Estrutura populacional e diversidade genética de reprodutores de truta-arco-íris (Oncorhynchus mykiss) no Brasil usando marcadores SNPs

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2022
Autor(a) principal: Araújo Júnior, Noeliton Teixeira de
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: eng
Instituição de defesa: Não Informado pela instituição
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Análise de parentesto
Chip de genotipagem
Endogamia
Marcadores moleculares
Link de acesso: http://repositorio.unb.br/handle/10482/46333
Resumo: Dissertação (mestrado) — Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2022.
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spelling Estrutura populacional e diversidade genética de reprodutores de truta-arco-íris (Oncorhynchus mykiss) no Brasil usando marcadores SNPsAnálise de parentestoChip de genotipagemEndogamiaMarcadores molecularesDissertação (mestrado) — Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2022.Este estudo teve como objetivo avaliar a estrutura e diversidade genética dentro e entre planteis comerciais de reprodutores de truta-arco-íris (Oncorhynchus mykiss) em truticulturas nacionais com um painel de marcadores SNP de baixa densidade. A truta-arco-íris é nativa da costa do Oceano Pacífico na América do Norte e da Península Kamchatka da Rússia e foi introduzida no Brasil a partir da década de 1950, tendo a produção concentra nas regiões de altitude elevada e clima frio. Apesar da produção ser regionalizada, ela possui abrangência moderada no mercado nacional. Pesquisas com abordagens genômicas e moleculares têm sido utilizadas para auxiliar na resolução de problemas de sanidade e desenvolver ferramentas que possibilitem a redução de perdas e incremento da produção de truta-arco-íris pelo mundo. No Brasil as pesquisas com truta-arco-íris foram voltadas para aspectos ecológicos e históricos da introdução da espécie no país, viabilidade econômica do sistema produtivo, aspectos reprodutivos, sanitários e manejo. Existem poucas informações sobre a composição e estrutura genética dos plantéis comerciais de reprodutores de trutas do Brasil. Estudos de populações selvagens e linhagens comerciais de truta, com ferramentas genômicas contemporâneas, baseadas em marcadores moleculares SNP (do inglês Single Nucleotide Polymophisms), podem ser observados em outros países, mas não no Brasil. Painéis SNP de baixa densidade reduzem o custo de genotipagem por amostra e podem ser aplicados para análise de parentesco, estimativas de diversidade e até seleção genômica. Utilizamos um painel de 95 marcadores SNPs para analisar a estutura populacional e diversidade genética de sete plantéis comerciais de truta-arcoíris das regiões Sul e Sudeste do Brasil. A média das heterozigosidades observadas e esperadas foram de 0,409 e 0,391, respectivamente. O Fst total foi de 0,177 e os valores Fst pareados considerando todas as linhagens variaram de 0.036 a 0.338. O painel de SNPs apresentou desempenho satisfatório em estimar coeficiente de parentesco e organizar os reprodutores quanto ao nível de parentesco e origem populacional. Os grupos de reprodutores analisados apresentaram baixa taxa de endogamia acumulada (Fis de -0.192 a 0.039), sugerindo que os os métodos de manejo genético dos plantéis têm sido satisfatórios, mantendo a variabilidade genética existente nas importações realizadas. Desse modo, a utilização de um Painel de SNPs é uma estratégia promissora para analisar a diversidade e diferenciação dos planteis comerciais de trutas produzidas no Brasil, bem como para apoiar esforços para o incremento da cadeia produtiva da espécie nas regiões do país com potencial produtivo.This study aimed to evaluate the genetic structure and diversity within and between broodstocks of rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) in domestic trout farms from Brazil with a low-density panel of SNP markers. Rainbow trout is native to the Pacific Ocean coast of North America and the Kamchatka Peninsula of Russia and was introduced in Brazil in the 1950s, with production concentrated in regions of high altitude and cold climate. Although trout production is regionalized, production has moderate coverage of the domestic market. Studies using genomic and molecular approaches have been utilized to help solve disease problems and develop tools to reduce losses and increase the production of rainbow trout around the world. In Brazil, research activities with rainbow trout has focused on ecological and historical aspects of the introduction of the species in the country, economic viability of the production system, reproductive and health aspects, and management. There is little information on the composition and genetic structure of raimbow trout broodstocks in Brazil. Studies of wild populations and commercial trout strains, with contemporary genomic tools based on SNP (Single Nucleotide Polymophisms) molecular markers can be observed in other countries but not in Brazil. Low-density SNP panels reduce the cost of genotyping per sample and can be applied for paternity and kinship analysis, genetic diversity estimation and even genomic selection. We used a panel of 95 SNP markers to evaluate the population structure and genetic diversity of seven rainbow trout broodstocks from the South and Southeast regions of Brazil. Mean observed and expected heterozygosities were 0.409 and 0.391, respectively. The total Fst was 0.177 and the pairwise Fst values considering all strains ranged from 0.036 to 0.338. The panel performed satisfactorily in estimating kinship coefficients and organizing broodstocks according to kinship level and population of origin. The analyzed broodstock groups showed a low rate of accumulated inbreeding (Fis from 0.192 to 0.039), suggesting that the methods of genetic management have been satisfactory, maintaining the existing genetic variability in the original imports. Thus, the use of this SNP panel is a promising strategy to analyze the diversity and differentiation of commercial trout stocks produced in Brazil, as well as to support efforts to increase the production chain of the species in regions of the country with productive potential.Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária (FAV)Programa de Pós-Graduação em Ciências AnimaisCaetano, Alexandre RodriguesIanella, Patrícianoelitonjunior@hotmail.comAraújo Júnior, Noeliton Teixeira de2023-08-16T20:10:15Z2023-08-16T20:10:15Z2023-08-162022-11-01info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfARAÚJO JÚNIOR, Noeliton Teixeira de. Estrutura populacional e diversidade genética de reprodutores de truta-arco-íris (Oncorhynchus mykiss) no Brasil usando marcadores SNPs. 2022. xi, 67 f., il. Dissertação (Mestrado em Ciências Animais) — Universidade de Brasília, Brasília, 2022.http://repositorio.unb.br/handle/10482/46333enginfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UnBinstname:Universidade de Brasília (UnB)instacron:UNB2025-02-27T16:53:51Zoai:repositorio.unb.br:10482/46333Repositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.unb.br/oai/requestrepositorio@unb.bropendoar:2025-02-27T16:53:51Repositório Institucional da UnB - Universidade de Brasília (UnB)false
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