Tracing the evolutionary history of the antophilic species Drosophila lutzii (Diptera: Drosophilidae) using next generation sequencing approach

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2020
Autor(a) principal: Prediger, Carolina
Orientador(a): Deprá, Maríndia
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: eng
Instituição de defesa: Não Informado pela instituição
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Drosophila lutzii
Filogenética
Link de acesso: http://hdl.handle.net/10183/281670
Resumo: Apesar dos drosofilídeos serem muito conhecidos por utilizarem frutos em decomposição como fonte de alimentação e oviposição, muitos recursos podem ser utilizados por eles como flores, fungos, folhas, entre outros. Essas espécies com nichos peculiares foram pouco estudadas por muito tempo e atualmente há um grande esforço para aumentar o conhecimento de sua ecologia, genética e evolução. Com relação ao grupo de espécies da Drosophila lutzii, um grupo de espécies com ecologia restrita a flores, que pode inclusive utilizar flores tóxicas, não há muito conhecimento acumulado. O mais recente trabalho filogenético que amostrou o grupo o posicionou como um grupo de espécies pertencente ao subgênero Drosophila, contudo a comunidade científica apresenta ressalvas quanto a sua relação evolutiva e a nomenclatura sugerida. Apesar do grupo de espécies utilizarem flores tóxicas, os mecanismos fisiológicos por trás do uso de nicho ainda não foram estudados para o grupo de espécies. Aqui, foi realizado o primeiro sequenciamento do genoma de D. lutzii. A partir disso, as relações evolutivas da espécie foram inferidas por meio de onze marcados moleculares. Adicionalmente, foi caracterizada a família gênica citocromo P450 de D. lutzii, família muito associada à detoxificação de compostos. Os resultados mostram que D. lutzii se posiciona dentro do subgênero Drosophila e apresenta relação estreita com os grupos de espécies D. pallidipennis e D. tripunctata. Com relação à família gênica citocromo P450 verificou-se a presença de 80 genes sobre seleção purificadora, um pseudogene e oito potenciais pseudogenes. Verificou-se muitos eventos de duplicação de genes associados à detoxificação, contudo outras analises são necessárias para verificar os efeitos dessas duplicações.
id URGS_5145b6c8c6c9fd52770cd7b6a3de49c1
oai_identifier_str oai:www.lume.ufrgs.br:10183/281670
network_acronym_str URGS
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
repository_id_str
spelling Prediger, CarolinaDeprá, MaríndiaCordeiro, Juliana2024-11-29T06:53:59Z2020http://hdl.handle.net/10183/281670001208268Apesar dos drosofilídeos serem muito conhecidos por utilizarem frutos em decomposição como fonte de alimentação e oviposição, muitos recursos podem ser utilizados por eles como flores, fungos, folhas, entre outros. Essas espécies com nichos peculiares foram pouco estudadas por muito tempo e atualmente há um grande esforço para aumentar o conhecimento de sua ecologia, genética e evolução. Com relação ao grupo de espécies da Drosophila lutzii, um grupo de espécies com ecologia restrita a flores, que pode inclusive utilizar flores tóxicas, não há muito conhecimento acumulado. O mais recente trabalho filogenético que amostrou o grupo o posicionou como um grupo de espécies pertencente ao subgênero Drosophila, contudo a comunidade científica apresenta ressalvas quanto a sua relação evolutiva e a nomenclatura sugerida. Apesar do grupo de espécies utilizarem flores tóxicas, os mecanismos fisiológicos por trás do uso de nicho ainda não foram estudados para o grupo de espécies. Aqui, foi realizado o primeiro sequenciamento do genoma de D. lutzii. A partir disso, as relações evolutivas da espécie foram inferidas por meio de onze marcados moleculares. Adicionalmente, foi caracterizada a família gênica citocromo P450 de D. lutzii, família muito associada à detoxificação de compostos. Os resultados mostram que D. lutzii se posiciona dentro do subgênero Drosophila e apresenta relação estreita com os grupos de espécies D. pallidipennis e D. tripunctata. Com relação à família gênica citocromo P450 verificou-se a presença de 80 genes sobre seleção purificadora, um pseudogene e oito potenciais pseudogenes. Verificou-se muitos eventos de duplicação de genes associados à detoxificação, contudo outras analises são necessárias para verificar os efeitos dessas duplicações.The use of decaying fruits as feeding and breeding by drosophilids is widely known, even that they can use a many other resources, such as, fungi, flowers, leaves, and so on. The species with peculiar niches were neglected for a while, and nowadays there is a great effort to increase the knowledge of their ecology, genetics and evolution. Regarding D. lutzii species group, a flower-breeding Drosophila that is capable of use toxic flowers as feeding and breeding site very little is known. The last phylogenetic study that sampled the group placed it within the Drosophila subgenus; however the scientific community has reservations regarding the proposed evolutionary relationships and nomenclature. In spite of the group of species use toxic flowers, the physiological mechanisms correlated to niche use were not study for this species group. Here, the first sequencing of the D. lutzii genome was carried out. From that, the evolutionary relationships were reconstructed by phylogenetic approach using eleven molecular markers. Also, the gene family cytochrome P450 (P450), which is correlated to detoxification, was characterized for the Drosophila lutzii. Regarding the phylogenetic, D. lutzii species group fall within the Drosophila subgenus, and are close related to the D. pallidipennis and D. tripunctata species groups. Considering de detoxification genes, 80 P450 genes were found within the D. lutzii genome, all of them under purifying selection. One pseudo-gene and 8 potential pseudo-genes were seen. Duplication process was noted to many P450 genes related to detoxification, however further analysis are needed to verify the effect of this duplications.application/pdfengDrosophila lutziiFilogenéticaTracing the evolutionary history of the antophilic species Drosophila lutzii (Diptera: Drosophilidae) using next generation sequencing approachinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisUniversidade Federal do Rio Grande do SulInstituto de BiociênciasPrograma de Pós-Graduação em Genética e Biologia MolecularPorto Alegre, BR-RS2020mestradoinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGSinstname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)instacron:UFRGSTEXT001208268.pdf.txt001208268.pdf.txtExtracted Texttext/plain116529http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/281670/2/001208268.pdf.txtc779b4633f2d458cae584c6832baf1cfMD52ORIGINAL001208268.pdfTexto completo (inglês)application/pdf5050551http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/281670/1/001208268.pdfbec874407864596286dfbf35fffc823aMD5110183/2816702024-12-05 07:50:58.836098oai:www.lume.ufrgs.br:10183/281670Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttps://lume.ufrgs.br/handle/10183/2PUBhttps://lume.ufrgs.br/oai/requestlume@ufrgs.br||lume@ufrgs.bropendoar:18532024-12-05T09:50:58Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Tracing the evolutionary history of the antophilic species Drosophila lutzii (Diptera: Drosophilidae) using next generation sequencing approach
title Tracing the evolutionary history of the antophilic species Drosophila lutzii (Diptera: Drosophilidae) using next generation sequencing approach
spellingShingle Tracing the evolutionary history of the antophilic species Drosophila lutzii (Diptera: Drosophilidae) using next generation sequencing approach
Prediger, Carolina
Drosophila lutzii
Filogenética
title_short Tracing the evolutionary history of the antophilic species Drosophila lutzii (Diptera: Drosophilidae) using next generation sequencing approach
title_full Tracing the evolutionary history of the antophilic species Drosophila lutzii (Diptera: Drosophilidae) using next generation sequencing approach
title_fullStr Tracing the evolutionary history of the antophilic species Drosophila lutzii (Diptera: Drosophilidae) using next generation sequencing approach
title_full_unstemmed Tracing the evolutionary history of the antophilic species Drosophila lutzii (Diptera: Drosophilidae) using next generation sequencing approach
title_sort Tracing the evolutionary history of the antophilic species Drosophila lutzii (Diptera: Drosophilidae) using next generation sequencing approach
author Prediger, Carolina
author_facet Prediger, Carolina
author_role author
dc.contributor.author.fl_str_mv Prediger, Carolina
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Deprá, Maríndia
dc.contributor.advisor-co1.fl_str_mv Cordeiro, Juliana
contributor_str_mv Deprá, Maríndia
Cordeiro, Juliana
dc.subject.por.fl_str_mv Drosophila lutzii
Filogenética
topic Drosophila lutzii
Filogenética
description Apesar dos drosofilídeos serem muito conhecidos por utilizarem frutos em decomposição como fonte de alimentação e oviposição, muitos recursos podem ser utilizados por eles como flores, fungos, folhas, entre outros. Essas espécies com nichos peculiares foram pouco estudadas por muito tempo e atualmente há um grande esforço para aumentar o conhecimento de sua ecologia, genética e evolução. Com relação ao grupo de espécies da Drosophila lutzii, um grupo de espécies com ecologia restrita a flores, que pode inclusive utilizar flores tóxicas, não há muito conhecimento acumulado. O mais recente trabalho filogenético que amostrou o grupo o posicionou como um grupo de espécies pertencente ao subgênero Drosophila, contudo a comunidade científica apresenta ressalvas quanto a sua relação evolutiva e a nomenclatura sugerida. Apesar do grupo de espécies utilizarem flores tóxicas, os mecanismos fisiológicos por trás do uso de nicho ainda não foram estudados para o grupo de espécies. Aqui, foi realizado o primeiro sequenciamento do genoma de D. lutzii. A partir disso, as relações evolutivas da espécie foram inferidas por meio de onze marcados moleculares. Adicionalmente, foi caracterizada a família gênica citocromo P450 de D. lutzii, família muito associada à detoxificação de compostos. Os resultados mostram que D. lutzii se posiciona dentro do subgênero Drosophila e apresenta relação estreita com os grupos de espécies D. pallidipennis e D. tripunctata. Com relação à família gênica citocromo P450 verificou-se a presença de 80 genes sobre seleção purificadora, um pseudogene e oito potenciais pseudogenes. Verificou-se muitos eventos de duplicação de genes associados à detoxificação, contudo outras analises são necessárias para verificar os efeitos dessas duplicações.
publishDate 2020
dc.date.issued.fl_str_mv 2020
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2024-11-29T06:53:59Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10183/281670
dc.identifier.nrb.pt_BR.fl_str_mv 001208268
url http://hdl.handle.net/10183/281670
identifier_str_mv 001208268
dc.language.iso.fl_str_mv eng
language eng
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
instname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
instacron:UFRGS
instname_str Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
instacron_str UFRGS
institution UFRGS
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
bitstream.url.fl_str_mv http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/281670/2/001208268.pdf.txt
http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/281670/1/001208268.pdf
bitstream.checksum.fl_str_mv c779b4633f2d458cae584c6832baf1cf
bec874407864596286dfbf35fffc823a
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
repository.mail.fl_str_mv lume@ufrgs.br||lume@ufrgs.br
_version_ 1831316190007394304

Registros relacionados