Avaliação do microbioma do trato respiratório de suínos : um estudo longitudinal

• Ano de defesa: 2020
• Autor(a) principal: Santos, Anne Caroline Ramos dos
• Orientador(a): Roehe, Paulo Michel
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Palavras-chave em Português: Microbiota; Infecções respiratórias; Cavidade nasal; Laringe; Suínos; Desmame; Metagenômica
• Link de acesso: http://hdl.handle.net/10183/212521

Ao nascimento, os leitões são apresentados a diversos microrganismos, muitos dos quais formarão a microbiota que o acompanhará por toda vida. Nos leitões, a mucosa nasal é um sítio importante colonizado por uma grande variedade de bactérias e vírus. Em particular, a cavidade nasal é uma importante porta de entrada para patógenos causadores de infecções respiratórias, um problema altamente significativo na produção de suínos. Portanto, o objetivo do presente estudo é examinar a composição do microbioma da cavidade nasal de leitões saudáveis após desmame e compará-los com leitões afetados por doença respiratória. Suabes nasais e laringeais foram coletados de 30 leitões saudáveis e 30 leitões afetados por doença respiratória, todos com 4-5 semanas de idade. Os leitões foram mantidos em um único rebanho, formado por animais adquiridos de cinco origens diferentes. Para a análise do viroma nasal, o RNA e DNA total foram extraídos das amostras de suabes nasais e suabes laringeais e amplificados randomicamente, utilizando o Kit REPLI-g WTA Single Cell e phi29 DNA Polymerase, respectivamente. Para o bacterioma, a região V4 hipervariável do gene 16S rRNA foi amplificada através de PCR utilizando primers específicos. O sequenciamento foi realizado em um Miseq Illumina TM Desktop Sequencer. Em relação ao viroma, o genoma de membros de 8 famílias distintas de vírus de mamíferos foram identificados nas amostras nasais e laringeais dos leitões que apresentavam sinais clínicos, os quais foram, em ordem de abundância, Herpesviridae, Astroviridae, Caliciviridae, Reoviridae, Circoviridae, Picobirnaviridae, Parvoviridae e Coronaviridae. Nos leitões saudáveis, apenas 4 famílias foram identificadas: Herpesviridae, Circoviridae, Parvoviridae e Picobirnaviridae. A microbiota bacteriana nasal de leitões saudáveis e afetados por doenças respiratórias mostrou diferenças distintas nos componentes. Nos leitões saudáveis houve predomínio do filo Firmicutes, ao contrário dos leitões doentes, que o filo mais abundante foi Proteobacteria. Em conclusão, o microbioma nasal e laringeal de leitões afetados por doença respiratória demonstrou uma alta diversidade viral e diferenças na composição da microbiota. Esses achados ampliam o caracterização da microbiota suína, sendo de grande importância para o compreendimento da suscetibilidade à doenças, principalmente em leitões vulneráveis.