Identificação e análise de conservação de RNAs circulares presentes no gênero Oryza

• Ano de defesa: 2019
• Autor(a) principal: Zambam, Débora Camargo
• Orientador(a): Margis, Rogerio
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Palavras-chave em Português: Oryza; RNA circular; RNA não traduzido
• Link de acesso: http://hdl.handle.net/10183/202761

Os RNAs circulares (circRNAs) constituem uma interessante classe de moléculas dentro do diverso mundo dos RNAs. Uma ligação fosfodiéster unindo uma extremidade 3’ doadora de splicing à uma extremidade 5’ aceptora de splicing confere à molécula circular alta estabilidade, devido à ausência de extremidades livres passíveis de degradação por exonucleases. Esses transcritos foram inicialmente descobertos em viróides de plantas e posteriormente em eucariotos, mas receberam pouca atenção até o advento de tecnologias de sequenciamento de nova geração, que permitiram identificá-los em diversos grupos de organismos nos domínios da vida. Estudos têm mostrado que tais moléculas participam da regulação gênica nos níveis transcricional e pós-transcricional, estão associados a processos patológicos em mamíferos e são responsivos a diferentes tipos de estresses em plantas. Neste trabalho, foi realizada a identificação in silico de circRNAs em Oryza sativa L. ssp. japonica cv. Nipponbare, que resultou na detecção de mais de 89 mil eventos preditos de backsplicing. Desse total, foram selecionados para validação doze circRNAs que satisfizeram critérios específicos, como terem sido detectados por pelo menos três métodos de bioinformática e possuírem sítios de ligação para microRNAs. Entre esses, nove sequências foram confirmadas em amostras de folhas em diferentes estágios, através de RT-PCR com o uso de primers divergentes e dessas, sete foram confirmadas por ressequenciamento. A maioria dos circRNAs testados, exibiram múltiplos produtos de PCR, indicando a ocorrência de circularização alternativa do transcrito primário, processo já observado em outros trabalhos. A conservação dos transcritos circulares confirmados por ressequenciamento foi em seguida testada em diferentes tecidos de outras seis espécies do gênero Oryza. As espécies O. sativa f. spontanea, O. rufipogon e O. punctata apresentaram amplificação de pelo menos um circRNA nas amostras de folha testadas. Nas amostras de raiz, as espécies O. sativa f. spontanea, O. rufipogon, O. punctata e O. australiensis também apresentaram amplificação para pelo menos um dos circRNAs testados. Os genes parentais dos circRNAs identificados inicialmente em O. sativa possuem homólogos nas demais espécies avaliadas, porém, alguns circRNAs exibiram produtos de PCR com tamanhos diferentes dos esperados para O. sativa, sendo que devem ser ressequenciados para confirmação de que são oriundos dos circRNAs testados. A possibilidade de encontrar circRNAs conservados entre diferentes espécies do gênero Oryza oferece um novo nível molecular para estudo de características genéticas potencialmente úteis do ponto de vista agronômico, além de contribuir para a compreensão dos processos evolutivos dessa classe de RNA.