Caracterização e análises citogenômicas de satelitomas de Serrasalmideos (Teleostei, Characiformes)

• Ano de defesa: 2021
• Autor(a) principal: Rodrigues, Pedro Henrique De Mira [UNESP]
• Orientador(a): Utsunomia, Ricardo, Foresti, Fabio Porto [UNESP]
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Estadual Paulista (Unesp)
• Palavras-chave em Português: Genômica; DNA Satélite; Satelitoma; Citogenômica
• Palavras-chave em Inglês: Satellitome; Cytogenomics
• Link de acesso: http://hdl.handle.net/11449/210981

Os DNAs satélites (satDNAs) constituem arranjos de sequências repetidas in tandem, variando de dezenas até milhares de repetições, que constituem a maior parte da heterocromatina, sendo geralmente encontrados nas regiões pericentroméricas e subteloméricas. Do ponto de vista citogenético, essas sequências são consideradas importantes marcadores cromossômicos, apresentando alta dinâmica evolutiva, tanto por sua característica saltatória nos genomas, quanto pela rápida diversificação de nucleotídeos, resultando na ampla existência de satDNAs espécie-específicos. Os Serrassalmídeos constituem uma família dentro de Characiformes e são conhecidos popularmente como peixes redondos. Animais desse grupo possuem grande importância econômica, pois fazem parte do segundo grupo mais produzido nas pisciculturas. Entretanto, os dados citogenéticos e genômicos desse grupo são escassos e apenas os números diplóides e a distribuição dos genes ribossômicos são conhecidos. O desenvolvimento de plataformas de Sequenciamento de Próxima Geração (NGS) junto de ferramentas bioinformáticas possibilitaram um estudo muito mais simples e eficiente sobre DNAs satélites. Com isso, o objetivo do estudo foi utilizar-se dessas ferramentas para investigar a compreender a evolução dessas sequências repetitivas dentro do genoma de indivíduos da família dos Serrasalmideos, a partir da caracterização e análise do satelitomas de diferentes espécies do grupo. Para isso, foi utilizado a pipeline Satminer juntamente com as ferramentas RepeatExplorer e TAREAN para a montagem dos satelitomas, seguidas de análises para identificar a diferenciação genética, dinâmica e evolução dessas sequências entre indivíduos do grupo, além de testar novos métodos de identificação de DNAs satélites. Os nossos resultados mostraram um alto nível de compartilhamento entre todas as espécies, seguindo os padrões propostos pela “hipótese library” além de apontar um déficit de informação gerado pelos métodos clássicos de caracterização de DNAS satélites