Alagoas vesiculovírus : validação da reação em cadeia da polimerase (RT-qPCR) e análise filogenética

• Ano de defesa: 2017
• Autor(a) principal: Oliveira, Anapolino Macedo de
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Palavras-chave em Português: Filogenia; Sequenciamento; Alagoas vesiculovirus
• Link de acesso: http://repositorio.unb.br/handle/10482/51487

A Estomatite Vesicular é uma enfermidade infecciosa de origem viral, que acomete animais domésticos ungulados e biungulados, principalmente bovinos, equinos, suínos, e classificada como uma zoonose. A enfermidade é caracterizada pelo desenvolvimento de lesões vesiculares na língua, boca, gengiva, lábios, região coronária dos cascos e tetas (Rodrigues et al. 2007). O vírus pertence à família Rhabdoviridae, ordem Mononegavirales, gênero Vesiculovirus. Quatro espécies do gênero Vesiculovirus são responsáveis pelos surtos de estomatite: New Jersey, Indiana, Cocal e Alagoas vesiculovirus. Estes vírus eram anteriormente classificados em dois sorotipos: New Jersey e Indiana, sendo que o Indiana incluía os subtipos 1, 2 (Cocal) e 3 (Alagoas). O objetivo do presente estudo foi desenvolver e realizar ensaios de validação de uma RT-qPCR(s) para a detecção do RNA do Alagoas vesiculovirus, considerando os parâmetros de sensibilidade e especificidade analítica, desempenho analítico (critérios de repetitividade, reprodutibilidade) e incerteza da medição. Os parâmetros da validação mostraram coeficientes de variação (CV) baixos e equivalentes aos encontrados em outros trabalhos de validação, indicando que os ensaios apresentaram excelente repetitividade para cada analista, e reprodutibilidade avaliada entre os analistas e equipamentos. Além disso, o estudo teve como objetivo realizar o sequenciamento de amostras de Alagoas vesiculovIrus, recebidas para diagnóstico e pertencente ao banco de cepas dos Laboratórios Nacionais Agropecuários. As árvores filogenéticas geradas mostraram que os vírus foram agrupados em três grupos: o grupo “A” formado pelo isolado do Alagoas vesiculovirus isolado por Andrade e colaboradores em 1964; o grupo “B” por isolados de estados da região nordeste e o grupo “C” por isolados do estado da Bahia, Goiás e Tocantins.