Análise da dispersão temporal e epidemiológica das variantes do SARS-CoV-2 no período de pré-vacinação em massa na cidade de Botucatu-SP

• Ano de defesa: 2022
• Autor(a) principal: Costa, Felipe Allan da Silva da [UNESP]
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Estadual Paulista (Unesp)
• Palavras-chave em Português: SARS-CoV-2; Variantes do SARS-CoV-2; Epidemiologia Molecular; Molecular Epidemiology
• Link de acesso: http://hdl.handle.net/11449/237108

Após a circulação das Variantes de Preocupação (VOC) do SARS-CoV-2, Alpha, Beta, Gamma, Delta e a atual predominante Ômicron, e a ampla cobertura vacinal, houve uma drástica redução nos números de óbitos por Covid-19. Em maio de 2021, o município de Botucatu-SP foi palco de uma pesquisa que avaliou a efetividade da Vacina COVID-19 Recombinante/Fiocruz® contra variantes do SARS-CoV-2, possibilitando a imunização de mais de 60 mil pessoas em um único dia. Objetivos: O objetivo central do presente estudo foi avaliar a dispersão temporal e epidemiológica das variantes do SARS-CoV-2 antes da vacinação massiva que ocorreu em Botucatu, além de relacioná-las às características clínicas da doença. Metodologia: Foram selecionadas aleatoriamente 400 amostras positivas para SARS-CoV-2, referentes as 4 Semanas Epidemiológicas (SE 16, 17, 18 e 19 de 2021) que antecederam o dia da vacinação. O Sequenciamento de Nova Geração foi utilizado para produzir as sequências e determinar as variantes. Resultados: Foram geradas 371 sequências de alta qualidade. Dessas sequências, 98,4% eram da VOC Gamma, enquanto 1,3% eram da VOC Alpha e 0,3% eram da Variante de Interesse Zeta. Durante as 4 SE as linhagens de Gamma P.1 e P.1.14 foram as mais frequentes. A linhagem P.1 foi mais frequente tanto em homens quanto em mulheres e nas pessoas mais jovens e nos adultos (0-59 anos). Não houve correlação entre as variantes e a presença de comorbidades, tampouco entre elas e os quadros clínicos moderados e graves da Covid-19 ou óbito. Entretanto, P.1 foi mais frequente do que P.1.14 em pessoas que apresentaram algum sintoma da Covid-19. Não houve diferença entre os valores de PCR em tempo real (CT) para essas linhagens. Nas análises filogenéticas, foi possível observar um pequeno agrupamento de 9 amostras de P.1.14 contendo as mutações em ORF1a: M584V e A3620V, até então, não encontradas em nenhuma sequência dessa sublinhagem. Conclusão: A alta predominância de P.1 e P.1.14 em um cenário pré-vacinação em massa pode nos fornecer insights sobre a evolução e a epidemiologia molecular do SARS CoV-2 e suas VOCs. Dessa forma ressaltamos a importância da vigilância genômica do SARS-CoV-2, que pode ajudar a subsidiar as tomadas de decisões dos setores públicos e manejo da Covid-19.