Explorando a biossíntede de diterpenops em Coffea arábica: papel das enzimas P450, com foco em CYP71

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2025
Autor(a) principal: Gonçalves, Maria Eduarda Vilas Boas dos Santos
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-03032026-152557/
Resumo: O citocromo P450 (CYP) constitui a maior superfamília enzimática das plantas e participa de reações oxidativas essenciais na biossíntese de metabólitos especializados, como os diterpenos. Em Coffea, os diterpenos cafestol e caveol são compostos exclusivos e biologicamente relevantes, mas as enzimas responsáveis por suas etapas oxidativas finais são desconhecidas. O objetivo deste estudo foi identificar e caracterizar, sob perspectivas genômica, filogenética e transcricional, os genes da família P450 do clã CYP71 em C. arabica, a partir de uma análise da superfamília P450 no genoma da espécie. Para isso, foi realizado o levantamento e curadoria de genes CYP, análises filogenéticas, identificação de motivos conservados, mapeamento cromossômico e detecção de agrupamentos gênicos biossintéticos. Foram integrados dados de RNA-seq públicos e experimentais sob deficiência de magnésio e excesso de potássio, bem como análises de coexpressão entre CYP71 e diterpeno sintases (diTPS), correlação com perfis de diterpenos e validação por RT-qPCR. O clã CYP71 foi o mais representado dentre as CYPs identificadas no genoma e apresentou expressão predominantemente em raízes. As condições de desbalanço nutricional não causaram modulações significativas em raízes e promoveram apenas induções pontuais em folhas, sem associação direta com diTPS. Um agrupamento gênico biossintético contendo um membro CYP71D adjacente a uma diTPS correlacionou-se com a presença de caveol, sugerindo envolvimento desse módulo em etapas oxidativas da via diterpenoide. Conclui-se que a identidade do órgão, mais do que o desbalanço nutricional, estrutura a variação transcricional das CYPs em C. arabica, e que o módulo CYP71DdiTPS representa um candidato promissor para elucidar a via biossintética de diterpenos no cafeeiro.
id USP_44c9cd43185062a98ad73d5897fe8238
oai_identifier_str oai:teses.usp.br:tde-03032026-152557
network_acronym_str USP
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository_id_str
spelling Explorando a biossíntede de diterpenops em Coffea arábica: papel das enzimas P450, com foco em CYP71Exploring diterpene biosynthesis in Coffea arábica: role of P450 enzymes, with focus on CYP71biossíntese de diterpenosCafeeiroCoffee treediterpene biosynthesisExpressão de P450Metabolismo especializadoNutriçãoNutritionP450 synthases expressionSpecialized metabolismO citocromo P450 (CYP) constitui a maior superfamília enzimática das plantas e participa de reações oxidativas essenciais na biossíntese de metabólitos especializados, como os diterpenos. Em Coffea, os diterpenos cafestol e caveol são compostos exclusivos e biologicamente relevantes, mas as enzimas responsáveis por suas etapas oxidativas finais são desconhecidas. O objetivo deste estudo foi identificar e caracterizar, sob perspectivas genômica, filogenética e transcricional, os genes da família P450 do clã CYP71 em C. arabica, a partir de uma análise da superfamília P450 no genoma da espécie. Para isso, foi realizado o levantamento e curadoria de genes CYP, análises filogenéticas, identificação de motivos conservados, mapeamento cromossômico e detecção de agrupamentos gênicos biossintéticos. Foram integrados dados de RNA-seq públicos e experimentais sob deficiência de magnésio e excesso de potássio, bem como análises de coexpressão entre CYP71 e diterpeno sintases (diTPS), correlação com perfis de diterpenos e validação por RT-qPCR. O clã CYP71 foi o mais representado dentre as CYPs identificadas no genoma e apresentou expressão predominantemente em raízes. As condições de desbalanço nutricional não causaram modulações significativas em raízes e promoveram apenas induções pontuais em folhas, sem associação direta com diTPS. Um agrupamento gênico biossintético contendo um membro CYP71D adjacente a uma diTPS correlacionou-se com a presença de caveol, sugerindo envolvimento desse módulo em etapas oxidativas da via diterpenoide. Conclui-se que a identidade do órgão, mais do que o desbalanço nutricional, estrutura a variação transcricional das CYPs em C. arabica, e que o módulo CYP71DdiTPS representa um candidato promissor para elucidar a via biossintética de diterpenos no cafeeiro.Cytochrome P450s (CYPs) constitute the largest enzyme superfamily in plants and catalyze oxidative reactions essential for the biosynthesis of specialized metabolites, including diterpenes. In Coffea, the diterpenes cafestol and kahweol are species-specific and biologically relevant, yet the enzymes responsible for their terminal oxidative steps remain unknown. This study aimed to identify and characterize, from genomic, phylogenetic, and transcriptional perspectives, members of the P450 family within the CYP71 clan in C. arabica, starting from a comprehensive survey of the P450 superfamily in the species genome. We compiled and curated CYP genes, performed phylogenetic analyses, identified conserved motifs, mapped chromosomal locations, and detected biosynthetic gene clusters. Public and experimental RNA-seq datasets generated under magnesium deficiency and potassium excess were integrated, alongside coexpression analyses between CYP71 and diterpene synthases (diTPS), correlations with diterpene profiles, and RT-qPCR validation. The CYP71 clan was the most represented among CYPs identified in the genome and showed predominant expression in roots. Nutrient-imbalance conditions did not elicit significant changes in roots and caused only sporadic inductions in leaves, with no direct association with diTPS. A biosynthetic gene cluster containing a CYP71D member adjacent to a diTPS correlated with the presence of kahweol, suggesting that this module participates in oxidative steps of the diterpenoid pathway. Overall, organ identity rather than nutrient imbalance was the primary determinant of CYP transcriptional variation in C. Arabica, and the CYP71DdiTPS module emerges as a promising candidate for elucidating the diterpene biosynthetic pathway in coffee.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPDomingues, Douglas SilvaGonçalves, Maria Eduarda Vilas Boas dos Santos2025-12-15info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-03032026-152557/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPReter o conteúdo por motivos de patente, publicação e/ou direitos autoriais.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2026-03-06T18:30:02Zoai:teses.usp.br:tde-03032026-152557Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212026-03-06T18:30:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
dc.title.none.fl_str_mv Explorando a biossíntede de diterpenops em Coffea arábica: papel das enzimas P450, com foco em CYP71
Exploring diterpene biosynthesis in Coffea arábica: role of P450 enzymes, with focus on CYP71
title Explorando a biossíntede de diterpenops em Coffea arábica: papel das enzimas P450, com foco em CYP71
spellingShingle Explorando a biossíntede de diterpenops em Coffea arábica: papel das enzimas P450, com foco em CYP71
Gonçalves, Maria Eduarda Vilas Boas dos Santos
biossíntese de diterpenos
Cafeeiro
Coffee tree
diterpene biosynthesis
Expressão de P450
Metabolismo especializado
Nutrição
Nutrition
P450 synthases expression
Specialized metabolism
title_short Explorando a biossíntede de diterpenops em Coffea arábica: papel das enzimas P450, com foco em CYP71
title_full Explorando a biossíntede de diterpenops em Coffea arábica: papel das enzimas P450, com foco em CYP71
title_fullStr Explorando a biossíntede de diterpenops em Coffea arábica: papel das enzimas P450, com foco em CYP71
title_full_unstemmed Explorando a biossíntede de diterpenops em Coffea arábica: papel das enzimas P450, com foco em CYP71
title_sort Explorando a biossíntede de diterpenops em Coffea arábica: papel das enzimas P450, com foco em CYP71
author Gonçalves, Maria Eduarda Vilas Boas dos Santos
author_facet Gonçalves, Maria Eduarda Vilas Boas dos Santos
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Domingues, Douglas Silva
dc.contributor.author.fl_str_mv Gonçalves, Maria Eduarda Vilas Boas dos Santos
dc.subject.por.fl_str_mv biossíntese de diterpenos
Cafeeiro
Coffee tree
diterpene biosynthesis
Expressão de P450
Metabolismo especializado
Nutrição
Nutrition
P450 synthases expression
Specialized metabolism
topic biossíntese de diterpenos
Cafeeiro
Coffee tree
diterpene biosynthesis
Expressão de P450
Metabolismo especializado
Nutrição
Nutrition
P450 synthases expression
Specialized metabolism
description O citocromo P450 (CYP) constitui a maior superfamília enzimática das plantas e participa de reações oxidativas essenciais na biossíntese de metabólitos especializados, como os diterpenos. Em Coffea, os diterpenos cafestol e caveol são compostos exclusivos e biologicamente relevantes, mas as enzimas responsáveis por suas etapas oxidativas finais são desconhecidas. O objetivo deste estudo foi identificar e caracterizar, sob perspectivas genômica, filogenética e transcricional, os genes da família P450 do clã CYP71 em C. arabica, a partir de uma análise da superfamília P450 no genoma da espécie. Para isso, foi realizado o levantamento e curadoria de genes CYP, análises filogenéticas, identificação de motivos conservados, mapeamento cromossômico e detecção de agrupamentos gênicos biossintéticos. Foram integrados dados de RNA-seq públicos e experimentais sob deficiência de magnésio e excesso de potássio, bem como análises de coexpressão entre CYP71 e diterpeno sintases (diTPS), correlação com perfis de diterpenos e validação por RT-qPCR. O clã CYP71 foi o mais representado dentre as CYPs identificadas no genoma e apresentou expressão predominantemente em raízes. As condições de desbalanço nutricional não causaram modulações significativas em raízes e promoveram apenas induções pontuais em folhas, sem associação direta com diTPS. Um agrupamento gênico biossintético contendo um membro CYP71D adjacente a uma diTPS correlacionou-se com a presença de caveol, sugerindo envolvimento desse módulo em etapas oxidativas da via diterpenoide. Conclui-se que a identidade do órgão, mais do que o desbalanço nutricional, estrutura a variação transcricional das CYPs em C. arabica, e que o módulo CYP71DdiTPS representa um candidato promissor para elucidar a via biossintética de diterpenos no cafeeiro.
publishDate 2025
dc.date.none.fl_str_mv 2025-12-15
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-03032026-152557/
url https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-03032026-152557/
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv
dc.rights.driver.fl_str_mv Reter o conteúdo por motivos de patente, publicação e/ou direitos autoriais.
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv Reter o conteúdo por motivos de patente, publicação e/ou direitos autoriais.
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.coverage.none.fl_str_mv
dc.publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
dc.source.none.fl_str_mv
reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
instname:Universidade de São Paulo (USP)
instacron:USP
instname_str Universidade de São Paulo (USP)
instacron_str USP
institution USP
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)
repository.mail.fl_str_mv virginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.br
_version_ 1865492425720463360