Dinâmica evolutiva de elementos de transposição nas espécies irmãs Rhodnius robustus e R. prolixus

• Ano de defesa: 2019
• Autor(a) principal: Castro, Marcelo Roman Jurado [UNESP]
• Orientador(a): Carareto, Claudia Marcia Aparecida [UNESP]
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Estadual Paulista (Unesp)
• Palavras-chave em Português: Elementos de transposição; Explosões de transposição; Elementos Mariner; Especiação; Rhodnius robustus; Rhodnius prolixus
• Palavras-chave em Inglês: Transposable elements; Burst of transposition; Mariner elements; Speciation
• Link de acesso: http://hdl.handle.net/11449/181347

Os elementos de transposição (TEs) são sequências repetitivas amplamente distribuídas nos genomas que representam importantes fontes geradoras de variabilidade genética. As características genômicas derivadas de sua capacidade de transposição e de aumento do número de cópias são específicas para cada linhagem. Um fenômeno derivado dessa habilidade é o incremento repentino do número de cópias, denominado explosões de transposição, descrito em várias espécies para diversas famílias de TEs, dentre elas, a família Mariner (Transposon de DNA, Classe II) em Rhodnius prolixus. Foi sugerido que explosões de transposição da família Mariner contribuíram para o processo de especiação de R. prolixus. Esta peculiaridade motivou o estudo da composição do mobiloma em R. robustus, espécie irmã de R. prolixus, juntamente a reanotação dos TEs de R. prolixus, para comparação do mobiloma das duas espécies. Para isso, foram realizados sequenciamentos NGS (Next Generation Sequencing) dos genomas de dois tipos genéticos de R. robustus (II e III), montagem e anotação dos TEs utilizando a ferramenta dnaPipeTE. Da mesma forma, foram anotados os TEs de R. prolixus a partir das reads brutas do seu genoma montado. Os resultados mostraram alta semelhança na frequência de TEs nos três genomas (R. prolixus: 19%, R. robustus II: 23,5%, R. robustus III: 21,5%), constituídos principalmente de TEs de Classe II (~13,5%) da superfamília Tc1-Mariner (~5,6%) e de da Ordem LINE, da Classe I (~5,1%). A comparação dos três mobilomas revelou três características importantes para se entender a dinâmica evolutiva destes TEs: (i) compartilhamento de famílias que ocorrem tanto em alta como em baixa proporção entre genomas; (ii) compartilhamento de famílias que ocorrem em proporções dissimilares entre genomas, alta em um e baixa no outro, e (iii) não compartilhamento de determinadas famílias entre genomas. Identificou-se ainda sinais de explosões de transposição recentes da família Mariner em R. robustus II e III, indicando que esse fenômeno não foi exclusivo de R. prolixus, estando, portanto, não associado diretamente à especiação das duas espécies irmãs.