Avaliação do desequilíbrio de ligação e da origem genética em duplo-haplóides de milho
| Ano de defesa: | 2009 |
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Universidade Estadual Paulista (Unesp)
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| Link de acesso: | http://hdl.handle.net/11449/102828 |
Resumo: | Estudos de associação baseados em desequilíbrio de ligação (DL) são importantes ferramentas para construção de mapas de ligação e utilização em programas de melhoramento assistidos por marcadores. Em geral, são utilizadas populações segregantes ou linhagens isogênicas para composição destes programas. Com o objetivo de comparar o desequilíbrio de ligação em linhagens duplo-haplóides (DH) e linhagens obtidas por meio de autofecundação, duzentas e quarenta e cinco linhagens – cento e setenta e cinco convencionais e setenta DHs – foram submetidas à análise de marcadores do tipo Single Nucleotide Polymorphism (SNP), utilizando-se mil duzentos e trinta e quatro marcadores distribuídos pelos dez cromossomos. O resultado da regressão entre as distâncias mostrou um R2 de 0,6546 para linhagens duplo-haplóides e uma equação de tendência logarítmica, sendo y= -0,024ln(x) + 0,159. Para as linhagens convencionais, o R2 foi de 0,5727, com a equação que explica a tendência, sendo y = -0,008ln(x) + 0,0659. Os dados de DL foram analisados individualmente, por cromossomo; e, assim como na análise conjunta, individualmente, todos os cromossomos tiveram o mesmo comportamento quando se comparam o DL de linhagens DH e os convencionais, sendo que os valores de DL nas linhagens DH foram em geral mais altos que nas convencionais. Os resultados indicam que, para a obtenção de linhagens DH, a recombinação ocorre em blocos maiores quando comparado com as linhagens convencionais. |
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Barbosa, Mauricio Pires Machado [UNESP]Universidade Estadual Paulista (Unesp)Silva, Ricardo Machado daSilva, Herberte Pereira daSilva, Antonio CarlosTrevisoli, Sandra Helena UnêdaMoro, José Roberto [UNESP]Silva, Heyder Diniz [UNESP]2014-06-11T19:32:16Z2014-06-11T19:32:16Z2009-07-07BARBOSA, Mauricio Pires Machado. Avaliação do desequilíbrio de ligação e da origem genética em duplo-haplóides de milho. 2009. ii, 55 f. Tese (doutorado) - Universidade Estadual Paulista, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, 2009.http://hdl.handle.net/11449/102828000613054barbosa_mpm_dr_jabo.pdf33004102029P6Estudos de associação baseados em desequilíbrio de ligação (DL) são importantes ferramentas para construção de mapas de ligação e utilização em programas de melhoramento assistidos por marcadores. Em geral, são utilizadas populações segregantes ou linhagens isogênicas para composição destes programas. Com o objetivo de comparar o desequilíbrio de ligação em linhagens duplo-haplóides (DH) e linhagens obtidas por meio de autofecundação, duzentas e quarenta e cinco linhagens – cento e setenta e cinco convencionais e setenta DHs – foram submetidas à análise de marcadores do tipo Single Nucleotide Polymorphism (SNP), utilizando-se mil duzentos e trinta e quatro marcadores distribuídos pelos dez cromossomos. O resultado da regressão entre as distâncias mostrou um R2 de 0,6546 para linhagens duplo-haplóides e uma equação de tendência logarítmica, sendo y= -0,024ln(x) + 0,159. Para as linhagens convencionais, o R2 foi de 0,5727, com a equação que explica a tendência, sendo y = -0,008ln(x) + 0,0659. Os dados de DL foram analisados individualmente, por cromossomo; e, assim como na análise conjunta, individualmente, todos os cromossomos tiveram o mesmo comportamento quando se comparam o DL de linhagens DH e os convencionais, sendo que os valores de DL nas linhagens DH foram em geral mais altos que nas convencionais. Os resultados indicam que, para a obtenção de linhagens DH, a recombinação ocorre em blocos maiores quando comparado com as linhagens convencionais.Association studies based on linkage disequilibrium (LD) are important tools for linkage maps construction and to use in marker-assisted breeding programs. Typically, segregating populations or isogenic lines are used to compose them. With objective of compare the linkage disequilibrium on double haploid lines (DH) and lines obtained by self pollination (Conventional), two hundred and forty five inbred lines, where one hundred seventy five conventional and seventy DHs where submitted to the analysis of Single Nucleotide Polymorphism (SNP) molecular markers, using one thousand two hundred and thirty four markers random distributed over the ten chromosomes. The regression output among the distances showed R2 of 0.6546 for double haploids lines and one logarithmic trend equation, being y = -0.024ln(x) + 0.159 For conventional lines, R2 was 0.5727, with an equation that explains the trend, being y = -0.008ln(x) + 0.0659. LD data were analyzed by chromosomes individually and as such in the joint analysis, all individual chromosomes showed the same patternr when comparing the LD of DH lines versus conventional lines, being the LD of DH lines generally higher that the conventional lines. Results show that to obtain DH lines the recombination occurs in larger blocks when compared against the conventional lines.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)ii, 55 f. : il.porUniversidade Estadual Paulista (Unesp)Alephreponame:Repositório Institucional da UNESPinstname:Universidade Estadual Paulista (UNESP)instacron:UNESPMilho - CultivoDesequilíbrio de ligaçãoProdução de linhagensMarcadores molecularesDoubled haploid linesLinkage disequilibriumInbred line productionMolecular markesAvaliação do desequilíbrio de ligação e da origem genética em duplo-haplóides de milhoinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccessAgronomia (Genética e Melhoramento de Plantas) - FCAVGenética e melhoramento de plantasUniversidade Estadual Paulista (UNESP), Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, JaboticabalPublication3d807254-e442-45e5-a80b-0f6bf3a26e48virtual::112514-13d807254-e442-45e5-a80b-0f6bf3a26e48virtual::112514-135749ecc-cb5a-43cb-bea4-7e65dd9a22ffvirtual::205273-135749ecc-cb5a-43cb-bea4-7e65dd9a22ffvirtual::205273-1ORIGINALbarbosa_mpm_dr_jabo.pdfapplication/pdf358402https://repositorio.unesp.br/bitstreams/eacfcb98-ff0f-47f0-8344-68589886414a/downloadd85997fcfe0314483cdbbbf3d2c88ca2MD51trueAnonymousREADTEXTbarbosa_mpm_dr_jabo.pdf.txtWritten by FormatFilter org.dspace.app.mediafilter.TikaTextExtractionFilter on 2024-01-16T06:23:57Z (GMT).Extracted texttext/plain91747https://repositorio.unesp.br/bitstreams/cf754fe0-9770-4c0c-9113-9b5ec7476cbd/download5e9add1be508efaf1e6bea5829f82ffbMD54falseAnonymousREADTHUMBNAILbarbosa_mpm_dr_jabo.pdf.jpgWritten by FormatFilter org.dspace.app.mediafilter.ImageMagickPdfThumbnailFilter on 2016-11-11T16:53:19Z (GMT).IM Thumbnailimage/jpeg4067https://repositorio.unesp.br/bitstreams/139b6fa3-4dfe-4389-a0fb-612348fecd40/downloadf0375bd28cdd2b3edee853ad41fb9287MD53falseAnonymousREAD11449/1028282026-03-17T05:03:45.020786Zopen.accessoai:repositorio.unesp.br:11449/102828https://repositorio.unesp.brRepositório InstitucionalPUBhttp://repositorio.unesp.br/oai/requestrepositoriounesp@unesp.bropendoar:29462026-03-17T05:03:45Repositório Institucional da UNESP - Universidade Estadual Paulista (UNESP)false |
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