Avaliação proteômica do processo de ubiquitinação durante a transição epitélio-mesênquimal em células MCF7: implicações na regulação de histonas H2A1

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2025
Autor(a) principal: Vargas, Alessandra Pinto
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Tese
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
EMT
Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17131/tde-24062025-100025/
Resumo: Entre as principais marcas do câncer estão a capacidade de invasão tecidual e metástase. No início do processo metastático, as células passam pela transição epitélio-mesenquimal (EMT), levando as células epiteliais a desenvolverem características de células mesenquimais, adquirindo motilidade à medida que perdem a adesão célula-célula e à membrana basal. Em todas as células, a modulação de processos e alterações disparada por cascatas de sinalização dependem de mecanismos finamente controlados por modificações pós-traducionais (PTMs). Alguns estudos indicam que a modificação pós-traducional de proteínas do tipo ubiquitinação está intimamente relacionada a EMT, favorecendo ou impedindo a progressão tumoral através de ubiquitinação/deubiquitinação proteínas oncogenes ou agentes supressores tumorais. Procurando delinear o papel que a ubiquitinação/deubiquitinação pode desempenhar na metástase, induzimos EMT in vitro utilizando EGF em células de adenocarcinoma de mama (MCF-7). Após a validação funcional e morfológica do modelo de EMT, por ensaios de Western blot, migração celular e formação de colônias. Criamos uma estratégia de imunocaptura através de um anticorpo contra os 14 últimos aminoácidos da Ubiquitina para posterior coleta do imunocomplexo com esferas magnéticas de estreptavidina para análises proteômicas. Nossos dados preliminares apontaram para relação do ubiquitoma com a regulação epigenética, uma vez que verificamos a presença abundante de histonas da família H2A e várias outras proteínas ligadas a regulação de transcrição nas frações testadas. A ubiquitinação de histonas é uma modificação pós-traducional que ocorre em resposta a quebras de fita dupla de DNA (DSBs). A mono-ubiquitinação da lisina 119 da histona H2A (H2AK119ub) é controlada pelo complexo repressivo polycomb 1 (PRC1) através da E3 ligase (RING1A ou RING1B) e é considerado um marcador transcricional repressivo. Aumento de PRC1 é relacionado a malignicidade em vários tipos de câncer. Nesse contexto, voltamos nossa atenção sobre a função da RING1 durante a EMT usando o inibidor PRT4165 para sua modulação. Nos nossos resultados, obtidos por análise proteômica dirigida (MRM), de fato o inibidor PRT4165 diminuiu a ubiquitinação da K119, porém, não foi possível confirmar o caráter supressor do PRT4165 em estudos funcionais de migração e formação de colônias usando o inibidor. Porém, a H2AK119ub pelo PRC1 é reversível através do complexo repressivo PcG deubiquitinase (PR-DUB)/BAP1. Portanto, também testamos o papel do inibidor de deubiquitinases P5091 no status da H2AK119ub e verificamos o inibidor USP7/USP47 P5091 modulou efetivamente a ubiquitilação na lisina 119 de H2A1 e demonstrou um efeito protetor ao reduzir a migração e a formação de colônias em ensaios funcionais.
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spelling Avaliação proteômica do processo de ubiquitinação durante a transição epitélio-mesênquimal em células MCF7: implicações na regulação de histonas H2A1Proteomic evaluation of the ubiquitination process during epithelial-mesenchymal transition in MCF7 cells: implications for the regulation of histones H2A1Análise proteômicaBreast cancerCâncer de mamaDeubiquitinaçãoDeubiquitinationEMTEMTEpithelial-mesenchymal transitionHistonasHistonesMCF7MCF7Modificações pós-traducionaisP5091P5091Post-translational modificationsProteomic analysisPRT4165PRT4165Transição epitélio-mesenquimalUbiquitinaçãoUbiquitinationEntre as principais marcas do câncer estão a capacidade de invasão tecidual e metástase. No início do processo metastático, as células passam pela transição epitélio-mesenquimal (EMT), levando as células epiteliais a desenvolverem características de células mesenquimais, adquirindo motilidade à medida que perdem a adesão célula-célula e à membrana basal. Em todas as células, a modulação de processos e alterações disparada por cascatas de sinalização dependem de mecanismos finamente controlados por modificações pós-traducionais (PTMs). Alguns estudos indicam que a modificação pós-traducional de proteínas do tipo ubiquitinação está intimamente relacionada a EMT, favorecendo ou impedindo a progressão tumoral através de ubiquitinação/deubiquitinação proteínas oncogenes ou agentes supressores tumorais. Procurando delinear o papel que a ubiquitinação/deubiquitinação pode desempenhar na metástase, induzimos EMT in vitro utilizando EGF em células de adenocarcinoma de mama (MCF-7). Após a validação funcional e morfológica do modelo de EMT, por ensaios de Western blot, migração celular e formação de colônias. Criamos uma estratégia de imunocaptura através de um anticorpo contra os 14 últimos aminoácidos da Ubiquitina para posterior coleta do imunocomplexo com esferas magnéticas de estreptavidina para análises proteômicas. Nossos dados preliminares apontaram para relação do ubiquitoma com a regulação epigenética, uma vez que verificamos a presença abundante de histonas da família H2A e várias outras proteínas ligadas a regulação de transcrição nas frações testadas. A ubiquitinação de histonas é uma modificação pós-traducional que ocorre em resposta a quebras de fita dupla de DNA (DSBs). A mono-ubiquitinação da lisina 119 da histona H2A (H2AK119ub) é controlada pelo complexo repressivo polycomb 1 (PRC1) através da E3 ligase (RING1A ou RING1B) e é considerado um marcador transcricional repressivo. Aumento de PRC1 é relacionado a malignicidade em vários tipos de câncer. Nesse contexto, voltamos nossa atenção sobre a função da RING1 durante a EMT usando o inibidor PRT4165 para sua modulação. Nos nossos resultados, obtidos por análise proteômica dirigida (MRM), de fato o inibidor PRT4165 diminuiu a ubiquitinação da K119, porém, não foi possível confirmar o caráter supressor do PRT4165 em estudos funcionais de migração e formação de colônias usando o inibidor. Porém, a H2AK119ub pelo PRC1 é reversível através do complexo repressivo PcG deubiquitinase (PR-DUB)/BAP1. Portanto, também testamos o papel do inibidor de deubiquitinases P5091 no status da H2AK119ub e verificamos o inibidor USP7/USP47 P5091 modulou efetivamente a ubiquitilação na lisina 119 de H2A1 e demonstrou um efeito protetor ao reduzir a migração e a formação de colônias em ensaios funcionais.Among the main hallmarks of cancer are the capacity for tissue invasion and metastasis. Early in the metastatic process, cells undergo epithelial-mesenchymal transition (EMT), leading epithelial cells to develop characteristics of mesenchymal cells, acquiring motility as they lose cell-cell adhesion and adhesion to the basement membrane. In all cells, the modulation of processes and alterations triggered by signaling cascades depends on mechanisms finely controlled by post-translational modifications (PTMs). Some studies indicate that post-translational modification of ubiquitination-type proteins is closely related to EMT, favoring or preventing tumor progression through ubiquitination/deubiquitination of oncogene proteins or tumor suppressor agents. Seeking to delineate the role that ubiquitination/deubiquitination may play in metastasis, we induced EMT in vitro using EGF in breast adenocarcinoma cells (MCF-7). After functional and morphological validation of the EMT model by Western blot assays, cell migration and colony formation, we created an immunocapture strategy using an antibody against the last 14 amino acids of Ubiquitin for subsequent collection of the immunocomplex with streptavidin magnetic beads for proteomic analysis. Our preliminary data pointed to the relationship of ubiquitome with epigenetic regulation, since we verified the abundant presence of histones of the H2A family and several other proteins linked to transcription regulation in the tested fractions. Histone ubiquitination is a post-translational modification that occurs in response to DNA double-strand breaks (DSBs). Mono-ubiquitination of lysine 119 of histone H2A (H2AK119ub) is controlled by the polycomb repressive complex 1 (PRC1) through E3 ligase (RING1A or RING1B) and is considered a repressive transcriptional marker. Increased PRC1 is associated with malignancy in several types of cancer. In this context, we turned our attention to the role of RING1 during EMT using the inhibitor PRT4165 for its modulation. In our results, obtained by targeted proteomic analysis (MRM), the inhibitor PRT4165 indeed decreased K119 ubiquitination, however, it was not possible to confirm the suppressive character of PRT4165 in functional studies of migration and colony formation using the inhibitor. However, H2AK119ub by PRC1 is reversible through the PcG-repressive deubiquitinase (PR-DUB)/BAP1 complex. Therefore, we also tested the role of the deubiquitinase inhibitor P5091 on H2AK119ub status and found that the USP7/USP47 inhibitor P5091 effectively modulated ubiquitylation at lysine 119 of H2A1 and demonstrated a protective effect by reducing migration and colony formation in functional assays.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPFaça, Vitor MarcelVargas, Alessandra Pinto2025-03-27info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17131/tde-24062025-100025/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2025-08-12T14:43:02Zoai:teses.usp.br:tde-24062025-100025Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212025-08-12T14:43:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
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