositório Institucional da UnB - Universidade de Brasília (UnB)false
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