Predição de regiões de interface proteina-proteina baseada em informações estruturais

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2009
Autor(a) principal: Higa, Roberto Hiroshi
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Tese
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: [s.n.]
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Proteínas
Previsão
Reconhecimento de padrões
Protein
Prediction
Pattern recognition
Link de acesso: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1610060
Resumo: Orientador: Clesio Luiz Tozzi
id UNICAMP-30_2e7d2a54767e98b6f4c2418911dd2a34
oai_identifier_str oai::466416
network_acronym_str UNICAMP-30
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
repository_id_str
spelling Predição de regiões de interface proteina-proteina baseada em informações estruturaisPrediction of protein-protein interface region based on structural informationProteínasPrevisãoReconhecimento de padrõesProteinPredictionPattern recognitionOrientador: Clesio Luiz TozziTese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia EletricaResumo: Este trabalho aborda o problema de predição de regiões de interface proteína-proteína, baseado em medidas de propriedades físico-químicas e estruturais. A abordagem considera os aminoácidos da superfície da proteína como as unidades básicas para classificação, o que elimina a restrição de uso de patches, considerada por preditores do mesmo tipo. Este preditor é complementado por um segundo preditor, que identifica, dentre os aminoácidos da interface, os mais relevantes do ponto de vista de energia de ligação proteína-proteína, conhecidos como hot spots. A abordagem apresentada permite a utilização dos classificadores de forma independente na predição dos aminoácidos de interface e dos hot spots. Diferente de outras abordagens encontradas na literatura para predição de hot spots, a abordagem empregada não depende do conhecimento da estrutura do complexo protéico e permite que a predição de hot spots seja realizada em complemento à predição dos aminoácidos da interface. O desempenho alcançado pelo preditor na identificação de hot spots é superior ao obtido por outros preditores descritos na literatura e que utilizam o mesmo conjunto de dados e critério de avaliação de desempenho.Abstract: This work approaches the problem of protein-proteins interface region prediction based on measures of physical-chemical and structural properties. The approach considers the amino acids of the protein surface as the basic units for classification, such that the restriction of use of patches, considered by similar predictors, is eliminated. This predictor is complemented by a second one, which identifies, among the interface amino acids, those which are most relevant from the standpoint of protein-protein binding energy. The classifiers can be used independently, for predicting interface amino acids and hot spots. Unlike other approaches for prediction of hot spots, described in the literature, the proposed approach does not depend on the knowledge of the protein structure in complex. This allows predicting hot spots in complement to the prediction of the interface amino acids. Concerning the identification of hot spots, the proposed predictor outperformed those, described in the literature, which use the same data set and criterion for performance evaluation.DoutoradoEngenharia de ComputaçãoDoutor em Engenharia Elétrica[s.n.]Tozzi, Clésio Luis, 1948-Castanho, Jose Eduardo CogoKuser-Falcão, Paula ReginaAndrade Netto, Marcio Luiz deVon Zuben, Fernando JoséUniversidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Faculdade de Engenharia ElétricaPrograma de Pós-Graduação em Engenharia ElétricaUNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINASHiga, Roberto Hiroshi2009info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdf134 p. : il.https://hdl.handle.net/20.500.12733/1610060HIGA, Roberto Hiroshi. Predição de regiões de interface proteina-proteina baseada em informações estruturais. 2009. 134 p. Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Eletrica, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1610060. Acesso em: 27 fev. 2025.https://repositorio.unicamp.br/acervo/detalhe/466416porreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instname:Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instacron:UNICAMPinfo:eu-repo/semantics/openAccess2017-02-18T05:37:20Zoai::466416Biblioteca Digital de Teses e DissertaçõesPUBhttp://repositorio.unicamp.br/oai/tese/oai.aspsbubd@unicamp.bropendoar:2017-02-18T05:37:20Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)false
dc.title.none.fl_str_mv Predição de regiões de interface proteina-proteina baseada em informações estruturais
Prediction of protein-protein interface region based on structural information
title Predição de regiões de interface proteina-proteina baseada em informações estruturais
spellingShingle Predição de regiões de interface proteina-proteina baseada em informações estruturais
Higa, Roberto Hiroshi
Proteínas
Previsão
Reconhecimento de padrões
Protein
Prediction
Pattern recognition
title_short Predição de regiões de interface proteina-proteina baseada em informações estruturais
title_full Predição de regiões de interface proteina-proteina baseada em informações estruturais
title_fullStr Predição de regiões de interface proteina-proteina baseada em informações estruturais
title_full_unstemmed Predição de regiões de interface proteina-proteina baseada em informações estruturais
title_sort Predição de regiões de interface proteina-proteina baseada em informações estruturais
author Higa, Roberto Hiroshi
author_facet Higa, Roberto Hiroshi
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Tozzi, Clésio Luis, 1948-
Castanho, Jose Eduardo Cogo
Kuser-Falcão, Paula Regina
Andrade Netto, Marcio Luiz de
Von Zuben, Fernando José
Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Faculdade de Engenharia Elétrica
Programa de Pós-Graduação em Engenharia Elétrica
UNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINAS
dc.contributor.author.fl_str_mv Higa, Roberto Hiroshi
dc.subject.por.fl_str_mv Proteínas
Previsão
Reconhecimento de padrões
Protein
Prediction
Pattern recognition
topic Proteínas
Previsão
Reconhecimento de padrões
Protein
Prediction
Pattern recognition
description Orientador: Clesio Luiz Tozzi
publishDate 2009
dc.date.none.fl_str_mv 2009
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://hdl.handle.net/20.500.12733/1610060
HIGA, Roberto Hiroshi. Predição de regiões de interface proteina-proteina baseada em informações estruturais. 2009. 134 p. Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Eletrica, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1610060. Acesso em: 27 fev. 2025.
url https://hdl.handle.net/20.500.12733/1610060
identifier_str_mv HIGA, Roberto Hiroshi. Predição de regiões de interface proteina-proteina baseada em informações estruturais. 2009. 134 p. Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Eletrica, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1610060. Acesso em: 27 fev. 2025.
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv https://repositorio.unicamp.br/acervo/detalhe/466416
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
134 p. : il.
dc.publisher.none.fl_str_mv [s.n.]
publisher.none.fl_str_mv [s.n.]
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
instname:Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
instacron:UNICAMP
instname_str Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
instacron_str UNICAMP
institution UNICAMP
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
repository.mail.fl_str_mv sbubd@unicamp.br
_version_ 1829137483993972736

Registros relacionados