Explorando a biossíntede de diterpenops em Coffea arábica: papel das enzimas P450, com foco em CYP71
| Ano de defesa: | 2025 |
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| Tipo de documento: | Dissertação |
| Tipo de acesso: | Acesso aberto |
| Idioma: | por |
| Instituição de defesa: |
Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
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| Programa de Pós-Graduação: |
Não Informado pela instituição
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| Palavras-chave em Português: | |
| Link de acesso: | https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-03032026-152557/ |
Resumo: | O citocromo P450 (CYP) constitui a maior superfamília enzimática das plantas e participa de reações oxidativas essenciais na biossíntese de metabólitos especializados, como os diterpenos. Em Coffea, os diterpenos cafestol e caveol são compostos exclusivos e biologicamente relevantes, mas as enzimas responsáveis por suas etapas oxidativas finais são desconhecidas. O objetivo deste estudo foi identificar e caracterizar, sob perspectivas genômica, filogenética e transcricional, os genes da família P450 do clã CYP71 em C. arabica, a partir de uma análise da superfamília P450 no genoma da espécie. Para isso, foi realizado o levantamento e curadoria de genes CYP, análises filogenéticas, identificação de motivos conservados, mapeamento cromossômico e detecção de agrupamentos gênicos biossintéticos. Foram integrados dados de RNA-seq públicos e experimentais sob deficiência de magnésio e excesso de potássio, bem como análises de coexpressão entre CYP71 e diterpeno sintases (diTPS), correlação com perfis de diterpenos e validação por RT-qPCR. O clã CYP71 foi o mais representado dentre as CYPs identificadas no genoma e apresentou expressão predominantemente em raízes. As condições de desbalanço nutricional não causaram modulações significativas em raízes e promoveram apenas induções pontuais em folhas, sem associação direta com diTPS. Um agrupamento gênico biossintético contendo um membro CYP71D adjacente a uma diTPS correlacionou-se com a presença de caveol, sugerindo envolvimento desse módulo em etapas oxidativas da via diterpenoide. Conclui-se que a identidade do órgão, mais do que o desbalanço nutricional, estrutura a variação transcricional das CYPs em C. arabica, e que o módulo CYP71DdiTPS representa um candidato promissor para elucidar a via biossintética de diterpenos no cafeeiro. |
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Explorando a biossíntede de diterpenops em Coffea arábica: papel das enzimas P450, com foco em CYP71Exploring diterpene biosynthesis in Coffea arábica: role of P450 enzymes, with focus on CYP71biossíntese de diterpenosCafeeiroCoffee treediterpene biosynthesisExpressão de P450Metabolismo especializadoNutriçãoNutritionP450 synthases expressionSpecialized metabolismO citocromo P450 (CYP) constitui a maior superfamília enzimática das plantas e participa de reações oxidativas essenciais na biossíntese de metabólitos especializados, como os diterpenos. Em Coffea, os diterpenos cafestol e caveol são compostos exclusivos e biologicamente relevantes, mas as enzimas responsáveis por suas etapas oxidativas finais são desconhecidas. O objetivo deste estudo foi identificar e caracterizar, sob perspectivas genômica, filogenética e transcricional, os genes da família P450 do clã CYP71 em C. arabica, a partir de uma análise da superfamília P450 no genoma da espécie. Para isso, foi realizado o levantamento e curadoria de genes CYP, análises filogenéticas, identificação de motivos conservados, mapeamento cromossômico e detecção de agrupamentos gênicos biossintéticos. Foram integrados dados de RNA-seq públicos e experimentais sob deficiência de magnésio e excesso de potássio, bem como análises de coexpressão entre CYP71 e diterpeno sintases (diTPS), correlação com perfis de diterpenos e validação por RT-qPCR. O clã CYP71 foi o mais representado dentre as CYPs identificadas no genoma e apresentou expressão predominantemente em raízes. As condições de desbalanço nutricional não causaram modulações significativas em raízes e promoveram apenas induções pontuais em folhas, sem associação direta com diTPS. Um agrupamento gênico biossintético contendo um membro CYP71D adjacente a uma diTPS correlacionou-se com a presença de caveol, sugerindo envolvimento desse módulo em etapas oxidativas da via diterpenoide. Conclui-se que a identidade do órgão, mais do que o desbalanço nutricional, estrutura a variação transcricional das CYPs em C. arabica, e que o módulo CYP71DdiTPS representa um candidato promissor para elucidar a via biossintética de diterpenos no cafeeiro.Cytochrome P450s (CYPs) constitute the largest enzyme superfamily in plants and catalyze oxidative reactions essential for the biosynthesis of specialized metabolites, including diterpenes. In Coffea, the diterpenes cafestol and kahweol are species-specific and biologically relevant, yet the enzymes responsible for their terminal oxidative steps remain unknown. This study aimed to identify and characterize, from genomic, phylogenetic, and transcriptional perspectives, members of the P450 family within the CYP71 clan in C. arabica, starting from a comprehensive survey of the P450 superfamily in the species genome. We compiled and curated CYP genes, performed phylogenetic analyses, identified conserved motifs, mapped chromosomal locations, and detected biosynthetic gene clusters. Public and experimental RNA-seq datasets generated under magnesium deficiency and potassium excess were integrated, alongside coexpression analyses between CYP71 and diterpene synthases (diTPS), correlations with diterpene profiles, and RT-qPCR validation. The CYP71 clan was the most represented among CYPs identified in the genome and showed predominant expression in roots. Nutrient-imbalance conditions did not elicit significant changes in roots and caused only sporadic inductions in leaves, with no direct association with diTPS. A biosynthetic gene cluster containing a CYP71D member adjacent to a diTPS correlated with the presence of kahweol, suggesting that this module participates in oxidative steps of the diterpenoid pathway. Overall, organ identity rather than nutrient imbalance was the primary determinant of CYP transcriptional variation in C. Arabica, and the CYP71DdiTPS module emerges as a promising candidate for elucidating the diterpene biosynthetic pathway in coffee.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPDomingues, Douglas SilvaGonçalves, Maria Eduarda Vilas Boas dos Santos2025-12-15info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-03032026-152557/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPReter o conteúdo por motivos de patente, publicação e/ou direitos autoriais.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2026-03-06T18:30:02Zoai:teses.usp.br:tde-03032026-152557Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212026-03-06T18:30:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false |
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O citocromo P450 (CYP) constitui a maior superfamília enzimática das plantas e participa de reações oxidativas essenciais na biossíntese de metabólitos especializados, como os diterpenos. Em Coffea, os diterpenos cafestol e caveol são compostos exclusivos e biologicamente relevantes, mas as enzimas responsáveis por suas etapas oxidativas finais são desconhecidas. O objetivo deste estudo foi identificar e caracterizar, sob perspectivas genômica, filogenética e transcricional, os genes da família P450 do clã CYP71 em C. arabica, a partir de uma análise da superfamília P450 no genoma da espécie. Para isso, foi realizado o levantamento e curadoria de genes CYP, análises filogenéticas, identificação de motivos conservados, mapeamento cromossômico e detecção de agrupamentos gênicos biossintéticos. Foram integrados dados de RNA-seq públicos e experimentais sob deficiência de magnésio e excesso de potássio, bem como análises de coexpressão entre CYP71 e diterpeno sintases (diTPS), correlação com perfis de diterpenos e validação por RT-qPCR. O clã CYP71 foi o mais representado dentre as CYPs identificadas no genoma e apresentou expressão predominantemente em raízes. As condições de desbalanço nutricional não causaram modulações significativas em raízes e promoveram apenas induções pontuais em folhas, sem associação direta com diTPS. Um agrupamento gênico biossintético contendo um membro CYP71D adjacente a uma diTPS correlacionou-se com a presença de caveol, sugerindo envolvimento desse módulo em etapas oxidativas da via diterpenoide. Conclui-se que a identidade do órgão, mais do que o desbalanço nutricional, estrutura a variação transcricional das CYPs em C. arabica, e que o módulo CYP71DdiTPS representa um candidato promissor para elucidar a via biossintética de diterpenos no cafeeiro. |
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