Avaliação da PCR digital para identificação e quantificação de Enterobacterales e genes de resistência a carbapenêmicos (blaKPC ou blaNDM) na urina

• Ano de defesa: 2025
• Autor(a) principal: Bom, Natascha
• Orientador(a): Barth, Afonso Luis
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Palavras-chave em Português: Enterobacteriáceas resistentes a carbapenêmicos; Reação em cadeia da polimerase; Infecções urinárias; Genes; Urina
• Palavras-chave em Inglês: Digital PCR; Enterobacterales; Carbapenem resistance; Urinary tract infections
• Link de acesso: http://hdl.handle.net/10183/302167

Base teórica: O aumento de isolados de Enterobacterales resistentes a carbapenêmicos (CRE) tornou-se uma séria ameaça à saúde pública global, sendo que as CRE são responsáveis por um número crescente de Infecções Relacionadas à Assistência à Saúde (IRAS). A rápida identificação de patógenos e de genes de resistência aos cabapenêmicos, como blaKPC e blaNDM, por métodos independentes de cultura, é um aspecto muito importante diante da crescente prevalência de CRE. O avanço das técnicas moleculares tem revolucionado o diagnóstico dessas infecções, sendo a PCR Digital (dPCR) uma nova e promissora abordagem. Objetivo: Avaliar a concordância da técnica de PCR Digital (dPCR) diretamente em amostras de urina para a detecção de Enterobacterales e os genes de resistência blaKPC e blaNDM em comparação aos métodos tradicionais de cultura. Métodos: As análises foram realizadas utilizando o sistema QuantStudio Absolute Q Digital PCR System (ThermoFisher), com ensaio multiplex com primers e sonda TaqMan para detecção e quantificação de Enterobacterales, blaKPC, blaNDM além de RNAse P como controle interno. O DNA bacteriano foi extraído diretamente da urina com o kit Culture Cell DNA Kit (Promega), utilizando o equipamento Maxwell® RSC. O exame bacteriológico foi feito conforme técnica convencional e os isolados bacterianos oriundos da cultura foram avaliados para a presença de blaKPC, blaNDM por qPCR HRM. Resultados: A dPCR foi aplicada a 112 amostras de urina, detectando Enterobacterales em 83,03% (n= 93) e pelo menos um dos genes de resistência (blaKPC ou blaNDM ) em 75,26% (n=70). A quantificação e identificação do Enterobacterales por dPCR apresentou sensibilidade de 75,27%, especificidade de 94,74% e acurácia de 78,57% em comparação com a cultura bacteriológica. Os resultados quantitativos apresentaram forte correlação com as contagens bacterianas observadas na urocultura, corroborando seu potencial para interpretação diagnóstica quantitativa. Para os genes de carbapenemase blaKPC e blaNDM, a dPCR apresentou sensibilidade de 94,74% e 97,87%, e especificidade de 98,18% e 100%, respectivamente. Conclusão: Este estudo demonstrou que a dPCR pode ser uma ferramenta muito útil para a detecção rápida de Enterobacterales e de genes de carbapenemase diretamente de amostras de urina, apresentando excelente desempenho diagnóstico para blaKPC e blaNDM. A técnica representa uma alternativa independente de cultura bastante promissora, capaz de acelerar o diagnóstico e apoiar uma tomada de decisão clínica mais precisa no manejo de infecções urinárias causadas por bactérias resistentes.