Construção de biblioteca metagenômica para prospecção de genes envolvidos na biossíntese de antibióticos

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2007
Autor(a) principal: Schuch, Viviane [UNESP]
Orientador(a): Lemos, Eliana Gertrudes Macedo [UNESP]
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Universidade Estadual Paulista (Unesp)
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Genomas
Antibióticos
Compostos bioativos
Policetídeos
Metagenomas
Biblioteca metagenômica
Palavras-chave em Inglês:
Metagenome
Antibiotic
Metagenomic library
Secondary metabolites
Polyketides
Link de acesso: http://hdl.handle.net/11449/94940
Resumo: Metabólitos secundários são compostos bioativos, com grande importância para a indústria farmacêutica e agropecuária, produzidos por certos grupos de microrganismos e plantas. Os policetídeos, que são sintetizados por complexos enzimáticos denominados policetídeos sintases (PKSs), desatacam-se entre os metabólitos secundários conhecidos e compõe a estrutura química básica de vários antibióticos. Todos os genes envolvidos na biossíntese de um policetídeo se encontram agrupados fisicamente no cromossomo, e contém genes que são altamente conservados, comumente chamados d~ pks mínima. Os métodos tradicionais para pesquisa de novas drogas, que envolvem o cultivo de microrganismos isolados do solo, não são mais tão promissores, devido à alta taxa de redescoberta de antibióticos já conhecidos, que chega a 99,9%, e à pequena parcela de microrganismos do solo que são cultiváveis pelas técnicas padrões de cultivo, cerca de 1 %. A Metagenômica é uma abordagem promissora que permite acessar o genoma desses organismos incultiváveis, pois consiste na extração de DNA diretamente do ambiente e construção de uma biblioteca com este genoma misto. Neste trabalho descrevemos a construção de uma biblioteca feita com DNA de alto peso molecular isolado diretamente de solo coletado sob arboreto de eucaliptos no Estado de São Paulo, Brasil. A biblioteca possui 9.320 clones e foi construída em vetor cosmídeo, com insertos de tamanho variando entre 30 e 45kb...
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spelling Schuch, Viviane [UNESP]Universidade Estadual Paulista (Unesp)Alves, Lúcia Maria CararetoRodrigues, VanderleiLemos, Eliana Gertrudes Macedo [UNESP]2014-06-11T19:27:23Z2014-06-11T19:27:23Z2007-02-28SCHUCH, Viviane. Construção de biblioteca metagenômica para prospecção de genes envolvidos na biossíntese de antibióticos. 2007. iv, 58 f. Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual Paulista, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, 2007.http://hdl.handle.net/11449/94940000493798schuch_v_me_jabo.pdf33004102070P6Metabólitos secundários são compostos bioativos, com grande importância para a indústria farmacêutica e agropecuária, produzidos por certos grupos de microrganismos e plantas. Os policetídeos, que são sintetizados por complexos enzimáticos denominados policetídeos sintases (PKSs), desatacam-se entre os metabólitos secundários conhecidos e compõe a estrutura química básica de vários antibióticos. Todos os genes envolvidos na biossíntese de um policetídeo se encontram agrupados fisicamente no cromossomo, e contém genes que são altamente conservados, comumente chamados d~ pks mínima. Os métodos tradicionais para pesquisa de novas drogas, que envolvem o cultivo de microrganismos isolados do solo, não são mais tão promissores, devido à alta taxa de redescoberta de antibióticos já conhecidos, que chega a 99,9%, e à pequena parcela de microrganismos do solo que são cultiváveis pelas técnicas padrões de cultivo, cerca de 1 %. A Metagenômica é uma abordagem promissora que permite acessar o genoma desses organismos incultiváveis, pois consiste na extração de DNA diretamente do ambiente e construção de uma biblioteca com este genoma misto. Neste trabalho descrevemos a construção de uma biblioteca feita com DNA de alto peso molecular isolado diretamente de solo coletado sob arboreto de eucaliptos no Estado de São Paulo, Brasil. A biblioteca possui 9.320 clones e foi construída em vetor cosmídeo, com insertos de tamanho variando entre 30 e 45kb...Secondary metabolites are bioactive compounds with great importance in the pharmaceutical and agriculture industries, procuced by a few groups of microrganisms and plants. The polyketides that are synthetized by enzimatic complexes, denominated polyketides synthases, outstand among the secondary known metabolites, which are part of the main structure of many antibiotics. Ali genes involved in the biosynthesis of antibiotics are found as clusters in the chromossome. The traditional methods for the research of new drugs that are made from microrganisms cultures isolated from the soil are not so promissing, due to the high rate of rediscorevy of already known species, reaching 99.9%. The other small piece of microrganisms are culturable by standards culture methods, reaching 1 % maximum. Metagenomics is a promissing approach that allows the access to genom of these organisms that are not culturable, as it is carried out by DNA extraction directly from the environment and construction of a mixed genomic library. In this work, we describe the construction of a library made from high molecular weight DNA isolated directly form the soi! undemeath a pinus forest in the State of São Paulo, Brazil. The library shows 9.320 dones and it was constructed in a cosmideo vector, with insert size ranging from 30 to 45 kb. Digestion with difterent restriction enzymes of cosmidial DNA randomly chosen allowed to visualize evident difterences in the restriction fragments among the clones, as does the possibility to determine the average insert size. The initial evaluation of the presence of genes involved in the biosynthesis of antibiotics synthesized by the enzymatic system PKS of kind I, was accomplished by the PCR amplification of clones from the library using specific primers. We studied 4.320 clones and the results suggest a great variety of these genes. The PCR products obtained were sequenced for the determination of identity of the amplified gene.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)iv, 58 f. : il.porUniversidade Estadual Paulista (Unesp)Alephreponame:Repositório Institucional da UNESPinstname:Universidade Estadual Paulista (UNESP)instacron:UNESPGenomasAntibióticosCompostos bioativosPolicetídeosMetagenomasBiblioteca metagenômicaMetagenomeAntibioticMetagenomic librarySecondary metabolitesPolyketidesConstrução de biblioteca metagenômica para prospecção de genes envolvidos na biossíntese de antibióticosinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccessMicrobiologia Agropecuária - FCAVMicrobiologia agropecuáriaUniversidade Estadual Paulista (UNESP), Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, JaboticabalPublication3d807254-e442-45e5-a80b-0f6bf3a26e48virtual::116744-13d807254-e442-45e5-a80b-0f6bf3a26e48virtual::116744-1f52717c7-8949-4a69-8619-285451b91282virtual::217457-1f52717c7-8949-4a69-8619-285451b91282virtual::217457-1ORIGINALschuch_v_me_jabo.pdfapplication/pdf3089029https://repositorio.unesp.br/bitstreams/f2ddabb0-a1dc-4197-a155-de094d401dc1/download0835ef08e49e97cfdf7ad571bdfc3671MD51trueAnonymousREADTEXTschuch_v_me_jabo.pdf.txtWritten by FormatFilter org.dspace.app.mediafilter.TikaTextExtractionFilter on 2023-10-22T06:04:24Z (GMT).Extracted texttext/plain167671https://repositorio.unesp.br/bitstreams/d18053cd-be3a-4dc3-a6a3-7bb772d42905/download2e8e9f69569f021ab303faebacfe4f7fMD54falseAnonymousREADTHUMBNAILschuch_v_me_jabo.pdf.jpgWritten by FormatFilter org.dspace.app.mediafilter.ImageMagickPdfThumbnailFilter on 2016-11-11T22:00:17Z (GMT).IM Thumbnailimage/jpeg4284https://repositorio.unesp.br/bitstreams/07ee8387-7808-4ba5-af61-313100c841b3/downloadf0df742841cd08ab7158e3e832fac670MD53falseAnonymousREAD11449/949402026-04-15T05:25:33.166685Zopen.accessoai:repositorio.unesp.br:11449/94940https://repositorio.unesp.brRepositório InstitucionalPUBhttp://repositorio.unesp.br/oai/requestrepositoriounesp@unesp.bropendoar:29462026-04-15T05:25:33Repositório Institucional da UNESP - Universidade Estadual Paulista (UNESP)false
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