Alinhamento múltiplo progressivo de sequências de proteínas

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2010
Autor(a) principal: Souza, Maria Angélica Lopes de
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: [s.n.]
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Bioinformática
Alinhamento progressivo
Alinhamento múltiplo de sequências
Bio-informatics
Progressive alignment
Multiple sequence alignments
Link de acesso: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1613413
Resumo: Orientador: Zanoni Dias
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Desta forma, diversas abordagens têm sido desenvolvidas no intuito de encontrar uma solução heurística que represente da melhor maneira possível o cenário dc evolução real, dentre elas está a abordagem progressiva. O alinhamento progressivo c uma das maneiras mais simples dc se realizar o alinhamento múltiplo, pois utiliza pouco tempo c memória computacional. Ele c realizado cm três etapas principais: determinar a distância entre as sequências que serão alinhadas, construir uma árvore guia a partir das distâncias c finalmente construir o alinhamento múltiplo. Este trabalho foi desenvolvido a partir do estudo de diferentes métodos para realizar cada etapa dc um alinhamento progressivo. Foram construídos 342 alinhadores resultantes da combinação dos métodos estudados. Os parâmetros dc entrada adequados para a maioria dos alinhadores foram determinados por estudos empíricos. Após a definição dos parâmetros adequados para cada tipo dc ahnhador, foram realizados testes com dois subconjuntos de referencia do BAliBASE. Com esses testes observamos que os melhores alinhadores foram aqueles que utilizam o agrupamento dc perfil para gerar o alinhamento múltiplo, com destaque paTa os que utilizam pontuação afim para penalizar buracos. Observamos também, que dentre os alinhadores dc agrupamento por consenso, os que utilizam função logarítmica, para penalizar buracos demonstraram melhores desempenhosAbstract: The multiple sequence alignment is a relevant task in Bioinf'ormatics. Using this technique is possible to study evolutionary events and also structural or functional restrictions of protein, DNA, or RNA sequences. This study helps the understanding of the structure, function, and evolution of the genes that make up an organism. The multiple sequence alignment tries to achieve the best representation of a sequence evolution scenario, considering different mutation events occurrence. Finding an optimal multiple sequence alignment is a NP-Hard problem. Thus, several approaches have been developed in order to find an heuristic solution that represents the real evolution cenário, such as the progressive approach. The progressive alignment is a simple way to perform the multiple alignment, because its low memcny usage and computational time. It is performed in three main stages: (i) determining the distance between the sequences to be aligned, (ii) constructing a guide tree from the distances and finally (hi) building the multiple alignment guided by the tree. This work studied different methods for performing each step of progressive alignment and 342 aligners were built combining these methods. The input parameters suitable for most aligners were determined by empirical studies. After the parameters definition for each type of aligner, which where tested against two reference subsets of BAliBASE. The test results showed that the best aligners were those using the profile alignment to generate the multiple alignment, especially those using affine gap penalty function. In addition, this work shows that among the aligners of grouping by consensus, those that use the logarithmic gap penalty function presented better performanceMestradoBioinformáticaMestre em Ciência da Computação[s.n.]Dias, Zanoni, 1975-Almeida Júnior, Nalvo Franco deTelles, Guilherme PimentelUniversidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de ComputaçãoPrograma de Pós-Graduação em Ciência da ComputaçãoUNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINASSouza, Maria Angélica Lopes de2010info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdf132 p. : il.https://hdl.handle.net/20.500.12733/1613413SOUZA, Maria Angélica Lopes de. Alinhamento múltiplo progressivo de sequências de proteínas. 2010. 132 p. Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Computação, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1613413. Acesso em: 27 fev. 2025.https://repositorio.unicamp.br/acervo/detalhe/778122porreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instname:Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instacron:UNICAMPinfo:eu-repo/semantics/openAccess2017-02-18T06:02:37Zoai::778122Biblioteca Digital de Teses e DissertaçõesPUBhttp://repositorio.unicamp.br/oai/tese/oai.aspsbubd@unicamp.bropendoar:2017-02-18T06:02:37Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)false
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