Mapeamento de Regiões Genômicas de dependência na população Brasileira e Estudo de Associação

• Ano de defesa: 2025
• Autor(a) principal: Souza, Jozimara Teixeira de
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Alelos (análise 2N); Alleles (2N analysis); Genomic dependency regions; Genótipos (análise N); Genotypes (N analysis); GWAS haplotípico; Haplótipos; Haplotypes; haplotypic GWAS.; Regiões de dependência genômica
• Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-15092025-103252/

O presente trabalho tem como objetivo mapear e caracterizar regiões de dependência presentes no genoma da população brasileira, bem como associar essas regiões com o fenótipo de obesidade. Considerando que a dependência entre marcadores moleculares pode ocorrer não somente no nível cromossômico (haplótipos) mas também no nível da sequência genotípica (nos cromossomos homólogos), este trabalho visa mapear haplótipos, bem como blocos genotípicos, os quais não necessitam da informação de fase haplotípica. Análises comparativas entre essas duas abordagens são estabelecidas. O estudo foi desenvolvido considerando os dados do projeto ISA-Nutrição 2015, com informações moleculares provenientes da plataforma Axiom 2.0 (Affymetrix, Thermo Fisher), além de muitas variáveis demográficas, antropométricas e clínicas, dentre outras, avaliadas na amostra de cerca de 900 indivíduos residentes na cidade de São Paulo. Considerando uma subamostra de 681 indivíduos pseudo-independentes, para os 22 cromossomos autossomos analisados foram identificados 69.078 haplótipos, totalizando 281.429 estados haplotípicos e 100.802 blocos genotípicos, sendo 10.956 dessas regiões idênticas. No cromossomo 6 ocorreram os maiores haplótipos com até 160 locos e o maior número de blocos genotípicos, 7.472 versus 4.436 haplótipos. Os blocos idênticos encontrados sob as duas análises foram associados à obesidade central avaliada de forma dicotomizada, em que foi possível encontrar 10 blocos com efeito significante para este fenótipo, sendo 3 deles, dois no cromossomo 3 e um no 7, contendo SNPs já descritos em literatura. A análise haplotípica identificou 22 blocos significantes e a análise genotípica identificou 16, sendo 10 comuns.