Exportação concluída — 

Dissecando a composição e as interações celulares do microambiente tumoral na progressão do adenocarcinoma ductal pancreático

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2022
Autor(a) principal: Pereira, Gabriel Francisco Pozo de Mattos
Orientador(a): Chiela, Eduardo Cremonese Filippi
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Não Informado pela instituição
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Comunicação celular
Microambiente tumoral
Carcinoma ductal pancreático
Palavras-chave em Inglês:
Single-cell sequencing
Pancreatic ductal adenocarcinoma
Tumor microenvironment
Intercellular communication
Cell composition
Link de acesso: http://hdl.handle.net/10183/294236
Resumo: O adenocarcinoma ductal pancreático (ADP) é uma doença mortal bem conhecida por seu microambiente tumoral heterogêneo. O sequenciamento de RNA de células individuais (scRNA-seq) tem sido amplamente utilizado para caracterizar a heterogeneidade intratumoral e intertumoral do ADP. No entanto, a dinâmica da composição celular do microambiente tumoral e a comunicação intercelular durante a progressão do ADP não são totalmente compreendidas. Aqui, integramos dados de scRNA-seq de quatro coortes diferentes contendo quatro locais de tecidos distintos. Observamos uma proporção maior de células T CD8 de memória em amostras de tecido adjacente do que em amostras malignas. Por outro lado, células T reguladoras e células T CD8 disfuncionais (GZMK+ CD8) estavam entre os tipos celulares mais prevalentes nas amostras malignas. Os macrófagos foram o tipo de célula mais abundante no componente mielóide. Identificamos quatro grupos de macrófagos; A análise de pseudotime sugeriu uma origem comum para os macrófagos C1Q+ e SPP1+. Como esperado, os CAFs (fibroblastos associados ao tumor) estavam enriquecidos no ADP. A análise de trajetória para células estromais revelou uma transição de células estreladas para miofibroblastos associados ao tumor (myCAF). Após a anotação refinada dos tipos celulares, construímos uma rede de interações célula-célula que desvendou os CAFs como a principal fonte de sinais extracelulares. Em contrapartida, as células T CD8 foram o destino final mais frequente para múltiplos sinais no microambiente tumoral. Nossos resultados fornecem uma caracterização refinada da composição celular e dinâmica de interação célula-célula para o microambiente do ADP.
id URGS_0ce0875bbeb820ae90130e12b75a5ca1
oai_identifier_str oai:www.lume.ufrgs.br:10183/294236
network_acronym_str URGS
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
repository_id_str
spelling Pereira, Gabriel Francisco Pozo de MattosChiela, Eduardo Cremonese Filippi2025-07-23T08:02:37Z2022http://hdl.handle.net/10183/294236001289423O adenocarcinoma ductal pancreático (ADP) é uma doença mortal bem conhecida por seu microambiente tumoral heterogêneo. O sequenciamento de RNA de células individuais (scRNA-seq) tem sido amplamente utilizado para caracterizar a heterogeneidade intratumoral e intertumoral do ADP. No entanto, a dinâmica da composição celular do microambiente tumoral e a comunicação intercelular durante a progressão do ADP não são totalmente compreendidas. Aqui, integramos dados de scRNA-seq de quatro coortes diferentes contendo quatro locais de tecidos distintos. Observamos uma proporção maior de células T CD8 de memória em amostras de tecido adjacente do que em amostras malignas. Por outro lado, células T reguladoras e células T CD8 disfuncionais (GZMK+ CD8) estavam entre os tipos celulares mais prevalentes nas amostras malignas. Os macrófagos foram o tipo de célula mais abundante no componente mielóide. Identificamos quatro grupos de macrófagos; A análise de pseudotime sugeriu uma origem comum para os macrófagos C1Q+ e SPP1+. Como esperado, os CAFs (fibroblastos associados ao tumor) estavam enriquecidos no ADP. A análise de trajetória para células estromais revelou uma transição de células estreladas para miofibroblastos associados ao tumor (myCAF). Após a anotação refinada dos tipos celulares, construímos uma rede de interações célula-célula que desvendou os CAFs como a principal fonte de sinais extracelulares. Em contrapartida, as células T CD8 foram o destino final mais frequente para múltiplos sinais no microambiente tumoral. Nossos resultados fornecem uma caracterização refinada da composição celular e dinâmica de interação célula-célula para o microambiente do ADP.Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) is a deadly disease well known for its heterogeneous tumor microenvironment (TME). Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) has been extensevily used to characterize the intratumor and intertumor heterogeneity of PDAC. However, TME cellular composition dynamics and intercellular communication during PDAC's progression are not fully comprehended. Here, we integrated scRNA-seq data from four different datasets containing four distinct tissue sites. We observed a higher proportion of memory CD8 T cells in adjacent tissue samples than malignant samples. On the other hand, regulatory T cells and dysfunctional CD8 T cells (GZMK+ CD8) were among the most prevalent cell type in malignant samples. Macrophages were the most abundant cell type in the myeloid component. We identified four clusters of macrophages; pseudotime analysis suggested a potential common origin for C1Q+ Macro and SPP1+ Macro. As expected, CAFs (cancer-associated fibroblasts) were enriched in PDAC. Trajectory analysis for stromal cells revealed a transition from stellate cells to myofibroblastic CAFs (myCAF). After refined cell type annotation, we built cell-cell interactions network that unraveled CAFs as the major source of extracellular signals. In contrast, CD8 T cells were the most frequent final destination for multiple signals in the TME. Our results provide a refined characterization of cell composition and cell-cell interaction dynamics for PDAC microenvironment.application/pdfporComunicação celularMicroambiente tumoralCarcinoma ductal pancreáticoSingle-cell sequencingPancreatic ductal adenocarcinomaTumor microenvironmentIntercellular communicationCell compositionDissecando a composição e as interações celulares do microambiente tumoral na progressão do adenocarcinoma ductal pancreáticoinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisUniversidade Federal do Rio Grande do SulInstituto de Ciências Básicas da SaúdePrograma de Pós-Graduação em Ciências Biológicas: FisiologiaPorto Alegre, BR-RS2022mestradoinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGSinstname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)instacron:UFRGSTEXT001289423.pdf.txt001289423.pdf.txtExtracted Texttext/plain55525http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/294236/2/001289423.pdf.txtbb4172ea12b68f7987ba292dd8e67539MD52ORIGINAL001289423.pdfTexto parcialapplication/pdf604365http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/294236/1/001289423.pdffdbd512e0c6ec57bbc3788830a241c54MD5110183/2942362025-07-24 08:01:22.987355oai:www.lume.ufrgs.br:10183/294236Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttps://lume.ufrgs.br/handle/10183/2PUBhttps://lume.ufrgs.br/oai/requestlume@ufrgs.br || lume@ufrgs.bropendoar:18532025-07-24T11:01:22Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Dissecando a composição e as interações celulares do microambiente tumoral na progressão do adenocarcinoma ductal pancreático
title Dissecando a composição e as interações celulares do microambiente tumoral na progressão do adenocarcinoma ductal pancreático
spellingShingle Dissecando a composição e as interações celulares do microambiente tumoral na progressão do adenocarcinoma ductal pancreático
Pereira, Gabriel Francisco Pozo de Mattos
Comunicação celular
Microambiente tumoral
Carcinoma ductal pancreático
Single-cell sequencing
Pancreatic ductal adenocarcinoma
Tumor microenvironment
Intercellular communication
Cell composition
title_short Dissecando a composição e as interações celulares do microambiente tumoral na progressão do adenocarcinoma ductal pancreático
title_full Dissecando a composição e as interações celulares do microambiente tumoral na progressão do adenocarcinoma ductal pancreático
title_fullStr Dissecando a composição e as interações celulares do microambiente tumoral na progressão do adenocarcinoma ductal pancreático
title_full_unstemmed Dissecando a composição e as interações celulares do microambiente tumoral na progressão do adenocarcinoma ductal pancreático
title_sort Dissecando a composição e as interações celulares do microambiente tumoral na progressão do adenocarcinoma ductal pancreático
author Pereira, Gabriel Francisco Pozo de Mattos
author_facet Pereira, Gabriel Francisco Pozo de Mattos
author_role author
dc.contributor.author.fl_str_mv Pereira, Gabriel Francisco Pozo de Mattos
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Chiela, Eduardo Cremonese Filippi
contributor_str_mv Chiela, Eduardo Cremonese Filippi
dc.subject.por.fl_str_mv Comunicação celular
Microambiente tumoral
Carcinoma ductal pancreático
topic Comunicação celular
Microambiente tumoral
Carcinoma ductal pancreático
Single-cell sequencing
Pancreatic ductal adenocarcinoma
Tumor microenvironment
Intercellular communication
Cell composition
dc.subject.eng.fl_str_mv Single-cell sequencing
Pancreatic ductal adenocarcinoma
Tumor microenvironment
Intercellular communication
Cell composition
description O adenocarcinoma ductal pancreático (ADP) é uma doença mortal bem conhecida por seu microambiente tumoral heterogêneo. O sequenciamento de RNA de células individuais (scRNA-seq) tem sido amplamente utilizado para caracterizar a heterogeneidade intratumoral e intertumoral do ADP. No entanto, a dinâmica da composição celular do microambiente tumoral e a comunicação intercelular durante a progressão do ADP não são totalmente compreendidas. Aqui, integramos dados de scRNA-seq de quatro coortes diferentes contendo quatro locais de tecidos distintos. Observamos uma proporção maior de células T CD8 de memória em amostras de tecido adjacente do que em amostras malignas. Por outro lado, células T reguladoras e células T CD8 disfuncionais (GZMK+ CD8) estavam entre os tipos celulares mais prevalentes nas amostras malignas. Os macrófagos foram o tipo de célula mais abundante no componente mielóide. Identificamos quatro grupos de macrófagos; A análise de pseudotime sugeriu uma origem comum para os macrófagos C1Q+ e SPP1+. Como esperado, os CAFs (fibroblastos associados ao tumor) estavam enriquecidos no ADP. A análise de trajetória para células estromais revelou uma transição de células estreladas para miofibroblastos associados ao tumor (myCAF). Após a anotação refinada dos tipos celulares, construímos uma rede de interações célula-célula que desvendou os CAFs como a principal fonte de sinais extracelulares. Em contrapartida, as células T CD8 foram o destino final mais frequente para múltiplos sinais no microambiente tumoral. Nossos resultados fornecem uma caracterização refinada da composição celular e dinâmica de interação célula-célula para o microambiente do ADP.
publishDate 2022
dc.date.issued.fl_str_mv 2022
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2025-07-23T08:02:37Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10183/294236
dc.identifier.nrb.pt_BR.fl_str_mv 001289423
url http://hdl.handle.net/10183/294236
identifier_str_mv 001289423
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
instname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
instacron:UFRGS
instname_str Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
instacron_str UFRGS
institution UFRGS
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
bitstream.url.fl_str_mv http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/294236/2/001289423.pdf.txt
http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/294236/1/001289423.pdf
bitstream.checksum.fl_str_mv bb4172ea12b68f7987ba292dd8e67539
fdbd512e0c6ec57bbc3788830a241c54
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
repository.mail.fl_str_mv lume@ufrgs.br || lume@ufrgs.br
_version_ 1846255905976352768

Registros relacionados