Genômica comparativa e estudo do resistoma em Salmonella Gallinarum

• Ano de defesa: 2022
• Autor(a) principal: Rizzo, Natalie Nadin
• Orientador(a): Nascimento, Vladimir Pinheiro do
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Palavras-chave em Português: Resistoma; Plasmídeos; Fatores de virulência; Genoma bacteriano; Salmonella Gallinarum; Sequenciamento completo do genoma; Testes de sensibilidade a antimicrobianos por disco-difusão
• Link de acesso: http://hdl.handle.net/10183/295045

Com o intuito de controlar surtos de Salmonella Gallinarum em aves e demais sorovares de Salmonella enterica em toda sua cadeia produtiva, geralmente se faz uso de antimicrobianos e de sanitizantes químicos. No entanto, existem preocupações a respeito da seleção de bactérias resistentes. Esse fato limita as opções de tratamento em casos de salmoneloses, representando uma preocupação extra com relação à saúde pública. As tecnologias de Sequenciamento de Nova Geração (NGS) e o sequenciamento completo do genoma (WGS) abrangem uma ferramenta para melhor entendimento quanto a resistência a antimicrobianos, a predição da localização dos mecanismos de patogenicidade e fatores envolvidos em virulência, genes encontrados no cromossomo ou em plasmídeos. Em estudos epidemiológicos e comparativos (genótipo-fenótipo) o WGS é uma ferramenta útil para identificação e rastreamento de patógenos, estabelecendo rotas de transmissão e controle de surtos, permitindo uma maior inferência de dados e informações que podem balizar as tomadas de ações de vigilância sanitária. O objetivo desse estudo foi avaliar através do WGS e de ferramentas de bioinformática, o desempenho fenotípico-genotípico de duas cepas de Salmonella Gallinarum, resistoma, plasmidoma e os fatores de virulência dos genomas bacterianos. Assim, pretende-se contribuir na rastreabilidade dos genes de resistência aos antimicrobianos e fornecer uma base de evidências tanto para os protocolos de tratamento empíricos quanto para o monitoramento da disseminação e persistência de bactérias resistentes nos planteis de produção industrial. Nesse estudo foram utilizadas duas cepas (SG 15 e SG 34) de Salmonella Gallinarum isoladas previamente de amostras de aves de produção. Quanto ao resitoma, os isolados SG 15 e SG 34 apresentaram os genes aac(6')-Iaa e gyrA (p.S83F) os quais conferem resistência a aminoglicosídeos e a quinolonas, fato que já era esperado conforme análises fenotípicas realizadas previamente a esse estudo. SG 15 e SG 34 divergiram apenas em tipo e número de mutações cromossômicas pontuais. Além da mutação no gene gyrA, SG 34 também apresentou mutações nos genes parE, 16S_rrsD e acrB. SG 15 foram identificadas 9 SPI (CS54_island, SPI-1, SPI-2, SPI-3, SPI-6, SPI-9, SPI-10, SPI-12 e SPI-14). SG 34 foram identificadas 11 SPI (CS54_island, SPI-1, SPI-2, SPI-3, SPI-5, SPI-6, SPI-9, SPI-10, SPI-12, SPI-13 e SPI-14). Curiosamente, esse é o primeiro relato de SPI-9 em Salmonella Gallinarum. 115 genes codificadores de fatores de virulência (VF) foram encontrados em ambas as cepas. Quanto ao plasmidoma, aqui relatamos pela primeira vez a presença do replicon plasmideal IncFII(S) em cepas de Salmonella Gallinarum. O uso do WGS na abordagem de surtos de Salmonella Gallinarum nos plantéis avícolas é uma ferramenta importante de rastreio e diagnóstico desse patógeno.