Predição e caracterização de epítopos de proteínas hipotéticas e funcionais de leishmania spp. aplicados no diagnóstico sorológico das leishmanioses tegumentar e visceral

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2019
Autor(a) principal: Ambrosio, Roberta Passamani
Orientador(a): Ávila, Ricardo Andrez Machado de
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Tese
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Não Informado pela instituição
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Leishmaniose – Diagnóstico
Bioinformática
Predição de epítopo
Sorodiagnóstico
Link de acesso: http://repositorio.unesc.net/handle/1/6825
Resumo: Tese de Doutorado apresentada ao Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde da Universidade do Extremo Sul Catarinense para obtenção do título de doutor em Ciências da Saúde.
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spelling Ambrosio, Roberta PassamaniÁvila, Ricardo Andrez Machado deUniversidade do Extremo Sul Catarinense2019-05-06T19:54:26Z2019-05-06T19:54:26Z2019http://repositorio.unesc.net/handle/1/6825Tese de Doutorado apresentada ao Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde da Universidade do Extremo Sul Catarinense para obtenção do título de doutor em Ciências da Saúde.As leishmanioses são um espectro de doenças, causadas por protozoários do gênero Leishmania, que se apresentam nas formas de Leishmaniose Tegumentar cutânea, muco-cutânea ou disseminada; e Leishmaniose Visceral dependendo da espécie do parasita. São um problema de saúde pública em 102 países do mundo, incluindo o Brasil. O controle epidemiológico da doença se faz necessário e o diagnóstico eficaz é uma das medidas profiláticas. No entanto os diagnósticos existentes apresentam limitações, principalmente no que diz respeito a reatividade cruzada com proteínas de outros parasitas. Assim, buscando novos antígenos que diminuam as reações cruzadas no sorodiagnóstico das Leishmanioses, este trabalho teve como objetivo predizer epítopos de linfócitos B e padronizar metodologia de análise in silico com a combinação de programas de bioinformática disponíveis na web. Para isto, foram analisadas 12 proteínas de Leishmania utilizando o programa Blast-p para avaliar a similaridade com outras proteínas presentes no gênero Leishmania e nt5o gênero Trypanosoma. Os dados foram exemplificados em duas destas proteínas: Proteína Hipotética de Leishmania infantum JPCM5 (XP_001468941.1) com similaridade entre 94% e 98% com proteínas de Leishmania e entre 71% e 74% com proteínas de Trypanosoma; Proteína Hipotética de Leishmania braziliensis MHOM/BR/75/M2904 (XP_001568689.1) a similaridade foi entre 92% e 99% com proteínas de Leishmania e entre 43% a 53% com proteínas de Trypanosoma. Os epítopos lineares preditos pelo programa ABCpred foram 8 para proteína hipotética de L. infantum com confiabilidade entre 95% a 86%; e 3 para proteína hipotética de L. braziliensis, com confiabilidade de 85%, 88% e 90%. Através do programa IEDB foram obtidos os aminoácidos acessíveis de cada sequência proteica e realizado a alinhamento com programa Clustal Ômega. A sobreposição dos resultados revelou os aminoácidos ideais para produção de epítopos conformacionais. Das 12 proteínas analisadas duas foram testadas, os epítopos sugeridos foram sintetizados e utilizados como antígeno de cobertura em teste ELISA. Para o peptídeo sintético de L. infantum foram testadas as reatividades de soros de cães positivos sintomáticos e positivos assintomáticos para Leishmaniose Visceral, negativos de área endêmica e negativos de área não endêmica, vacinados e portadores de outras doenças como doença de Chagas, Erlichiose e Babesiose. A curva ROC mostra sensibilidade muito próxima a 100% quando foi utilizado peptídeo sintético e de 97% para o antígeno total solúvel de L. infantum; com acurácia de 99% e 85% respectivamente. O peptídeo sintético de L. braziliensis foi testado frente a soros humanos de pacientes portadores da Leishmaniose Tegumentar cutânea e mucocutânea, pacientes negativos para leishmaniose e portadores de doença de Chagas. O teste ELISA com peptídeo sintético de L. braziliensis apresentou 100% de sensibilidade e de especificidade, com AUC de 100%. Utilizando o antígeno solúvel de L. braziliensis a sensibilidade do teste foi de 97% e a especificidade diminuiu para 66%, apresentando acurácia de 83%. Portanto, os resultados com os peptídeos sintetizados melhoram a acurácia do teste ELISA diminuindo as reações cruzadas, demsntrando que os procedimentos de bioinformática sugeridos neste trabalho são ferramentas eficazes na construção de epítopos que mimetizam um epítopo conformacional.Leishmaniose – DiagnósticoBioinformáticaPredição de epítopoSorodiagnósticoPredição e caracterização de epítopos de proteínas hipotéticas e funcionais de leishmania spp. aplicados no diagnóstico sorológico das leishmanioses tegumentar e visceralinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisporreponame:Repositório Institucional da UNESCinstname:UNESCinstacron:UNESCinfo:eu-repo/semantics/openAccessLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81748http://repositorio.unesc.net/bitstream/1/6825/2/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD52ORIGINALRoberta Passamani Ambrosio.pdfRoberta Passamani Ambrosio.pdfapplication/pdf3612008http://repositorio.unesc.net/bitstream/1/6825/3/Roberta%20Passamani%20Ambrosio.pdf8f03d1a126d547c8ea9c70a50a883942MD531/6825oai:repositorio.unesc.net:1/68252019-05-06 16:55:07.424UNESCdspace@unesc.netTk9URTogUExBQ0UgWU9VUiBPV04gTElDRU5TRSBIRVJFClRoaXMgc2FtcGxlIGxpY2Vuc2UgaXMgcHJvdmlkZWQgZm9yIGluZm9ybWF0aW9uYWwgcHVycG9zZXMgb25seS4KCk5PTi1FWENMVVNJVkUgRElTVFJJQlVUSU9OIExJQ0VOU0UKCkJ5IHNpZ25pbmcgYW5kIHN1Ym1pdHRpbmcgdGhpcyBsaWNlbnNlLCB5b3UgKHRoZSBhdXRob3Iocykgb3IgY29weXJpZ2h0Cm93bmVyKSBncmFudHMgdG8gRFNwYWNlIFVuaXZlcnNpdHkgKERTVSkgdGhlIG5vbi1leGNsdXNpdmUgcmlnaHQgdG8gcmVwcm9kdWNlLAp0cmFuc2xhdGUgKGFzIGRlZmluZWQgYmVsb3cpLCBhbmQvb3IgZGlzdHJpYnV0ZSB5b3VyIHN1Ym1pc3Npb24gKGluY2x1ZGluZwp0aGUgYWJzdHJhY3QpIHdvcmxkd2lkZSBpbiBwcmludCBhbmQgZWxlY3Ryb25pYyBmb3JtYXQgYW5kIGluIGFueSBtZWRpdW0sCmluY2x1ZGluZyBidXQgbm90IGxpbWl0ZWQgdG8gYXVkaW8gb3IgdmlkZW8uCgpZb3UgYWdyZWUgdGhhdCBEU1UgbWF5LCB3aXRob3V0IGNoYW5naW5nIHRoZSBjb250ZW50LCB0cmFuc2xhdGUgdGhlCnN1Ym1pc3Npb24gdG8gYW55IG1lZGl1bSBvciBmb3JtYXQgZm9yIHRoZSBwdXJwb3NlIG9mIHByZXNlcnZhdGlvbi4KCllvdSBhbHNvIGFncmVlIHRoYXQgRFNVIG1heSBrZWVwIG1vcmUgdGhhbiBvbmUgY29weSBvZiB0aGlzIHN1Ym1pc3Npb24gZm9yCnB1cnBvc2VzIG9mIHNlY3VyaXR5LCBiYWNrLXVwIGFuZCBwcmVzZXJ2YXRpb24uCgpZb3UgcmVwcmVzZW50IHRoYXQgdGhlIHN1Ym1pc3Npb24gaXMgeW91ciBvcmlnaW5hbCB3b3JrLCBhbmQgdGhhdCB5b3UgaGF2ZQp0aGUgcmlnaHQgdG8gZ3JhbnQgdGhlIHJpZ2h0cyBjb250YWluZWQgaW4gdGhpcyBsaWNlbnNlLiBZb3UgYWxzbyByZXByZXNlbnQKdGhhdCB5b3VyIHN1Ym1pc3Npb24gZG9lcyBub3QsIHRvIHRoZSBiZXN0IG9mIHlvdXIga25vd2xlZGdlLCBpbmZyaW5nZSB1cG9uCmFueW9uZSdzIGNvcHlyaWdodC4KCklmIHRoZSBzdWJtaXNzaW9uIGNvbnRhaW5zIG1hdGVyaWFsIGZvciB3aGljaCB5b3UgZG8gbm90IGhvbGQgY29weXJpZ2h0LAp5b3UgcmVwcmVzZW50IHRoYXQgeW91IGhhdmUgb2J0YWluZWQgdGhlIHVucmVzdHJpY3RlZCBwZXJtaXNzaW9uIG9mIHRoZQpjb3B5cmlnaHQgb3duZXIgdG8gZ3JhbnQgRFNVIHRoZSByaWdodHMgcmVxdWlyZWQgYnkgdGhpcyBsaWNlbnNlLCBhbmQgdGhhdApzdWNoIHRoaXJkLXBhcnR5IG93bmVkIG1hdGVyaWFsIGlzIGNsZWFybHkgaWRlbnRpZmllZCBhbmQgYWNrbm93bGVkZ2VkCndpdGhpbiB0aGUgdGV4dCBvciBjb250ZW50IG9mIHRoZSBzdWJtaXNzaW9uLgoKSUYgVEhFIFNVQk1JU1NJT04gSVMgQkFTRUQgVVBPTiBXT1JLIFRIQVQgSEFTIEJFRU4gU1BPTlNPUkVEIE9SIFNVUFBPUlRFRApCWSBBTiBBR0VOQ1kgT1IgT1JHQU5JWkFUSU9OIE9USEVSIFRIQU4gRFNVLCBZT1UgUkVQUkVTRU5UIFRIQVQgWU9VIEhBVkUKRlVMRklMTEVEIEFOWSBSSUdIVCBPRiBSRVZJRVcgT1IgT1RIRVIgT0JMSUdBVElPTlMgUkVRVUlSRUQgQlkgU1VDSApDT05UUkFDVCBPUiBBR1JFRU1FTlQuCgpEU1Ugd2lsbCBjbGVhcmx5IGlkZW50aWZ5IHlvdXIgbmFtZShzKSBhcyB0aGUgYXV0aG9yKHMpIG9yIG93bmVyKHMpIG9mIHRoZQpzdWJtaXNzaW9uLCBhbmQgd2lsbCBub3QgbWFrZSBhbnkgYWx0ZXJhdGlvbiwgb3RoZXIgdGhhbiBhcyBhbGxvd2VkIGJ5IHRoaXMKbGljZW5zZSwgdG8geW91ciBzdWJtaXNzaW9uLgo=
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