Caracterização e padronização de marcadores genéticos para o estudo de polimorfismos em Plasmodium vivax.

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2013
Autor(a) principal: Brandi, Michelle Cristina do Couto
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Link de acesso: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-08102013-091425/
Resumo: Este trabalho teve como objetivo caracterizar e padronizar métodos para a tipagem molecular de marcadores genéticos, para futuro uso em estudos de genética populacional de Plasmodium vivax na Amazônia brasileira. As amostras sanguíneas utilizadas neste estudo foram colhidas no Brasil, Camboja, Sri Lanka e Estados Unidos. Foram selecionados polimorfismos de única base (SNPs) distribuídos ao longo de cromossomos distintos de P. vivax; para estes polimorfismos, sete ensaios de tipagem de SNPs foram padronizados com sucesso. Com a tipagem molecular, foi possível definir haplótipos que caracterizam cada amostra, assim como identificar infecções geneticamente mistas (co-ocorrência de clones distintos na mesma amostra). No entanto, com este conjunto de marcadores não foi possível agrupar amostras de acordo com sua localização geográfica, por estes marcadores não serem suficientemente informativos do ponto de vista genético. Os sete SNPs avaliados, quando comparados a 13 marcadores de DNA microssatélite, revelaram menor proporção de infecções geneticamente mistas e menor diversidade genética.
id USP_2ca9024387721d62d47a6fb934b7e26a
oai_identifier_str oai:teses.usp.br:tde-08102013-091425
network_acronym_str USP
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository_id_str
spelling Caracterização e padronização de marcadores genéticos para o estudo de polimorfismos em Plasmodium vivax.Characterization and standardization of genetic markers in the study of Plasmodium vivax polymorphisms.PlasmodiumPlasmodiumDoenças parasitáriasGenéticaGeneticsMalariaMaláriaMarcador molecularMolecular markerParasitic diseasesEste trabalho teve como objetivo caracterizar e padronizar métodos para a tipagem molecular de marcadores genéticos, para futuro uso em estudos de genética populacional de Plasmodium vivax na Amazônia brasileira. As amostras sanguíneas utilizadas neste estudo foram colhidas no Brasil, Camboja, Sri Lanka e Estados Unidos. Foram selecionados polimorfismos de única base (SNPs) distribuídos ao longo de cromossomos distintos de P. vivax; para estes polimorfismos, sete ensaios de tipagem de SNPs foram padronizados com sucesso. Com a tipagem molecular, foi possível definir haplótipos que caracterizam cada amostra, assim como identificar infecções geneticamente mistas (co-ocorrência de clones distintos na mesma amostra). No entanto, com este conjunto de marcadores não foi possível agrupar amostras de acordo com sua localização geográfica, por estes marcadores não serem suficientemente informativos do ponto de vista genético. Os sete SNPs avaliados, quando comparados a 13 marcadores de DNA microssatélite, revelaram menor proporção de infecções geneticamente mistas e menor diversidade genética.This study aimed to characterize and standardize methods for molecular typing of genetic markers to be used in the future in studies of population genetics of Plasmodium vivax population in the Brazilian Amazon. Blood samples used in this study were collected in Brazil, Cambodia, Sri Lanka and United States. Single nucleotide polymorphisms (SNPs), distributed over different P. vivax chromosomes were chosen and seven typing assays were sucessfully standardized. Molecular typing of polymorphisms allowed to define haplotypes that characterize each sample, as well as to identify genetically mixed infections (co-occurrence of different clones in the same sample). However, with this markers set, it was not possible to group samples according to their geographical location, because probably they are not sufficiently genetically informative. Compared to 13 microsatellite markers, these seven SNPs revealed a lower proportion of mixed-clone infections and lower genetic diversity.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPFerreira, Marcelo UrbanoBrandi, Michelle Cristina do Couto2013-05-24info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-08102013-091425/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2016-07-28T16:11:02Zoai:teses.usp.br:tde-08102013-091425Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212016-07-28T16:11:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
dc.title.none.fl_str_mv Caracterização e padronização de marcadores genéticos para o estudo de polimorfismos em Plasmodium vivax.
Characterization and standardization of genetic markers in the study of Plasmodium vivax polymorphisms.
title Caracterização e padronização de marcadores genéticos para o estudo de polimorfismos em Plasmodium vivax.
spellingShingle Caracterização e padronização de marcadores genéticos para o estudo de polimorfismos em Plasmodium vivax.
Brandi, Michelle Cristina do Couto
Plasmodium
Plasmodium
Doenças parasitárias
Genética
Genetics
Malaria
Malária
Marcador molecular
Molecular marker
Parasitic diseases
title_short Caracterização e padronização de marcadores genéticos para o estudo de polimorfismos em Plasmodium vivax.
title_full Caracterização e padronização de marcadores genéticos para o estudo de polimorfismos em Plasmodium vivax.
title_fullStr Caracterização e padronização de marcadores genéticos para o estudo de polimorfismos em Plasmodium vivax.
title_full_unstemmed Caracterização e padronização de marcadores genéticos para o estudo de polimorfismos em Plasmodium vivax.
title_sort Caracterização e padronização de marcadores genéticos para o estudo de polimorfismos em Plasmodium vivax.
author Brandi, Michelle Cristina do Couto
author_facet Brandi, Michelle Cristina do Couto
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Ferreira, Marcelo Urbano
dc.contributor.author.fl_str_mv Brandi, Michelle Cristina do Couto
dc.subject.por.fl_str_mv Plasmodium
Plasmodium
Doenças parasitárias
Genética
Genetics
Malaria
Malária
Marcador molecular
Molecular marker
Parasitic diseases
topic Plasmodium
Plasmodium
Doenças parasitárias
Genética
Genetics
Malaria
Malária
Marcador molecular
Molecular marker
Parasitic diseases
description Este trabalho teve como objetivo caracterizar e padronizar métodos para a tipagem molecular de marcadores genéticos, para futuro uso em estudos de genética populacional de Plasmodium vivax na Amazônia brasileira. As amostras sanguíneas utilizadas neste estudo foram colhidas no Brasil, Camboja, Sri Lanka e Estados Unidos. Foram selecionados polimorfismos de única base (SNPs) distribuídos ao longo de cromossomos distintos de P. vivax; para estes polimorfismos, sete ensaios de tipagem de SNPs foram padronizados com sucesso. Com a tipagem molecular, foi possível definir haplótipos que caracterizam cada amostra, assim como identificar infecções geneticamente mistas (co-ocorrência de clones distintos na mesma amostra). No entanto, com este conjunto de marcadores não foi possível agrupar amostras de acordo com sua localização geográfica, por estes marcadores não serem suficientemente informativos do ponto de vista genético. Os sete SNPs avaliados, quando comparados a 13 marcadores de DNA microssatélite, revelaram menor proporção de infecções geneticamente mistas e menor diversidade genética.
publishDate 2013
dc.date.none.fl_str_mv 2013-05-24
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-08102013-091425/
url http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-08102013-091425/
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv
dc.rights.driver.fl_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.coverage.none.fl_str_mv
dc.publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
dc.source.none.fl_str_mv
reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
instname:Universidade de São Paulo (USP)
instacron:USP
instname_str Universidade de São Paulo (USP)
instacron_str USP
institution USP
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)
repository.mail.fl_str_mv virginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.br
_version_ 1865491937605189632