Metagenoma microbiótico como fator modificador da heterogeneidade clínica da homocistinúria clássica

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2018
Autor(a) principal: Rizowy, Gustavo Mottin
Orientador(a): Leistner-Segal, Sandra
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Não Informado pela instituição
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Palavras-chave em Inglês:
Link de acesso: http://hdl.handle.net/10183/199053
Resumo: Introdução: A Homocistinúria Clássica, é um erro inato do metabolismo, caracterizado pela deficiência da enzima Cistationina β-sintase. A Homocistinúria Clássica, é uma doença autossômica recessiva que apresenta uma ampla heterogeneidade clínica, infelizmente ainda não há uma explicação sobre a variabilidade encontrada nos pacientes. Acredita-se que há contribuição da variação do perfil da microbiota intestinal tanto nos tipos e nas gravidades das manifestações clínicas, quanto às respostas ao tratamento, supondo então uma influência da microbiota intestinal na variabilidade clínica Objetivo: Caracterizar, por meio de sequenciamento de nova geração, a microbiota intestinal de uma amostra de pacientes com Homocistinúria Clássica. Métodos: Foi realizado o sequenciamento da região V4 do gene 16SrRNA extraído de amostra de fezes de pacientes com Homocistinúria Clássica (n=8). Foram realizadas análise de composição microbiana (alfa-diversidade, beta-diversidade e LEfSe), além disso, foi realizada uma revisão dos prontuários dos pacientes, aplicação de um questionário clínico-nutricional, registro alimentar de 3 dias e recordatório de 24 horas. Os resultados dos pacientes foram comparados à um grupo controle (n=8) pareado por sexo e idade. Resultados: A abundância entre os filos bacterianos foi similares entre os grupos, tendo o filo Bacteroidetes como o mais abundante (HCU=60%; Controle=54%), seguido de Firmicutes (HCU=35%; Controle=41%) e Proteobacteria (HCU=3%; Controle=3%). A análise da alfa-diversidade mostrou que houve um aumento na riqueza das comunidades bacterianas (Chao1 e ACE, p=0.049), também houve uma diferença estatística na beta-diversidade (PERMANOVA, p<0.002; ANOSIM, p<0.01). A análise nutricional mostrou que a ingesta diária de gordura (p=0.001), gordura saturada (p=0.001), gordura monoinsaturada (p=0.003), colesterol (p=0.001), vitamina D (p=0.001) e selênio (p=0.027) foram menores nos pacientes do que nos controles, estes resultados foram esperados devido ao tratamento dietético. Além disso, o tratamento com a betaína (p=0.007), folato (p=0.001) e piridoxina (p=0.001) foram estatisticamente significativos. Quanto às manifestações clínicas, verificou-se que as manifestações oculares (p=0.001), esqueléticas (p=0.003) e do sistema nervoso central (p=0.003) tiveram resultados estatisticamente significativas. Conclusão: Os resultados mostram que houve um aumento na alfa-diversidade nos pacientes caracterizando um aumento da riqueza bacteriana, mas mantendo a uniformidade. Sugere-se que as manifestações clínicas e o tratamento tenham um papel importante sobre o microbioma, principalmente pela suplementação de vitaminas do complexo B desempenha um papel de modulador na microbiota.
id URGS_5c19ae1b8ae2fb7ccd3aed31ac4ad990
oai_identifier_str oai:www.lume.ufrgs.br:10183/199053
network_acronym_str URGS
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
repository_id_str
spelling Rizowy, Gustavo MottinLeistner-Segal, SandraSchwartz, Ida Vanessa Doederlein2019-09-10T03:38:54Z2018http://hdl.handle.net/10183/199053001093466Introdução: A Homocistinúria Clássica, é um erro inato do metabolismo, caracterizado pela deficiência da enzima Cistationina β-sintase. A Homocistinúria Clássica, é uma doença autossômica recessiva que apresenta uma ampla heterogeneidade clínica, infelizmente ainda não há uma explicação sobre a variabilidade encontrada nos pacientes. Acredita-se que há contribuição da variação do perfil da microbiota intestinal tanto nos tipos e nas gravidades das manifestações clínicas, quanto às respostas ao tratamento, supondo então uma influência da microbiota intestinal na variabilidade clínica Objetivo: Caracterizar, por meio de sequenciamento de nova geração, a microbiota intestinal de uma amostra de pacientes com Homocistinúria Clássica. Métodos: Foi realizado o sequenciamento da região V4 do gene 16SrRNA extraído de amostra de fezes de pacientes com Homocistinúria Clássica (n=8). Foram realizadas análise de composição microbiana (alfa-diversidade, beta-diversidade e LEfSe), além disso, foi realizada uma revisão dos prontuários dos pacientes, aplicação de um questionário clínico-nutricional, registro alimentar de 3 dias e recordatório de 24 horas. Os resultados dos pacientes foram comparados à um grupo controle (n=8) pareado por sexo e idade. Resultados: A abundância entre os filos bacterianos foi similares entre os grupos, tendo o filo Bacteroidetes como o mais abundante (HCU=60%; Controle=54%), seguido de Firmicutes (HCU=35%; Controle=41%) e Proteobacteria (HCU=3%; Controle=3%). A análise da alfa-diversidade mostrou que houve um aumento na riqueza das comunidades bacterianas (Chao1 e ACE, p=0.049), também houve uma diferença estatística na beta-diversidade (PERMANOVA, p<0.002; ANOSIM, p<0.01). A análise nutricional mostrou que a ingesta diária de gordura (p=0.001), gordura saturada (p=0.001), gordura monoinsaturada (p=0.003), colesterol (p=0.001), vitamina D (p=0.001) e selênio (p=0.027) foram menores nos pacientes do que nos controles, estes resultados foram esperados devido ao tratamento dietético. Além disso, o tratamento com a betaína (p=0.007), folato (p=0.001) e piridoxina (p=0.001) foram estatisticamente significativos. Quanto às manifestações clínicas, verificou-se que as manifestações oculares (p=0.001), esqueléticas (p=0.003) e do sistema nervoso central (p=0.003) tiveram resultados estatisticamente significativas. Conclusão: Os resultados mostram que houve um aumento na alfa-diversidade nos pacientes caracterizando um aumento da riqueza bacteriana, mas mantendo a uniformidade. Sugere-se que as manifestações clínicas e o tratamento tenham um papel importante sobre o microbioma, principalmente pela suplementação de vitaminas do complexo B desempenha um papel de modulador na microbiota.Introduction: Classical homocystinuria, is an inborn error of metabolism, characterized by deficiency of the enzyme Cystathionine β-synthase. Classical Homocystinuria is an autosomal recessive disease with wide clinical heterogeneity, unfortunately there is still no explanation for this variability. It is believed that there is a contribution of the gut microbiota profile regarding the type and the severity of the clinical manifestations, as well as the responses to treatment. Aim: To characterize the gut microbiota from a sample of patients with Classical Homocystinuria by next generation sequencing. Methods: Sequencing of the V4 region of the 16SrRNA gene was performed from stool samples of patients with Classical Homocystinuria (n=8). A microbial composition analysis (alpha-diversity, beta-diversity and LEfSe) was performed. In addition, patient’s medical records were reviewed. A clinical-nutritional questionnaire was applied, consisting of a 3-days food diary and a 24-hour recall. Patient results were compared to control group (n=8) paired by sex and age. Results: The abundance between the bacterial phyla was similar between the groups, the Bacteroidetes was the most abundant (HCU=60; Control=54%), followed by Firmicutes (HCU=35%; Control=41%) and Proteobacteria (HCU=3%; Control=3%). The analysis of alpha-diversity showed an increase in richness of bacterial communities in patients (Chao1 e ACE, p=0.049), there was also a statistical difference in beta-diversity (PERMANOVA, p<0.002; ANOSIM, p<0.01). Nutritional analysis showed that the daily intake of fat (p=0.001), saturated fat (p=0.001), monounsaturated fat (p=0.003), cholesterol (p=0.001), vitamin D (p=0.001) and selenium (p=0.027) were lower in the patients than in the control group, these results were expected due to dietary treatment. Besides that, being treated with betaine (p=0.007), folate (p=0.001) and pyridoxine (p=0.001) were statistically significant. As to the clinical manifestations, eye (p=0.001), skeleton (p=0.003) and CNS (p=0.003) had statistically significant results. Conclusion: The results showed an increase in alpha-diversity in patients characterizing an increase in bacterial richness, nevertheless, evenness was maintained. We suggest that clinical manifestations and treatment have an important role on the microbiome, mainly by the supplementation of vitamins of the B complex has a role of modulator in the gut microbiotaapplication/pdfporMetagenômicaHomocistinúriaSequenciamento completo do genomaMicrobioma gastrointestinalClassical HomocystinuriaNext Generation SequencingMetagenomicGut microbiotaMetagenoma microbiótico como fator modificador da heterogeneidade clínica da homocistinúria clássicainfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisUniversidade Federal do Rio Grande do SulFaculdade de MedicinaPrograma de Pós-Graduação em Medicina: Ciências MédicasPorto Alegre, BR-RS2018mestradoinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGSinstname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)instacron:UFRGSTEXT001093466.pdf.txt001093466.pdf.txtExtracted Texttext/plain64224http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/199053/2/001093466.pdf.txt16cbb05867da5ae523119fa370c68881MD52ORIGINAL001093466.pdfTexto completoapplication/pdf936253http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/199053/1/001093466.pdf2ec252dab821dc4071ee3d8b49d27e05MD5110183/1990532022-07-29 04:51:00.193329oai:www.lume.ufrgs.br:10183/199053Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttps://lume.ufrgs.br/handle/10183/2PUBhttps://lume.ufrgs.br/oai/requestlume@ufrgs.br||lume@ufrgs.bropendoar:18532022-07-29T07:51Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Metagenoma microbiótico como fator modificador da heterogeneidade clínica da homocistinúria clássica
title Metagenoma microbiótico como fator modificador da heterogeneidade clínica da homocistinúria clássica
spellingShingle Metagenoma microbiótico como fator modificador da heterogeneidade clínica da homocistinúria clássica
Rizowy, Gustavo Mottin
Metagenômica
Homocistinúria
Sequenciamento completo do genoma
Microbioma gastrointestinal
Classical Homocystinuria
Next Generation Sequencing
Metagenomic
Gut microbiota
title_short Metagenoma microbiótico como fator modificador da heterogeneidade clínica da homocistinúria clássica
title_full Metagenoma microbiótico como fator modificador da heterogeneidade clínica da homocistinúria clássica
title_fullStr Metagenoma microbiótico como fator modificador da heterogeneidade clínica da homocistinúria clássica
title_full_unstemmed Metagenoma microbiótico como fator modificador da heterogeneidade clínica da homocistinúria clássica
title_sort Metagenoma microbiótico como fator modificador da heterogeneidade clínica da homocistinúria clássica
author Rizowy, Gustavo Mottin
author_facet Rizowy, Gustavo Mottin
author_role author
dc.contributor.author.fl_str_mv Rizowy, Gustavo Mottin
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Leistner-Segal, Sandra
dc.contributor.advisor-co1.fl_str_mv Schwartz, Ida Vanessa Doederlein
contributor_str_mv Leistner-Segal, Sandra
Schwartz, Ida Vanessa Doederlein
dc.subject.por.fl_str_mv Metagenômica
Homocistinúria
Sequenciamento completo do genoma
Microbioma gastrointestinal
topic Metagenômica
Homocistinúria
Sequenciamento completo do genoma
Microbioma gastrointestinal
Classical Homocystinuria
Next Generation Sequencing
Metagenomic
Gut microbiota
dc.subject.eng.fl_str_mv Classical Homocystinuria
Next Generation Sequencing
Metagenomic
Gut microbiota
description Introdução: A Homocistinúria Clássica, é um erro inato do metabolismo, caracterizado pela deficiência da enzima Cistationina β-sintase. A Homocistinúria Clássica, é uma doença autossômica recessiva que apresenta uma ampla heterogeneidade clínica, infelizmente ainda não há uma explicação sobre a variabilidade encontrada nos pacientes. Acredita-se que há contribuição da variação do perfil da microbiota intestinal tanto nos tipos e nas gravidades das manifestações clínicas, quanto às respostas ao tratamento, supondo então uma influência da microbiota intestinal na variabilidade clínica Objetivo: Caracterizar, por meio de sequenciamento de nova geração, a microbiota intestinal de uma amostra de pacientes com Homocistinúria Clássica. Métodos: Foi realizado o sequenciamento da região V4 do gene 16SrRNA extraído de amostra de fezes de pacientes com Homocistinúria Clássica (n=8). Foram realizadas análise de composição microbiana (alfa-diversidade, beta-diversidade e LEfSe), além disso, foi realizada uma revisão dos prontuários dos pacientes, aplicação de um questionário clínico-nutricional, registro alimentar de 3 dias e recordatório de 24 horas. Os resultados dos pacientes foram comparados à um grupo controle (n=8) pareado por sexo e idade. Resultados: A abundância entre os filos bacterianos foi similares entre os grupos, tendo o filo Bacteroidetes como o mais abundante (HCU=60%; Controle=54%), seguido de Firmicutes (HCU=35%; Controle=41%) e Proteobacteria (HCU=3%; Controle=3%). A análise da alfa-diversidade mostrou que houve um aumento na riqueza das comunidades bacterianas (Chao1 e ACE, p=0.049), também houve uma diferença estatística na beta-diversidade (PERMANOVA, p<0.002; ANOSIM, p<0.01). A análise nutricional mostrou que a ingesta diária de gordura (p=0.001), gordura saturada (p=0.001), gordura monoinsaturada (p=0.003), colesterol (p=0.001), vitamina D (p=0.001) e selênio (p=0.027) foram menores nos pacientes do que nos controles, estes resultados foram esperados devido ao tratamento dietético. Além disso, o tratamento com a betaína (p=0.007), folato (p=0.001) e piridoxina (p=0.001) foram estatisticamente significativos. Quanto às manifestações clínicas, verificou-se que as manifestações oculares (p=0.001), esqueléticas (p=0.003) e do sistema nervoso central (p=0.003) tiveram resultados estatisticamente significativas. Conclusão: Os resultados mostram que houve um aumento na alfa-diversidade nos pacientes caracterizando um aumento da riqueza bacteriana, mas mantendo a uniformidade. Sugere-se que as manifestações clínicas e o tratamento tenham um papel importante sobre o microbioma, principalmente pela suplementação de vitaminas do complexo B desempenha um papel de modulador na microbiota.
publishDate 2018
dc.date.issued.fl_str_mv 2018
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2019-09-10T03:38:54Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10183/199053
dc.identifier.nrb.pt_BR.fl_str_mv 001093466
url http://hdl.handle.net/10183/199053
identifier_str_mv 001093466
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
instname:Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
instacron:UFRGS
instname_str Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
instacron_str UFRGS
institution UFRGS
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
bitstream.url.fl_str_mv http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/199053/2/001093466.pdf.txt
http://www.lume.ufrgs.br/bitstream/10183/199053/1/001093466.pdf
bitstream.checksum.fl_str_mv 16cbb05867da5ae523119fa370c68881
2ec252dab821dc4071ee3d8b49d27e05
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS - Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
repository.mail.fl_str_mv lume@ufrgs.br||lume@ufrgs.br
_version_ 1831316078331953152