Identificação de regiões genômicas regulatórias associadas com mutações nos genes IDH1/2 em diferentes tipos tumorais

• Ano de defesa: 2022
• Autor(a) principal: Vercesi, Anna Beatriz Machado
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Cancer; Câncer; Epigenética; Epigenetics; Isocitrate dehydrogenase; Isocitrato desidrogenase
• Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17154/tde-08112022-125609/

Mutações nos genes isocitrato hidrogenasse 1 e 2 (IDH1/2) ocorrem em diferentes tipos de câncer, como gliomas e colangiocarcinoma, e podem ser relacionadas a mudanças nos níveis de metilação de DNA de células tumorais, o que resulta em alterações nos padrões de expressão gênica via mecanismos epigenéticos. Essas modificações resultantes de tais mecanismos ainda não estão bem elucidadas em alguns casos, permanecendo um importante tópico de investigação. Propomos então, por meio da análise integrativa de dados de metilação de DNA e expressão de RNA, identificar potenciais elementos regulatórios e alvos transcricionais que podem estar associados com mutações no gene IDH em amostras tumorais (IDHmut) comparadas com amostras IDH selvagem do mesmo tipo tumoral. Foram analisados dados de metilação de DNA de 3140 amostras e dados de expressão de RNA de 2785 amostras de 9 tipos tumorais nos quais a ocorrência de tais mutações já foi identificada, incluindo: glioma de baixo grau (LGG), colangiocarcinoma (CHOL), melanoma cutâneo (SKCM), glioblastoma (GBM), carcinoma endometrial (UCEC), leucemia mieloide aguda (LAML), carcinoma urotelial (BLCA), carcinoma hepatocelular (LIHC) e adenocarcinoma de cólon (COAD). Para a realização das análises foram utilizadas ferramentas computacionais de código aberto do R/bioconductor. Os resultados mostraram que as amostras do grupo IDH mutante em comparação com o grupo IDH selvagem exibem alteração no perfil de expressão gênica e um perfil hipermetilador, sendo mais evidente em: CHOL, LAML, LIHC e gliomas (LGG e GBM). No entanto, as alterações epigenéticas identificadas são, em sua grande maioria, diferentes entre os tipos tumorais analisados, o que mostra que as alterações observadas são também influenciadas por outros fatores. Adicionalmente, através da análise integrativa foram identificados alvos transcricionais que podem estar sendo epigeneticamente regulados em associação com a mutação, como os fatores de transcrição SP1 e E2F7, em CHOL e gliomas, respectivamente, assim como os genes M1TH e FLOT1 (CHOL e gliomas, respectivamente).